Geri Dön

Akut karaciğer yetmezliği tedavisine yönelik alternatif yeni aday moleküllerin kenetlenme metodu ile belirlenmesi

Identification of alternative new candidate molecules for the treatment of acute liver failure by clamping method

PDF İndir

  1. Tez No: 810858
  2. Yazar: REMZİYE AZRA KARTOP
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 85

Özet

Akut karaciğer yetmezliği son derece önemli ve hızlı ilerleyen ve en önemlisi de doğru bir tedavi yöntemi uygulanmazsa çoklu organ yetmezliği gibi istenmeyen durumlara neden olabilen ve ölüm oranı yüksek bir hastalıktır. AKY'nin temel nedeni tam olarak bilinmiyor fakat hastalıkta viral kaynaklı enfeksiyonların etkili olduğu öngörülmektedir. Bu çalışmada akut karaciğer yetmezliğinde aktif rol oynayan aminotransferaz enziminin 2HHF pdb (Protein Data Bank) kodlu kristal yapısı ile Zinc15 veri tabanından alınan ZINC000013555421 kodlu ligandın iskelet yapısı temel alınarak gerçekleştirilen 98 adet türevinin bağlanma afinitelerinin hesaplanması amaçlanmıştır. Öncelikle ilgili ligand ve türevlerinin geometri optimizasyonları, konformer taramaları ve kenetlenme işlemleri MMFF ve yarı deneysel PM6 metotları ile Spartan'16 yazılımı ile hesaplanmıştır, ardından kenetlenme çalışmaları Autodock Vina v.1.2.0 programı ile gerçekleştirilerek bağlanma afiniteleri hesaplanmıştır. Reseptör ve ligand arasında gerçekleştirilen etkileşimlerin görsel olarak sunulmasında Discovery Studio Visualer yazılımından yararlanılmıştır. Bu araştırmada kenetlenme çalışmaları sonucu elde edilen bağlanma afinitelerine göre, ilgili ligandın ilk halinden daha iyi afinite enerjilerine sahip modifiye edilmiş 98 yeni molekül elde edilmiştir. 2HHF reseptörü ile ZINC000013555421 ligandı arasında gerçekleştirilen kenetlenme işleminde -7.8 kkal/mol değerinde bir afinite elde edilirken L-80, L-88, L-94, L-40, L-46, L-72, L-73, L-93, L-98, L-6, L-49, L-71, L-77, L-79, L-82, L-97, L-62, L-85, L-96, L-87, L-78 ligandlarında ise bu değer -9.0, -9.1, -9.2, -9.3 ve -9.6 kkal/mol aralığında değişmiştir. Bu bağlamda yapılan türevlendirme çalışmaları sonucunda yapıdaki hidrofilik yapıların proteinlerin aktif bölgesi (x,y,z) için daha iyi bağlanma enerjisi verdiği tespit edilmiştir. Çalışmada elde edilen moleküllerin deneysel olarak analizi önerilmektedir.

Özet (Çeviri)

Acute liver failure is an extremely important and rapidly progressing disease, and most importantly, if the right treatment method is not applied, it can cause undesirable conditions such as multi-organ failure and has a high mortality rate. The root cause of AHF is not known exactly, but it is predicted that viral infections are effective in the disease. In this study, it was aimed to calculate the binding affinities of 98 derivatives of the aminotransferase enzyme, which plays an active role in acute liver failure, based on the 2HHF pdb (Protein Data Bank) coded crystal structure and the skeletal structure of the ZINC000013555421 coded ligand obtained from the Zinc15 database. First of all, the geometry optimizations, conformer scans and coupling processes of the relevant ligand and its derivatives were calculated with MMFF and semi-experimental PM6 methods with Spartan'16 software, then the coupling studies were performed with Autodock Vina v.1.2.0 program and the binding affinities were calculated. Discovery Studio Visualer software was used to visually present the interactions between the receptor and the ligand. In this study, 98 new modified molecules with better affinity energies than the initial state of the relevant ligand were obtained, according to the binding affinities obtained as a result of docking studies. An affinity of -7.8 kcal/mol is obtained in the coupling between the 2HHF receptor and the ZINC000013555421 ligand, while L-80, L-88, L-94, L-40, L-46, L-72, L-73, L-93 , L-98, L-6, L-49, L-71, L-77, L-79, L-82, L-97, L-62, L-85, L-96, L-87, L For -78 ligands, this value changed between -9.0, -9.1, -9.2, -9.3 and -9.6 kcal/mol. As a result of derivatization studies carried out in this context, it has been determined that the hydrophilic structures in the structure give better binding energy for the active site (x, y, z) of the proteins. Experimental analysis of the molecules obtained in the study is recommended.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    619640

    Ceviz endokarp zarının fitokimyasal içeriğinin belirlenmesi ve bu bileşiğin böbrek iskemisi yapılmış ratlarda koruyucu etkilerinin histopatolojik ve moleküler olarak araştırılması

    Determination of the phytchemical content of walnut endocarp loss and the investigation of the protective effects of this compound in the kidney of the renal ischemia as a histopathologic and molecular

    ELİFNUR DURSUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    GenetikAtatürk Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN AŞKIN

  2. Tez No

    576451

    Ani idiyopatik işitme kaybı olan hastalarda inflamatuar biyobelirteçlerin prognostik değeri

    Prognostic value of inflammatory biomaterials patients with sudden idiopathic hearing loss

    ZEKİYE KABAŞ UYSAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Kulak Burun ve Boğazİzmir Katip Çelebi Üniversitesi

    Kulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MURAT SONGU

  3. Tez No

    406600

    Hiponatremili olguların değerlendirilmesi ve tedaviye dirençli olgularda tolvaptan'ın yeri

    Evaluation of cases with hyponatremia and tolvaptan treatment in resistant cases

    ESRA AKÇALI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    NefrolojiBaşkent Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞEGÜL ZÜMRÜTDAL

  4. Tez No

    247744

    Deneysel hayvan modelinde terlipressin uygulamasının kontrast nefropatisini önlemedeki rolü

    Preventive effect of terlipressin on contrast-induced nephropthy in rats

    ELİF ARI BAKIR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    NefrolojiMarmara Üniversitesi

    Nefroloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SERHAN TUĞLULAR

  5. Tez No

    761709

    Kolistin kullanılan çocuk yoğun bakım hastalarında biyokimyasal parametreler ve yoğun bakım skorlarının değerlendirilmesi

    Evaluation of biochemical parameters and intensive care scores in child intensive care patients using colistin

    POLAT AKSOY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVİN HATİPOĞLU

Geri Dön