Karboksamit grubu taşıyan antimon(III) komplekslerinin moleküler doking analizi
Molecular docking analysis of antimon(III) complexes containing carboxamide group
- Tez No: 811887
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BERNA ÇATIKKAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 62
Özet
Anti-Leishmania özelliğine sahip L1: N-2-pirimidin-2-pirolinkarboksamit, L2: N-2-pirimidin-2-piperidinkarboksamit, L3: 5-kloro-N-(2-pirimidin)-2-tiofenkarboksamit ligandları ile antimon(III) bromür ve klorür komplekslerinin doking analizi yapılmıştır. Induced fit docking (IFD) yöntemi ile doking analizi için Schrödinger programı kullanılmıştır. Ayrıca, antimon(III) komplekslerinin ilaç özellikleri belirlemek için SwissADME programı kullanılmıştır. Bu tez çalışmasında, anti-Leishmania özelliklerini değerlendirmek için Leishmania infantum parazitinin tripanotion redüktaz enzimleri Protein Veri Bankasından (PDB numarası): 5EBK, 4NEW, 2YAU, 4APN ve 6ER5 hedef olarak seçilmiştir. Seçilen enzimlerle bileşikler arasındaki moleküler doking, moleküler mekanik/genelleştirilmiş Born yüzey alanı (MM/GBSA) ve absorpsiyon, dağılım, metabolizma, eliminasyon (ADME) çalışması ilk kez incelenmiştir. Komplekslerin aktif bölgede bağlanma enerjileri MM/GBSA yöntemi ile hesaplanmıştır. Doking ve MM/GBSA sonuçlarına göre bromo kompleksler kloro komplekslerden daha yüksek enerji değeri ile tripanotion redüktaz enziminin aktif bölgesine bağlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Docking analysis of antimony(III) bromide and chloride complexes with L1: N-2-pyrimidin-2-pyrrolincarboxamide, L2: N-2-pyrimidin-2-piperidinecarboxamide, L3: 5-chloro-N-(2-pyrimidine)-2-thiophenecarboxamide ligands having anti-Leishmania properties was performed. Schrödinger program was used for docking analysis by induced fit docking (IFD) method. In addition, SwissADME program was used to determine the drug properties of antimony(III) complexes. In this thesis, to evaluate the anti-Leishmania properties, the Trypanothione reductase enzymes of the parasite Leishmania infantum from the Protein Data Bank (PDB ID): 5EBK, 4NEW, 2YAU, 4APN and 6ER5 were selected as targets. In this study, molecular docking, molecular mechanics generalized Born surface area (MM/GBSA) and absorption, distribution, metabolism, elimination (ADME) studies between the selected enzymes and compounds were investigated for the first time. The binding energies of the complexes in the active site were calculated by MM/GBSA method. According to docking and MM/GBSA results, bromo complexes bind to the active site of the enzyme Trypanothione reductase with higher binding energies than chloro complexes.
Benzer Tezler
- Sübstitüe propandioik asid tiyosemikarbazidleri ile bunlardan türeyen Bis(triazolintiyonil) Alkanlar'ın sentezi ve spektral verileri
Başlık çevirisi yok
NURAY ULUSOY
Doktora
Türkçe
1993
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NEDİME ERGENÇ
- Potansiyel proteazom inhibitörü bir grup karbosiklik ve heterosiklik bileşiğin sentez ve biyoaktivite çalışmaları
Synthesis and bioactivity studies of some carbocyclic and heterocyclic compounds as potential proteasome inhibitors
ŞİRİN UYSAL
Doktora
Türkçe
2017
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP SOYER
- Bir grup açilaminoalkanamit bileşiğinin sentezi ve biyoaktivitelerinin araştırılması
Synthesis and bioactivity ınvestigation on a group of acylaminoalkanamide derivatives
GÜNEŞ ÇOBAN
Doktora
Türkçe
2011
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VAROL PABUÇCUOĞLU
- Retinoidol etkili benzimidazol türevi bileşiklerin tasarlanması ve sentezleri üzerinde çalışmalar
Başlık çevirisi yok
M. ORHAN PÜSKÜLLÜ
- N-metil anilinden türeyen bazı triazenlerin sentezi ve yapılarının aydınlatılması
The synthesis and structure elucidation of some triazenes derivatived from N-methyl aniline
PELİN ÇIKLA
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Eczacılık ve FarmakolojiMarmara ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF.DR. SEVİM ROLLAS