Escherichia coli'nin farklı pH'larda fotooksidatif stres altında yaşamı
Life of Escherichia coli under photooxidative stress at different pH
- Tez No: 795197
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖNDER İDİL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Amasya Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Genelde koli basili olarak bilinen Escherichia coli, memeli hayvanların kalın bağırsağında yaşayan enterik bakteri türlerinden biridir. Escherichia coli'de çevresel strese (asit şoku, baz şoku, açlık stresi, ozmotik stres, oksidatif stres ve DNA hasarı) karşı hücresel cevapta görevli olan genler eksprese edilmektedir. Bu genler'den arjinin dekarboksilaz adi, glutamat dekarboksilaz gad ve lisin dekarboksilaz cad asit direnç sistemi olarak bilinmektedir. Bu çalışmada, keio koleksiyonundan elde edilen Escherichia coli BW25113 suşlarından hedef 6 gen bölgesi için yabani tip Escherichia coli W3110'a P1kc fajı ile transdüksiyon metodu kullanılarak aktarıldı. Yabanıl tip olan Escherichia coli W3110'dan elde edilen ve adiA, gadB, gadC, cadA, cadB, cadC mutantlarının metilen mavisi ve pH stresinin rolü araştırılmıştır. Ayrıca, aynı yöntemle temin edilen plazmitler aracılığıyla genlerin komplementerlerinin, stres koşullarındaki rolleri kontrol edilmiştir. Yabanıl tip ve mutant suşlarda yaşam deneyleri 2 farklı pH' da (pH-6 ve pH-8), petri plaklarında koloni sayım metodu ile yapılmıştır. pH-6 fosfat tamponunda yabanıl tip ve mutant suşlarda duyarlılık gözlenmeyip sadece pH-8 fosfat tamponunda etkili olduğu gözlenilmiştir. pH 8 metilen mavisi içeren tüm suşlarda 8 saatin sonunda 2 logaritmik düşüşün olduğu ancak en fazla azalmanın adiA mutantında görüldüğü, başlangıç değeri olan 6,59 logaritma değerinin 6 saat sonunda 2,25'e düştüğü belirlenmiş ve t99 değeri 2,76 saat olarak hesaplanmıştır. Yaşam süresi çoktan aza doğru olarak cadA>gadC>cadC>gadB>cadB>adiA mutantları olarak belirlenmiştir. Metilen mavisinin pH 6 fosfat tamponunda etikili olmadığı görülürken, pH 8 fosfat tamponu ortamında yabanıl tipte ve bütün gen bölgelerinde etkili olduğu görülmüştür. Bu sonuçlar adiA, gadB, cadB ve cadC mutantlarının pH stresi ve metilen mavisi ile ilişkili olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Escherichia coli, commonly known as coli bacillus, is one of the enteric bacteria species living in the large intestine of mammals. In Escherichia coli, genes involved in the cellular response to environmental stress (acid shock, base shock, starvation stress, osmotic stress, oxidative stress and DNA damage) are expressed. Among these genes, arginine decarboxylase name, glutamate decarboxylase gad and lysine decarboxylase cad are known as acid resistance system. In this study, Escherichia coli BW25113 strains obtained from keio collection were transferred to wild type Escherichia coli W3110 for target 6 gene region using P1kc phage transduction method. The role of methylene blue and pH stress of mutants adiA, gadB, gadC, cadA, cadB, cadC obtained from wild type Escherichia coli W3110 was investigated. In addition, the roles of complements of genes in stress conditions were controlled by plasmids obtained by the same method. Survival experiments on wild type and mutant strains were carried out at 2 different pH (pH-6 and pH-8), by colony counting method on petri plates. No sensitivity was observed in wild-type and mutant strains in pH-6 phosphate buffer, but it was observed to be effective only in pH-8 phosphate buffer. It was determined that in all strains containing pH 8 methylene blue, there was 2 logarithmic decrease at the end of 8 hours, but the maximum decrease was seen in the adiA mutant, the initial value of 6.59 logarithm decreased to 2.25 after 6 hours, and the t99 value was calculated as 2.76 hours. The lifetimes were determined from cadA>gadC>cadC>gadB>cadB>adiA mutants from best to lowest. While it was observed that methylene blue was not effective in pH 6 phosphate buffer, it was found to be effective in wild type and all gene regions in pH 8 phosphate buffer medium. These results show that adiA, gadB, cadB and cadC mutants are associated with pH stress and methylene blue.
Benzer Tezler
- Probiyotik bakteriler kullanılarak farklı pH'larda üretilen ayranlarda escherichia coli 0/57:H7'nin durumu
A Research about viability of escherichia coli 0157:H7 by using probiotoes bacteria with different pH values ane procwcerl ayran
ABDÜLHALİM BAŞARAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Gıda MühendisliğiTrakya ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN ŞİMŞEK
- Biyoaktif madde yüklenmiş nanokillerle güçlendirilmiş aktif ambalaj üretimi ve gıda ambalajlamada kullanımı
Production and food packaging applications of active packaging materials reinforced with nanoclays grafted with some bioactive compounds
FATİH TÖRNÜK
Doktora
Türkçe
2014
Gıda MühendisliğiErciyes ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN YETİM
DOÇ. DR. MEHMET HANÇER
- Escherichia coli W3110'un porin protein mutantlarında biyofilm ile ilgili genlerin ifadelerinin araştırılması
Investigation of expressions of biofilm-related genes in porin protein mutants of Escherichia coli W3110
FIRAT YAVUZ ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiBilecik Şeyh Edebali ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CİHAN DARCAN
- Atpase domain of DnaK, Escherichia coli Hsp70 molecular chaperone, experiences pH-dependent atpase activity upon linker binding
Escherichia coli Hsp70 homoloğu olan DnaK'nın atpaz domaininin bağlaç varlığında pH bağımlı aktivitenin incelenmesi
RAHMİ İMAMOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Molecular dynamics simulation analysis of His226 mutation on the dynamics of the ATPase domain of DNaK
His226 mutasyonunun DNaK ATPaz domeni üzerindeki dinamiklerinin, moleküler dinamik simulasyonları ile analizi
ELİF ÇAKMAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
YRD. DOÇ. DR. SEFER BADAY