SARS-CoV-2 ana proteaz-nirmatrelvir ve molnupiravir kompleks yapılarının moleküler dinamik simülasyonları
SARS-CoV-2 main protease-nirmatrelvir and molnupiravir molecular dynamic simulations of complex structures
- Tez No: 808891
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET YILDIRIM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Siirt Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Fizik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 49
Özet
SARS-CoV-2 Mpro enzimi, SARS-CoV-2 virüsünün viral replikasyonuna ve yayılmasına aracılık ettiği için önemli bir ilaç hedefi olarak varsayılmaktadır. Bu çalışmada Nirmatrelvir ve Molnupiravir ligandlarının SARS-CoV-2 Mpro'nun konformasyonel ve dinamik yapısı üzerindeki etkileri moleküler dinamik simülasyonlar kullanılarak incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, SARS- CoV-2 Mpro yapılarında, aktif sitelerin etkileşim halinde olduğu ve Nirmatrelvir'in asimetrik bir inhibitör olabileceğini göstermiştir. Molnupiravir'in ise simetrik bir inhibitör olduğu ve SARS-CoV-2 Mpro'nun her iki zinciri üzerinde benzer etkileri olduğu görülmüştür. Ayrıca, SARS-CoV-2 Mpro'nun yapısının kararlı yapıda olduğu ve Nirmatrelvir-SARS-CoV-2 Mpro ve Molnupuravir- SARS-CoV-2 Mpro yapılarının farklı dinamiklere sahip olduğunu gösterilmiştir. Sonuç olarak, Nirmatrelvir ve Molnupiravir, SARS-CoV-2 Mpro'nun konformasyonel yapısı üzerinde belirgin değişikliklere neden olmadan SARS-CoV-2 Mpro'nun dinamikleri üzerinde önemli değişikliklere yol açmıştır. Bu çalışmanın, SARS-CoV-2 Mpro'ya yönelik etkili inhibitörlerin tasarımı ve gelişimine katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
The SARS-CoV-2 Mpro enzyme is considered an important drug target as it is involved in the viral replication and spread of the SARS-CoV-2 virus. In this study, the effects of Nirmatrelvir and Molnupiravir ligands on the conformational and dynamic structure of SARS-CoV-2 Mpro were investigated using molecular dynamics simulations. The results showed that active sites interact in SARS-CoV-2 Mpro structures and Nirmatrelvir was found to be an asymmetric inhibitor. On the other hand, Molnupiravir was shown to be a symmetric inhibitor with similar effects on both chains of SARS-CoV-2 Mpro. Additionally, it was demonstrated that the structure of SARS-CoV-2 Mpro is stable, and the Nirmatrelvir-SARS-CoV-2 Mpro and Molnupiravir-SARS-CoV-2 Mpro complexes exhibit different dynamics. In conclusion, Nirmatrelvir and Molnupiravir induce significant changes in the dynamics of SARS-CoV-2 Mpro without causing significant changes on its conformational structure. It is thought that this study will contribute to the designing and development of potent inhibitors targeting SARS-CoV-2 Mpro.
Benzer Tezler
- Investigation of substrate recognition of SARS-CoV-2 main protease enzyme by molecular dynamics and free energy methods
SARS-CoV-2 ana proteaz enziminin substrat tanılamasının moleküler dinamik ve serbest enerji metotlarla incelenmesi
HİLAL SENA TAŞÇI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA AYDINOĞLU
DOÇ. DR. ABDULKADİR KOÇAK
- Moleküler doking ve farmakokinetik yöntemler ile Sars-CoV-2 ana proteaz 3clpro için potansiyel inhibitörlerin araştırılması
Investigation of potential inhibitors of Sars-CoV-2 main protease 3clpro by molecular docking and pharmacokinetic methods
NİDA ULULAR
- Exploring allosteric mechanisms of chemokine receptor CXCR4 and implications in drug design
Kemokin reseptörü CXCR4'ün allosterik mekanizmalarının ve ilaç tasarımındaki uygulamalarının keşfedilmesi
TUĞÇE İNAN
Doktora
İngilizce
2023
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS
- Testing the activity of biguanide derivatives and some novel molecules against SARS-CoV-2, in silico study
Bıguanide türevleri ve bazı yeni moleküllerin SARS-CoV-2'ye karşı etkinliklerinin siliko çalışmasında test edilmesi
MOHAMMED EFENDİ
- Güncel viral enfeksiyonlara karşı antiviral ilaç keşfi için moleküler kenetleme çalışmaları
Molecular docking studies for novel antiviral drug discovery againts current viral infections
SEVİM KARAKAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA
PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL