Next generation sequencing of a novel Loigolactobacillus coryniformis FOL-19 isolated from cheese and comparative genomic analysis with other L. coryniformis strains
Peynirden ilk defa izole edilen Loigolactobacillus coryniformis FOL-19'un yeni nesil dizilenmesi ve diğer L. coryniformis suşlarıyla karşılaştırmalı genomik analizleri
- Tez No: 806598
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH ORTAKCI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Mikrobiyoloji, Bioengineering, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abdullah Gül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 71
Özet
Loigolactobacillus coryniformis, çeşitli ekolojik nişlerden izole edilen laktik asit bakterilerinin bir üyesidir. Tulum peynirinden yeni bir L. coryniformis suşu olan FOL-19'u izole ettik ve Illumina NextSeq kullanarak FOL-19 için tüm genom dizilimi gerçekleştirdik. Ardından, FOL-19'un kimchi, silaj, fermente et, ahır havası ve süt ürünlerinden izole edilen aynı türe ait mevcut on tam genom dizisine karşı genomik karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Ortalama genom büyüklüğü 2.93 ±0.1 Mb, GC içeriği %42.96 ±0.002, CDS sayısı 2905 ±165, tRNA sayısı 56 ±10 ve CRISPR element sayısı 6.55 ±1.83 olarak elde edilmiştir. L. coryniformis'te hem Tip I hem de II Cas kümeleri gözlenmiştir. Sadece bir suşun (CECT 5711) Carnocin CP52 bakteriyosin gen kümesini kodladığı tahmin edilmiştir. CRISPR elementlerinin ve Cas kümelerinin varlığı, L. coryniformis'in yeni CRISPR tabanlı araçlar için bir rezervuar olma konusunda umut verici bir potansiyele sahip olduğunu göstermektedir. Bu bulgular, biyoteknolojik uygulamalar için L. coryniformis suşlarının genomik karakterizasyonu için, endüstriyel olarak ilgili özellikleri belirlemek üzere genom güdümlü suş seçimi yoluyla bir adım öne çıkmaktadır.
Özet (Çeviri)
Loigolactobacillus coryniformis is a member of lactic acid bacteria isolated from various ecological niches. We isolated a novel L. coryniformis strain FOL-19 from artisanal Tulum cheese and performed the whole-genome sequencing for FOL-19 using Illumina NextSeq. Then, genomic characterization of FOL-19 against ten available whole genome sequences of the same species isolated from kimchi, silage, fermented meat, air of cowshed, and dairy was performed. The average genome size of 2.93 ±0.1 Mb, GC content of 42.96% ±0.002, number of CDS of 2905 ±165, number of tRNA of 56 ±10, and number of CRISPR elements of 6.55 ±1.83 was achieved. Both Type I and II Cas clusters were observed in L. coryniformis. Only one strain (CECT 5711) was predicted to encode a Carnocin CP52 bacteriocin gene cluster. The presence of CRISPR elements and Cas clusters suggests that L. coryniformis holds a promising potential for being a reservoir for new CRISPR-based tools. These findings put a step forward for the genomic characterization of L. coryniformis strains for biotechnological applications via genome-guided strain selection to identify industrially relevant traits.
Benzer Tezler
- A multiplex primer design algorithm for target amplification of continuous genomic regions
Kesiksiz genomik bölgelerin hedef çoğaltması için multipleks primer tasarım algoritması
AHMET RAŞİT ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2016
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Characterization of the E3 Ubiquitin ligase RNFT2 ortholog CG13605 in Drosophila melanogaster
E3 ubikitin tanıyıcı proteini RNFT2 ortologu CG13605'in Drosophila melanogaster'da karakterizasyonu
AYŞE KAHRAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. ARZU ÇELİK FUSS
- Quadrupedal gait in humans: Identification and partial characterization of a novel gene WD repeat domain 81 (WDRr81)
İnsanda el-ayak üzerinde yürüme: WD repeat domain 81 (WDR81) geni?nin tanımlanması ve kısmi karakterizasyonu
SÜLEYMAN İSMAİL GÜLSÜNER
Doktora
İngilizce
2011
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAYFUN ÖZÇELİK
- NON-obstrüktif azospermik (NOA) infertil hastalarda yeni nesil dizi analizi (NGS) ile genetik etiyolojinin araştırılması
Investigation of genetic etiology in NON-obstructive azoospermia (NOA) infertile patients with next generation sequence (NGS) analysis
CANSU AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikTrakya ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE İKBAL ATLI
- Yeni bir parçalı hizalama yöntemi ve mtDNA verileri için analiz araçlarının geliştirilmesi
Development of a novel partial sequence alignment method and mtDNA data analysis tools
TANER ARUK
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DURAN ÜSTEK
YRD. DOÇ. DR. OLCAY KURŞUN