Geri Dön

Testing the activity of biguanide derivatives and some novel molecules against SARS-CoV-2, in silico study

Bıguanide türevleri ve bazı yeni moleküllerin SARS-CoV-2'ye karşı etkinliklerinin siliko çalışmasında test edilmesi

  1. Tez No: 745578
  2. Yazar: MOHAMMED EFENDİ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 80

Özet

SARS-CoV-2 proteinleri, ana proteaz (MPro), papain benzeri proteaz (PLPro) ve RNA'ya bağımlı RNA polimeraz (RdRp) dahil olmak üzere bu virüsün replikasyon sürecinden sorumlu ana faktörlerdir. Çalışmamızla, biguanid türevlerinin ve Kamerun bitkilerinden elde edilen bazı fitokimyasalların bu hedeflere karşı etkinliğini araştırmak için moleküler yerleştirme uygulayarak bu proteinlerin rollerini engellemeyi amaçlıyoruz, daha sonra en iyi yerleştirme sonuçlarının komplekslerinin stabilitesini araştırmak için moleküler dinamik simülasyon yöntemi uygulanır. Ayrıca daha iyi sonuçlar elde etmek için biguanid türevlerini in-silico değiştiririz, son adım olarak, iyi yerleştirme sonuçları gösteren modifiye edilmiş bileşiklere Emilim, Dağılım, Metabolizma, Boşaltım ve Toksisite testi (ADMET) uygularız. Çalışmamız sonucunda fenformin RdRp proteinine karşı inhibisyon rolü oynamış, PLPro'ya karşı proguanil kullanılması önerilmiş ve Mpro'ya karşı Pycnanthuquinone B iyi sonuç vermiş, aynı zamanda modifiye edilmiş 10 bileşiğimiz bunlara karşı umut verici sonuçlar vermiştir. hedefler, bu nedenle bu aktiviteyi araştırmak için diğer ilaç geliştirme adımları uygulanabilir.

Özet (Çeviri)

SARS-CoV-2 proteins are the main factors responsible for the replication process of the virus, including main protease (MPro), papain like protease (PLPro) and RNA dependent RNA polymerase (RdRp). Through our study, we aim to inhibit the roles of these proteins, by applying molecular docking to investigate the effectiveness of biguanide derivatives and some phytochemicals extracted from Cameroonian plants against these targets, then a molecular dynamic simulation method was applied to investigate the stability of the complexes of best docking results. Also, in silico we modified biguanide derivatives to get better results, and as the last step, we applied Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion and Toxicity test (ADMET) to these modified compounds which showed good docking results. As a result of our study, phenformin played an inhibition role against RdRp protein, proguanil was recommended for use against PLPro, and Pycnanthuquinone B had a good result against Mpro, at the same time, 10 of our modified compounds gave promise results against these targets, so other drug development steps could be applied to investigate this activity.

Benzer Tezler

  1. Testing the toxicity and effectiveness of new treatment options for alzheimer's disease in a zebrafish brain model of amyloid toxicity

    Alzheımer hastalığı için yeni tedavi seçeneklerinin toksik etkilerinin ve etkinliklerinin amiloid toksisite zebra balığı beyin modelinde test edilmesi

    YUSUF KAAN POYRAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN

  2. The Effect of preparation and reaction conditions on the activity of noble metal reducible oxide catalyst

    Hazırlama ve reaksiyon koşullarının asil-meatal-indirgenebilir-oksit karalizörlerinin etkinliğine etkisi

    GÖZDEM KILAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP İLSEN ÖNSAN

  3. Kontakt lens dezenfektan solüsyonlarının antimikrobiyal etkinliklerinin araştırılması

    Investigation of antimicrobial activity of contact lens disinfecting solutions

    MİRAY ÜSTÜNTÜRK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ZUHAL ZEYBEK

  4. Zebra balığı (Danio rerio) gelişimi üzerine n-butanol'ün teratojenik ve nörotoksik etkileri

    Teratogenic and neurotoxic effects of n-butanol on the development of zebrafish (Danio rerio)

    MİNE KÖKTÜRK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Su ÜrünleriAtatürk Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMED ATAMANALP

  5. Antep fıstığı (Pistacia vera L.) meyve sap ekstreleri ve saf metabolitlerinin antidiyabetik ve antikolinesteraz özellikleri

    Antidiabetic and anticholinesterase properties of extracts and pure metabolites of fruit stems of Pistachio (P. vera L.)

    LAWALI YABO DAMBAGI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    KimyaKilis 7 Aralık Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ÇAKIR