Geri Dön

SARS-CoV-2 ana proteaz-nirmatrelvir ve molnupiravir kompleks yapılarının moleküler dinamik simülasyonları

SARS-CoV-2 main protease-nirmatrelvir and molnupiravir molecular dynamic simulations of complex structures

  1. Tez No: 808891
  2. Yazar: İZZET GÖGER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET YILDIRIM
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biophysics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Siirt Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Fizik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 49

Özet

SARS-CoV-2 Mpro enzimi, SARS-CoV-2 virüsünün viral replikasyonuna ve yayılmasına aracılık ettiği için önemli bir ilaç hedefi olarak varsayılmaktadır. Bu çalışmada Nirmatrelvir ve Molnupiravir ligandlarının SARS-CoV-2 Mpro'nun konformasyonel ve dinamik yapısı üzerindeki etkileri moleküler dinamik simülasyonlar kullanılarak incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, SARS- CoV-2 Mpro yapılarında, aktif sitelerin etkileşim halinde olduğu ve Nirmatrelvir'in asimetrik bir inhibitör olabileceğini göstermiştir. Molnupiravir'in ise simetrik bir inhibitör olduğu ve SARS-CoV-2 Mpro'nun her iki zinciri üzerinde benzer etkileri olduğu görülmüştür. Ayrıca, SARS-CoV-2 Mpro'nun yapısının kararlı yapıda olduğu ve Nirmatrelvir-SARS-CoV-2 Mpro ve Molnupuravir- SARS-CoV-2 Mpro yapılarının farklı dinamiklere sahip olduğunu gösterilmiştir. Sonuç olarak, Nirmatrelvir ve Molnupiravir, SARS-CoV-2 Mpro'nun konformasyonel yapısı üzerinde belirgin değişikliklere neden olmadan SARS-CoV-2 Mpro'nun dinamikleri üzerinde önemli değişikliklere yol açmıştır. Bu çalışmanın, SARS-CoV-2 Mpro'ya yönelik etkili inhibitörlerin tasarımı ve gelişimine katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

The SARS-CoV-2 Mpro enzyme is considered an important drug target as it is involved in the viral replication and spread of the SARS-CoV-2 virus. In this study, the effects of Nirmatrelvir and Molnupiravir ligands on the conformational and dynamic structure of SARS-CoV-2 Mpro were investigated using molecular dynamics simulations. The results showed that active sites interact in SARS-CoV-2 Mpro structures and Nirmatrelvir was found to be an asymmetric inhibitor. On the other hand, Molnupiravir was shown to be a symmetric inhibitor with similar effects on both chains of SARS-CoV-2 Mpro. Additionally, it was demonstrated that the structure of SARS-CoV-2 Mpro is stable, and the Nirmatrelvir-SARS-CoV-2 Mpro and Molnupiravir-SARS-CoV-2 Mpro complexes exhibit different dynamics. In conclusion, Nirmatrelvir and Molnupiravir induce significant changes in the dynamics of SARS-CoV-2 Mpro without causing significant changes on its conformational structure. It is thought that this study will contribute to the designing and development of potent inhibitors targeting SARS-CoV-2 Mpro.

Benzer Tezler

  1. Investigation of substrate recognition of SARS-CoV-2 main protease enzyme by molecular dynamics and free energy methods

    SARS-CoV-2 ana proteaz enziminin substrat tanılamasının moleküler dinamik ve serbest enerji metotlarla incelenmesi

    HİLAL SENA TAŞÇI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyomühendislikGebze Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATMA AYDINOĞLU

    DOÇ. DR. ABDULKADİR KOÇAK

  2. Moleküler doking ve farmakokinetik yöntemler ile Sars-CoV-2 ana proteaz 3clpro için potansiyel inhibitörlerin araştırılması

    Investigation of potential inhibitors of Sars-CoV-2 main protease 3clpro by molecular docking and pharmacokinetic methods

    NİDA ULULAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    KimyaHacettepe Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. VİLDAN GÜRSOY

  3. Exploring allosteric mechanisms of chemokine receptor CXCR4 and implications in drug design

    Kemokin reseptörü CXCR4'ün allosterik mekanizmalarının ve ilaç tasarımındaki uygulamalarının keşfedilmesi

    TUĞÇE İNAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS

  4. Testing the activity of biguanide derivatives and some novel molecules against SARS-CoV-2, in silico study

    Bıguanide türevleri ve bazı yeni moleküllerin SARS-CoV-2'ye karşı etkinliklerinin siliko çalışmasında test edilmesi

    MOHAMMED EFENDİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    KimyaGaziantep Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK

  5. Güncel viral enfeksiyonlara karşı antiviral ilaç keşfi için moleküler kenetleme çalışmaları

    Molecular docking studies for novel antiviral drug discovery againts current viral infections

    SEVİM KARAKAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA

    PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL