Investigation of the interaction of the molecular structure of compound C24H24N6OS2 with DNA bases by DFT
C24H24N6OS2 bileşiğinin moleküler yapısının DNA bazları ile etkileşiminin DFT ile araştırılması
- Tez No: 816797
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇİĞDEM YÜKSEKTEPE ATAOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Fizik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 54
Özet
Tetrazol, tiyazol, siklobütan, asetamid ve fenil halkalarından oluşan bir kimyasal bileşiğin moleküler yapısı hesaplamalı kimya yöntemlerinden biri olan Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (YFT) kullanılarak araştırılmıştır. Hesaplamalarda hibrit fonksiyonlardan B3LYP baz fonksiyonu ile 6-311G ve 6-311G(d, p) sırasıyla split valans ve polarize split valans baz setleri kullanılmıştır. Kapalı formülü C24H24N6OS2 olan bileşiğin moleküler yapısı hem etanol hem de su ortamlarında optimize edilerek bağ parametreleri elde edilmiştir. Optimize edilmiş moleküler yapılar kullanılarak taban durumda su ve etanol ortamlarında tek nokta enerji hesabı yaptırılmıştır. Moleküler yapının en düşük enerjiye karşılık gelen en kararlı yapısı elde edildikten sonra moleküler elektrostatik potansiyel haritası elde edilmiş, doğal popülasyon analiz yüklerinden Fukui fonksiyonları hesaplatılmış ve moleküler orbital enerji değerleri elde edilmiştir. Moleküler orbital enerji değerlerinden moleküler yapının reaktivite parametreleri oluşturulmuş ve yük transfer parametreleri türetilerek adenin, guanin, sitozin ve timin gibi DNA bazları ile moleküler yapı arasındaki etkileşim araştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
The molecular structure of a chemical compound consisting of tetrazole, thiazole, cyclobutane, acetamide, and phenyl rings was investigated using Density Functional Theory (DFT), one of the computational chemistry methods. In the calculations, the B3LYP basis function and the split valence and polarized split valence basis sets of 6-311G and 6-311G(d, p), respectively, were used. The molecular structure of the compound with the closed formula C24H24N6OS2 was optimized in both ethanol and water environments, and bond parameters were obtained. By using optimized molecular structures, a single-point energy calculation was made in the ground state in water and ethanol environments. After obtaining the most stable structure of the molecular structure corresponding to the lowest energy, the molecular electrostatic potential map was obtained, the Fukui functions were calculated from the natural population analysis charges, and the molecular orbital energy values were obtained. The reactivity parameters of the molecular structure were formed from the molecular orbital energy values and the charge transfer parameters were derived, and the interaction between DNA bases such as adenine, guanine, cytosine, and thymine and the molecular structure was investigated.
Benzer Tezler
- Metal-siklen destekli reaktif oksijen türlerinin oluşumuna ve oksidatif deboronasyon tepkimesine metal etkisinin ve optik özelliklerinin teorik incelenmesi
Theoretical investigation of metal effect and optical properties on metal-cyclen supported reactive oxygen species formation and oxidative deboronation reaction
KÜBRA SARIKAVAK
- Yeni sentezlenmiş katyonik stiril boyanın biyomoleküllerle etkileşiminin spektroskopik ve moleküler kenetlenme metotları ile incelenmesi
Investigation of interaction of A novel cationic STYRYl dye wi̇th biomolecules by spectroscopic and molecular docking methods
BENSU DOYURAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
KimyaHacettepe ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELMAS GÖKOĞLU
- Polietilenglikol sübstitüe yeni makromoleküllerin sentezi, fiziksel ve biyolojik özelliklerinin incelenmesi
The synthesis of polyethyleneglycol substituted new macromolecules and investigation of their physical and biological properties
CANAN USLAN
Doktora
Türkçe
2018
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEHİCE ŞEBNEM SESALAN
- Schıff bazlı (C16H23NO2) ve (C27H31NO2) bileşiklerinin X-ışını kırınımı, kızılötesi ve UV-Vis spektroskopisi ile teorik ve deneysel olarak incelenmesi
Theoretical and experimental investigation of schiff based (C16H23NO2) and (C27H31NO2) compounds by X-ray diffraction, infrared and UV-Vis spectroscopy
DİDEM AYTAÇOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Fizik ve Fizik MühendisliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN YAVUZ
- Investigation of the molecular level interactions between mucins and food protein: Spectroscopic, tribological and rheological studies
Başlık çevirisi yok
HİLAL YILMAZ ÇELEBİOĞLU
