Testing the activity of biguanide derivatives and some novel molecules against SARS-CoV-2, in silico study
Bıguanide türevleri ve bazı yeni moleküllerin SARS-CoV-2'ye karşı etkinliklerinin siliko çalışmasında test edilmesi
- Tez No: 745578
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
SARS-CoV-2 proteinleri, ana proteaz (MPro), papain benzeri proteaz (PLPro) ve RNA'ya bağımlı RNA polimeraz (RdRp) dahil olmak üzere bu virüsün replikasyon sürecinden sorumlu ana faktörlerdir. Çalışmamızla, biguanid türevlerinin ve Kamerun bitkilerinden elde edilen bazı fitokimyasalların bu hedeflere karşı etkinliğini araştırmak için moleküler yerleştirme uygulayarak bu proteinlerin rollerini engellemeyi amaçlıyoruz, daha sonra en iyi yerleştirme sonuçlarının komplekslerinin stabilitesini araştırmak için moleküler dinamik simülasyon yöntemi uygulanır. Ayrıca daha iyi sonuçlar elde etmek için biguanid türevlerini in-silico değiştiririz, son adım olarak, iyi yerleştirme sonuçları gösteren modifiye edilmiş bileşiklere Emilim, Dağılım, Metabolizma, Boşaltım ve Toksisite testi (ADMET) uygularız. Çalışmamız sonucunda fenformin RdRp proteinine karşı inhibisyon rolü oynamış, PLPro'ya karşı proguanil kullanılması önerilmiş ve Mpro'ya karşı Pycnanthuquinone B iyi sonuç vermiş, aynı zamanda modifiye edilmiş 10 bileşiğimiz bunlara karşı umut verici sonuçlar vermiştir. hedefler, bu nedenle bu aktiviteyi araştırmak için diğer ilaç geliştirme adımları uygulanabilir.
Özet (Çeviri)
SARS-CoV-2 proteins are the main factors responsible for the replication process of the virus, including main protease (MPro), papain like protease (PLPro) and RNA dependent RNA polymerase (RdRp). Through our study, we aim to inhibit the roles of these proteins, by applying molecular docking to investigate the effectiveness of biguanide derivatives and some phytochemicals extracted from Cameroonian plants against these targets, then a molecular dynamic simulation method was applied to investigate the stability of the complexes of best docking results. Also, in silico we modified biguanide derivatives to get better results, and as the last step, we applied Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion and Toxicity test (ADMET) to these modified compounds which showed good docking results. As a result of our study, phenformin played an inhibition role against RdRp protein, proguanil was recommended for use against PLPro, and Pycnanthuquinone B had a good result against Mpro, at the same time, 10 of our modified compounds gave promise results against these targets, so other drug development steps could be applied to investigate this activity.
Benzer Tezler
- Testing the toxicity and effectiveness of new treatment options for alzheimer's disease in a zebrafish brain model of amyloid toxicity
Alzheımer hastalığı için yeni tedavi seçeneklerinin toksik etkilerinin ve etkinliklerinin amiloid toksisite zebra balığı beyin modelinde test edilmesi
YUSUF KAAN POYRAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN
- The Effect of preparation and reaction conditions on the activity of noble metal reducible oxide catalyst
Hazırlama ve reaksiyon koşullarının asil-meatal-indirgenebilir-oksit karalizörlerinin etkinliğine etkisi
GÖZDEM KILAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP İLSEN ÖNSAN
- Kontakt lens dezenfektan solüsyonlarının antimikrobiyal etkinliklerinin araştırılması
Investigation of antimicrobial activity of contact lens disinfecting solutions
MİRAY ÜSTÜNTÜRK
Doktora
Türkçe
2014
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ZUHAL ZEYBEK
- Zebra balığı (Danio rerio) gelişimi üzerine n-butanol'ün teratojenik ve nörotoksik etkileri
Teratogenic and neurotoxic effects of n-butanol on the development of zebrafish (Danio rerio)
MİNE KÖKTÜRK
Doktora
Türkçe
2018
Su ÜrünleriAtatürk ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED ATAMANALP
- Antep fıstığı (Pistacia vera L.) meyve sap ekstreleri ve saf metabolitlerinin antidiyabetik ve antikolinesteraz özellikleri
Antidiabetic and anticholinesterase properties of extracts and pure metabolites of fruit stems of Pistachio (P. vera L.)
LAWALI YABO DAMBAGI