Aeribacillus pallidus PI8 suşuna ait proteaz enzim genin klonlanmasi ve protein üretimi
Cloning and protein production of protease enzyme from Aeribacillus pallidus PI8 strain
- Tez No: 807872
- Danışmanlar: PROF. DR. ORHAN ERDOĞAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 51
Özet
Amaç: Aeribacillus pallidus PI8 suşuna ait proteaz enzim geninin klonlanması ve protein üretimi üzerine yapılan bu çalışmada, E. coli BL21 suşunda rekombinant protein üretimi ve saflaştırılması hedeflenmiştir. Yöntem: Aeriacillus pallidus PI8 suşuna ait proteaz enzim geni izole edip ve proteaz geni PCR yöntemiyle çoğaltıldı. PCR ürünü, SUMO ekspresyon vektörüne aktarıldı ve vektör kompetent One Shot® Mach1TM-T1R bakterisine transfer edilerek çoğaltıldı ve koloni PCR yapıldı.Pozitif kolon seçimi sonrası plazmid izolasyonu gerçekleştirildi. Genin doğru şekilde vektöre entegre olduğunu doğrulamak için genin forward ve vektörün reverse ile çapraz PCR yapıldı.Ekspression için kompetent E. coli BL21 hücrelerine aktarıldı. Protein üretimi için kültürlerden biri 0,5 mM, diğeri ise 1 mM IPTG ile indüklenerek IPTG miktarı belirlendi. Sonuçlar için bakteri hücreleri öncelikle parçalandı ve ardından SDS-PAGE analizi yapıldı.Sonra saflaştırma işlemine geçildi.Bu amaçla hücre lizatı hazırlandı. ProbondTM kolonuna yüklenerek saflaştırma gerçekleştirildi. Saflaştırma sonrası, SDS-PAGE analizi ve Commassie brilliant blue G-250 boya ile sonuçlar analiz edildi. Saflaştırmanın başarıyla gerçekleştirildiği doğrulandı. Bulgular: Araştırmada alınan sonuçlara göre, protein üretiminde en iyi üretimin son konsantrasyon 1 mM olacak şekilde IPTG ile indüklenen kültürde olduğu görüldü. Saflaştırma sonrasında SDS-PAGE Commassie brillant blue G-250 ile boyanan jel sonucuna göre üretilen proteinin ağırlığı ⁓37 kDa olarak bulundu. Sonuçlar: : Bu tez çalışmasında Aeribacillus pallidus PI8 suşuna ait proteaz enzim geni başarıyla pET-SUMO vektörüne klonlanmış ve saflaştırma işlemi gerçekleştirilerek hedeflenen protein üretimi elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Purpose: This study aimed to clone the protease enzyme gene from the Aeribacillus Pallidus PI8 strain into the SUMO vector and produce recombinant protein in E. coli BL21 strain for protein production. Method: The protease enzyme gene from Aeribacillus pallidus PI8 strain was isolated and amplified by using PCR. The PCR product was transferred to the SUMO expression vector and amplified in One Shot® Mach1TM-T1R bacteria, followed by colony PCR. Plasmid isolation was performed after positive colony selection. Gene integration was confirmed by cross-PCR using the gene forward and vector reverse primers. For expression, the plasmid was transferred to E. coli BL21 cells. Two cultures were induced with different IPTG concentrations (0.5 mM and 1 mM) to optimize protein production. Bacterial cells were lysed, and SDS-PAGE analysis was conducted. Purification involved cell lysate preparation and purification using a ProbondTM column. SDS-PAGE and Coomassie Brilliant Blue G-250 staining confirmed successful purification. Findings: According to the results obtained in the study, it was observed that the best product in protein production was in the culture induced with IPTG with a final concentration of 1 mM. At the end of SDS-PAGE, the weight of the protein produced was found to be ⁓37 kDa according to the result of the gel stained with Coomassie brilliant blue G-250. Results: This thesis study successfully cloned the protease enzyme gene from Aeriacillus pallidus PI8 strain using the pET-SUMO vector, performed purification, and achieved the targeted result of protein production.
Benzer Tezler
- Aeribacillus pallidus C10'dan alkalin proteaz enziminin saflaştırılması,karakterizasyonu ve biyoteknolojik uygulanabilirliği
Purification, characterization and investigation of biotechnological applications of alkaline protease enzyme from Aeribacillus pallidus C10
VİLDAN YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyokimyaAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELDA ŞİŞECİOĞLU
- Aeribacillus pallidus AC6'da yüksek seviyede ekspres edilen flagellin geninin (hag) klonlanması, promotor yapısı, flagellar spesifik transkripsiyon faktörünün (sigma-d) izolasyonu ve saflaştırılması
Cloning and promoter architecture of flagellin gene (hag) expressed at high-level and isolation and purification flagellar-specific transcription factor (?d) in Aeribacillus pallidus AC6
ELİF SEVİM
Doktora
Türkçe
2010
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Aeribacillus pallidus (P26) bakterisinden peroksidaz enziminin saflaştırılması ve kinetiğinin araştırılması
Purification and characterization of peroxidase from Aeribacillus pallidus (P26)
PARHAM TASLİMİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET ADIGÜZEL
- Yüksek miktarda biyofilm oluşturan termofilik basillerin çeşitli yüzeylerdeki biyofilm yapılarının analizi ve biyofilmin giderimi ile biyokorozyonun önlenmesi
Analyses of biofilm structures on various surfaces produced by high amounts of biofilm-forming thermophilic bacilli and prevention of biocorrosion with biofilm removal
TUĞBA KILIÇ
- Bacillus sp. suşlarından izole edilen asidik, alkali, termostabil amilaz ve pullulanaz enzimlerinin üretimi, karakterizasyonu ve biyoteknolojik kullanım olanaklarının araştırılması
The investigation of the production, characterization and biotechnological usage possibilities of the acidic, alkaline, thermostable amylase and pullulanase enzymes isolated from Bacillus sp.
NİHAN ARABACI