Investigation of the potential of the mutations in cell-free circulating tumor dna as biomarkers of diagnosis and chemo-immunotherapy resistance in follicular lymphoma patients
Dolaşımdakı serbest tümör dna'sındakı mutasyonların foliküler lenfoma hastalarında tanı ve kemo-ımmünoterapi direnç biyomarkerı olma potansıyelinin incelenmesi
- Tez No: 812330
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Hematoloji, Onkoloji, Genetics, Hematology, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Foliküler lenfoma, lenfatik sistemin germinal merkezlerindeki anormal B hücrelerinden kaynaklanan Hodgkin dışı lenfomanın yaygın bir alt tipidir. Klinik olarak değişken bir prognoza sahip olması nedeniyle doğru teşhis ve risk stratifikasyonu, en uygun tedavi stratejisini belirlemek ve hasta sonuçlarını iyileştirmek için önemlidir. Bu çalışmada, foliküler lenfoma hastalarında, invaziv olmayan bir yöntem olan dolaşımdaki serbest DNA'nın (cfDNA) konsantrasyon ve genotipinin potansiyel tanısal ve prognostik değerini araştırdık. 13 asemptomatik ve 7 semptomatik olmak üzere 20 yeni teşhis edilmiş foliküler lenfoma vakasını dahil ettik. FL olgularının plazma cfDNA ve formalinle sabitlenmiş parafin gömülü tümör dokusu DNA'sındaki somatik varyantları tespit etmek için ultra-derin hedeflenmiş yeni nesil dizileme kullandık. Tedavi görmemiş foliküler lenfoma vakalarında, sıkı bir kriter uygulayarak ve hesaplamalı biyoinformatik iş akışı kullanarak 91 somatik kısa varyantı belirledik. Semptomatik vakalarda, asemptomatik vakalara kıyasla daha yüksek plazma cfDNA konsantrasyonları ve hem cfDNA hem de tümör doku DNA'sında ortak somatik varyantların daha sık olduğu gözlemlendi. Beklenildiği gibi yüksek Ki-67 boyama, yüksek LDH düzeyleri ve FDG PET/CT pozitifliği gibi olumsuz klinik faktörler, daha kötü sağkalımla ilişkili olduğu gözlemlendi. Ayrıca, daha yüksek plazma cfDNA konsantrasyonları olan vakalarda daha kötü sağkalım gözlendi. BCL2 mutasyonlarının cfDNA'da varlığı da daha kötü sağkalım ile ilişkilendirildi ve BCL2 mutasyonlarının olumsuz klinik değişkenlerle birlikte görülmesi, prognostik yararlılığı arttırdı. Sonuç olarak, bulgularımız, cfDNA'nın invaziv olmayan bir sıvı biyopsi yöntemi olarak, foliküler lenfoma hastalarının teşhisini ve risk stratifikasyonunu iyileştirmeye yönelik umut vaat ettiğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
Follicular lymphoma, a common subtype of non-Hodgkin's lymphoma that originates from abnormal B-cells in the germinal centers of the lymphatic system, has a clinically variable prognosis. Therefore, accurate diagnosis and risk stratification are crucial for determining the most appropriate treatment strategy and improving patient outcomes. In this study, we investigated the potential diagnostic and prognostic value of the concentrations and genotype of circulating cell-free DNA (cfDNA), a non-invasive approach, in patients with follicular lymphoma. We enrolled 20 newly diagnosed cases of follicular lymphoma, including 13 asymptomatic and 7 symptomatic cases. We used ultra-deep targeted next-generation sequencing to identify somatic variants in plasma cfDNA and formalin-fixed paraffin-embedded tumor tissue DNA of FL cases. In treatment-naive follicular lymphoma cases, we identified 91 somatic short variants using a computational bioinformatic pipeline and by applying strict criteria. We observed higher concentrations of plasma cfDNA in symptomatic cases compared to asymptomatic cases, and a higher frequency of somatic variants common in both cfDNA and tumor tissue DNA in symptomatic cases. Consistent with expectations, adverse clinical factors such as high Ki-67 staining, elevated LDH levels, and FDG PET/CT positivity were associated with poorer survival. Furthermore, we observed poorer survival in cases with higher plasma cfDNA concentrations. The presence of BCL2 mutations in cfDNA was also associated with poorer survival, and the co-occurrence of BCL2 mutations with adverse clinical variables improved the prognostic utility. In conclusion, our findings suggest that cfDNA, as a non-invasive liquid biopsy method, holds promise for improving the diagnosis and risk stratification of follicular lymphoma patients.
Benzer Tezler
- Generation and characterization of familial mediterranean fever (FMF) disease-specific induced pluripotent stem cells (iPSCs)
Ailesel Akdeniz ateşi hastalığına spesifik uyarılmış pluripotent kök hücrelerin üretimi ve karakterizasyonu
KEREM FİDAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiKoç ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER
- Hypericum perforatum ekstraktının insan tiroid kanserine karşı antikanserojenik etkilerinin araştırılması
Investigation of the anticancerogenic effects of hypericum perforatum extract against human thyroid cancer
GİZEM ALTUNKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaSelçuk ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAR KARAKURT
DOÇ. DR. ÇİĞDEM SARAÇ
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Expression profiles of differentially expressed genes of rat mammary adenocarcinoma in various tumor cell lines and effects of some antioxidants
Sıçan adenokarsinomlarında farklı olarak ifade edilen genlerin çeşitli tümör hücre hatlarında ifade edilme profilleri ve bazı antioksidanların etkileri
SEÇİL CERTEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE GÜNEŞ
PROF. DR. SEMRA ÜLKÜ
- Koenzim Q10 nefropatisinde koenzim Q10 içerikli nanoterapötiklerin tedavi etkinliğinin araştırılması ve in vitro modelde mitokondriyal fonksiyonlarının karşılaştırılması
Investigation of treatment efficacy of coenzyme Q10 containing nanotherapeutics in coenzyme Q10 nephropathy and comparison of mitochondrial functions in in vitro model
HAMİDE SENA ÖZBAY
Doktora
Türkçe
2022
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAMİYE YABANOĞLU ÇİFTÇİ