Characterization of the E3 Ubiquitin ligase RNFT2 ortholog CG13605 in Drosophila melanogaster
E3 ubikitin tanıyıcı proteini RNFT2 ortologu CG13605'in Drosophila melanogaster'da karakterizasyonu
- Tez No: 765715
- Danışmanlar: PROF. ARZU ÇELİK FUSS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Hem entelektüel yetenek hem de adaptif davranıştaki eksikliklerle karakterize edilen Zihinsel Engellilik (ZE), dünya çapında %1-3'lük prevalansı ile başta gelen nörogelişimsel bozukluklardan biridir. Yeni Nesil Dizileme tekniklerinin geliştirilmesi, ZE'nin incelenmesi ve ZE ile ilişkili genlerin tanımlanması için önemli bir adım sağlamıştır. ZE'li 404 akraba aile üzerinde yapılan tüm ekzom dizileme çalışması, RNFT2 geninde ZE ile ilişkili yeni bir yanlış anlamlı varyantın (cT1150C; p.C384R) tanımlanmasını sağlamıştır. RNFT2 (RING finger protein, transmembrane 2), bir RING finger E3 ubikitin tanıyıcı proteini kodlar. Sinek ortologu Dmel/CG13605 aynı tip RING finger alanına (C3HC4) sahiptir ve bir ubikitin E3 tanıyıcı proteini olduğu tahmin edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, RNFT2'nin sinek ortologu CG13605'i karakterize etmek ve RNFT2'nin ID'deki rolünü ve iki protein arasındaki ortolojiyi araştırmaktır. Bu amaçla, ilk olarak CG13605'in ifade örüntüsünü araştırdım ve gelişim boyunca mantarsı gövde Kenyon hücrelerinde ifadesini gözlemledim. Daha sonra RNA yıkımı ve CRISPR nakavt mutantlarını üretip araştırarak fonksiyon kaybı deneyleri yaptım. CG13605 susturma deneyleri, mantarsı gövde loblarında yanlış yönlendirme kusurlarıyla sonuçlandı. Benzer şekilde, nakavt deneyleri de α/β loblarında çeşitli fenotiplere yol açtı. RNFT2 ve CG13605 arasındaki ortolojiyi araştırmak için CG13605 mutant arka planındaki sineklerde yabani tip ve mutant RNFT2'yi ifade ettim. Yabani tip RNFT2 ile yapılan kurtarma deneyleri, gözlenen fenotiplerin kurtarılmasıyla sonuçlanmış ve RNFT2 ile CG13605 arasında işlev odaklı bir ortoloji olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Characterized by deficits in both intellectual ability and adaptive behavior, intellectual disabilities (IDs) are one of the major neurodevelopmental disorders with a prevalence of 1-3% worldwide. Development of Next Generation Sequencing techniques provided an important step for the study of ID and identification of ID-related genes. A whole exome sequencing study of 404 consanguineous families with ID led to the identification of a novel ID-related missense variant (cT1150C; p.C384R) in the RNFT2 gene. RNFT2 (RING finger protein, transmembrane 2) encodes a RING finger E3 ubiquitin ligase. Its fly ortholog Dmel/CG13605 has the same type of RING finger domain (C3HC4) and is predicted to be a ubiquitin E3 ligase. The aim of this study is to characterize the fly orthologue of RNFT2, CG13605, and investigate the role of RNFT2 in ID and the orthology between two proteins. For this aim, first I investigated the expression pattern of CG13605 and observed expression in the mushroom body (MB) Kenyon cells throughout development. Then I conducted loss of function experiments by RNAi knockdown and generating and investigating CRISPR knockout mutants. Knockdown experiments resulted in misguidance defects in the MB lobes. Similarly, knockout experiments also led to various MB phenotypes in α/β lobes. To investigate the orthology between RNFT2 and CG13605, I expressed transgenic wild type and mutant RNFT2 in flies in the CG13605 mutant background. Rescue experiments with wild type RNFT2 resulted in rescue of observed phenotypes, indicating a function-oriented orthology between RNFT2 and CG13605.
Benzer Tezler
- Mutant parkin proteininin moleküler karakterizasyonu ve nöroblastoma hücre proteomu üzerindeki etkisi
Molecular characterization of mutant parkin protein and the effects on neuroblastoma cell proteome
SİNEM ÖZGÜL
- Characterization of androgen receptor variant induced senescence in prostate cancer
Prostate kanserinde androjen reseptörü varyantlarının sebep olduğu senesensin karakterizasyonu
GİZEM HAZAL ŞENTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
GenetikKoç ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK
- Zeytinde polen uyumunu kontrol eden aday genin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of a candidate gene associated in pollen recognation of olive
ALİ CAN KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN
- Characterization of a small molecule stabilizing cryptochrome 1 in the mammalian circadian clock
Memeli sirkadyen saatinde kriptokrom 1'i stabilize eden bir küçük molekülün karakterizasyonu
ZEYNEP MELİS GÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- Pro-inflamatuvar sitokin makrofaj migrasyonunu engelleyici faktör (MIF)'ün ilişkide olduğu proteinlerin tanımlanması ve bunların moleküler özelliklerinin belirlenmesi
Identification and molecular characterization of binding partners for the pro-inflammatory cytokine macrophage migration inhibitory factor (MIF)
SEVİL ÇAYLI
Doktora
Türkçe
2009
Histoloji ve EmbriyolojiAkdeniz ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ANDREAS MEİNHARDT
PROF. DR. RAMAZAN DEMİR