Next generation sequencing of a novel Loigolactobacillus coryniformis FOL-19 isolated from cheese and comparative genomic analysis with other L. coryniformis strains
Peynirden ilk defa izole edilen Loigolactobacillus coryniformis FOL-19'un yeni nesil dizilenmesi ve diğer L. coryniformis suşlarıyla karşılaştırmalı genomik analizleri
- Tez No: 806598
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH ORTAKCI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Mikrobiyoloji, Bioengineering, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Gıda mikrobiyolojisi, Mikrobiyoloji, Food microbiology, Microbiology
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abdullah Gül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Loigolactobacillus coryniformis, çeşitli ekolojik nişlerden izole edilen laktik asit bakterilerinin bir üyesidir. Tulum peynirinden yeni bir L. coryniformis suşu olan FOL-19'u izole ettik ve Illumina NextSeq kullanarak FOL-19 için tüm genom dizilimi gerçekleştirdik. Ardından, FOL-19'un kimchi, silaj, fermente et, ahır havası ve süt ürünlerinden izole edilen aynı türe ait mevcut on tam genom dizisine karşı genomik karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Ortalama genom büyüklüğü 2.93 ±0.1 Mb, GC içeriği %42.96 ±0.002, CDS sayısı 2905 ±165, tRNA sayısı 56 ±10 ve CRISPR element sayısı 6.55 ±1.83 olarak elde edilmiştir. L. coryniformis'te hem Tip I hem de II Cas kümeleri gözlenmiştir. Sadece bir suşun (CECT 5711) Carnocin CP52 bakteriyosin gen kümesini kodladığı tahmin edilmiştir. CRISPR elementlerinin ve Cas kümelerinin varlığı, L. coryniformis'in yeni CRISPR tabanlı araçlar için bir rezervuar olma konusunda umut verici bir potansiyele sahip olduğunu göstermektedir. Bu bulgular, biyoteknolojik uygulamalar için L. coryniformis suşlarının genomik karakterizasyonu için, endüstriyel olarak ilgili özellikleri belirlemek üzere genom güdümlü suş seçimi yoluyla bir adım öne çıkmaktadır.
Özet (Çeviri)
Loigolactobacillus coryniformis is a member of lactic acid bacteria isolated from various ecological niches. We isolated a novel L. coryniformis strain FOL-19 from artisanal Tulum cheese and performed the whole-genome sequencing for FOL-19 using Illumina NextSeq. Then, genomic characterization of FOL-19 against ten available whole genome sequences of the same species isolated from kimchi, silage, fermented meat, air of cowshed, and dairy was performed. The average genome size of 2.93 ±0.1 Mb, GC content of 42.96% ±0.002, number of CDS of 2905 ±165, number of tRNA of 56 ±10, and number of CRISPR elements of 6.55 ±1.83 was achieved. Both Type I and II Cas clusters were observed in L. coryniformis. Only one strain (CECT 5711) was predicted to encode a Carnocin CP52 bacteriocin gene cluster. The presence of CRISPR elements and Cas clusters suggests that L. coryniformis holds a promising potential for being a reservoir for new CRISPR-based tools. These findings put a step forward for the genomic characterization of L. coryniformis strains for biotechnological applications via genome-guided strain selection to identify industrially relevant traits.
Benzer Tezler
- Antepfıstığında yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak ssr markörlerin geliştirilmesi ve referans genetik haritanın oluşturulması
Development of novel SSR markers by next generation sequencing and constructon of the first SSR linkage referance maps in Pistachio
MORTAZA KHODAEIAMINJAN
Doktora
Türkçe
2017
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Non-sendromik diş agenezisi ile ilişkili yeni genlerin ve sinyal yolaklarının yeni nesil dizileme teknolojileri ile araştırılması
Evaluation of non-syndromic tooth agenesis related novel genes and pathways by next generation sequencing technologies
NURİYE DİNÇKAN
- Çocuk nöroloji polikliniğine başvuran, epilepsive/veya nöromotor gelişim geriliği olan hastaların etiyolojilerinin yeni nesil DNA dizileme yöntemi ile değerlendirilmesi tek merkez deneyimi
Evaluation of the etiology of epilepsy and/or developmental delay in children presenting to a pediatric neurology clinic with next generation sequencing: A single center experience
HANDAN KAVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
GenetikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR IŞIK
- Identification of ATP8A2 gene mutation in a consanguineous family segregating cerebellar atrophy and quadrupedal gait
El ayak üzerinde yürüyüş ve serebellar atrofi aktarılan akraba evliliği yapmış bir ailede ATP8A2 gen mutasyonu saptanması
ONUR EMRE ONAT
Doktora
İngilizce
2012
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAYFUN ÖZÇELİK
- Mutation analysis of the TERT gene in ovarian cancer patients of turkish population by next generation sequencing method
Türk popülasyonunda over kanseri hastalarinda TERT geninin yeni nesil dizileme yöntemiyle mutasyon analizi
BETÜL ÇAPAR GORALI
Doktora
İngilizce
2022
Moleküler TıpYeditepe ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURGAY İSBİR