Characterization and comparative analysis of gene expression profiles of three different human oral squamous carcinoma cell lines with different invasion and metastatic capacities
Farklı invazyon ve metastatik kapasitelere sahip üç farklı insan oral skuamöz karsinom hücre hattının gen ekspresyonu profillerinin karakterizasyonu ve karşılaştırmalı analizi
- Tez No: 820778
- Danışmanlar: DOÇ. DR. DAVID GERARD
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Diş Hekimliği, Dentistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: The University of Tennessee
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Ağız Diş ve Çene Cerrahisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 229
Özet
Matriks metaloproteinazların (MMP'ler) ve katepsinlerin oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC) istilası ve metastazında anahtar rol oynadığı düşünülmektedir. Üç OSCC insan hücre çizgisi, BHY, HN ve HSC-3, bitişik kemikleri istila etme veya lenf düğümlerine ve/veya uzak organlara metastaz yapma yeteneklerine dayanarak incelenmiştir. Bu çalışmanın çalışma hipotezi, farklı eylemler sergileyen OSCC'nin farklı proteolitik enzim ve gen ekspresyon profillerine sahip olmasıdır. Bazı proteolitik enzimlerin ekspresyon seviyelerini belirlemek için immünositokimya ve akış sitometrisi kullanıldı. Tamamlayıcı DNA (cDNA) mikro dizisi tekniği, üç OSCC hücre hattının her birinin gen ekspresyon profillerini belirlemek için kullanıldı. İmmünositokimya ve akış sitometrisi sonuçları, BHY hücre hattının MMP-9 ve hücre dışı matriks metaloproteinaz indükleyicisini (EMMPRIN) eksprese ettiğini gösterdi. BHY hücre çizgisi 139 yukarı regüle edilmiş gen ve 117 aşağı regüle edilmiş gen ifade etmiştir. HN hücre çizgisi 214 yukarı regüle edilmiş ve 262 aşağı regüle edilmiş gen ifade etti. Son olarak, HSC3 hücre çizgisi 128 yukarı regüle edilmiş ve 117 aşağı regüle edilmiş gen ifade etti. Her üç OSCC hücre hattında da yukarı regüle edilmiş 13 gen ve aşağı regüle edilmiş 83 gen vardı. BHY hücresinde sekiz yolak yukarı doğru düzenlendi ve 3 yolak aşağı doğru düzenlendi. HN hücre hattında 10 yolak yukarı doğru düzenlenmiştir ve 9'u aşağı düzenlenmiştir. Son olarak HSC-3 hücre hattında 3 yolak yukarı doğru düzenlendi ve 6 yolak aşağı doğru düzenlendi. MMP-1, MMP-9 ve EMMPRIN'in OSCC'nin kemiğe yayılmasında rol oynadığı görülmektedir. KIAA, çalışmamızda HN hücre hattında yukarı doğru düzenlenmiştir. KIAA'nın düzenlenmesi OSSC'nin geç aşamasında söz konusu olabilir. PAM geni, HN hücre hattında aşağı regüle edilen tek gendi. TM4SF10 geni, her üç OSCC hücre hattında da aşağı regüle edildi. COL1A2 ve COL4A1 genleri HSC-3 hücre hattında yukarı regüle edilmiştir ve OSCC'nin lenf nodu metastazına neden olabilirler. Bu çalışmaya dayanarak OSCC, birçok kromozom ve gende meydana gelen çoklu moleküler genetik olayları içerir. Jak-STAT sinyal yolunun düzenlenmesi, OSCC'nin kemik istilasında rol oynayabilir. MAPK sinyal yolu, her üç OSCC hücre hattında da yukarı doğru düzenlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Matrix metalloproteinases (MMP's) and cathepsins are thought to play key roles in oral squamous cell carcinoma (OSCC) invasion and metastasis. Three OSCC human cell lines, BHY, HN and HSC-3, have been studied based on their reported ability to invade adjacent bone or metastasize to lymph nodes and/or distant organs. The working hypothesis of this study is that OSCC that demonstrate different actions have different proteolytic enzyme and gene expression profiles. Immunocytochemistry and flow cytometry were used to determine the expression levels of certain proteolytic enzymes. Complementary DNA (cDNA) microarray technique was used to determine the gene expression profiles of each of the three OSCC cell lines. The immunocytochemistry and flow cytometry results showed that the BHY cell line expresses MMP- 9 and extracellular matrix metalloproteinase inducer (EMMPRIN). The BHY cell line expressed 139 upregulated genes and 117 downregulated genes. The HN cell line expressed 214 upregulated and 262 downregulated genes. Finally, the HSC3 cell line expressed 128 upregulated and 117 downregulated genes. There were 13 genes that were upregulated and 83 genes that were downregulated in all three OSCC cell lines. Eight pathways were upregulated and 3 pathways were downregulated in the BHY cell line. In the HN cell line 10 pathways were upregulated and 9 were downregulated. Finally, in the HSC-3 cell line 3 pathways were upregulated and 6 pathways were downregulated. MMP-1, MMP-9 and EMMPRIN appear to play a role in the invasion of OSCC to bone. KIAA, was upregulated in our study in the HN cell line. Upregulation of KIAA may be involved in the late stage of OSSC. PAM gene was the only downregulated gene in the HN cell line. The TM4SF10 gene was downregulated in all three OSCC cell lines. The COL1A2 and COL4A1 genes were upregulated in the HSC-3 cell line and they may cause the lymph node metastasis of OSCC. Based on this study OSCC involves multiple molecular genetic events that take place in many chromosomes and genes. Upregulation of the Jak-STAT signaling pathway may be involved in bone invasion of OSCC. The MAPK signaling pathway was upregulated in all three OSCC cell lines.
Benzer Tezler
- Two odorant-binding protein genes in mosquitoes: Comparative genomics, expression, and function
İki koku-bağlayan protein genleri: Karşılaştırmalı genomik, ekspresyon ve fonksiyonu
MERYEM ŞENAY ŞENGÜL DEMİRAK
Doktora
İngilizce
2008
BiyolojiVirginia Polytechnic Institute and State UniversityBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZHIJIAN JAKE TU
- Genetik olarak değiştirilmiş soyada omik analizler
Omic analyses on genetically modified soybean
SİNAN MERİÇ
Doktora
Türkçe
2022
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞULE ARI
- Characterization of the functional role of prdm1 in normal and neoplastic NK-cells
Başlık çevirisi yok
CAN KÜÇÜK
- Gelişen pamuk tohumlarında mikroRNA'ların tanımlanması, karakterizasyonu ve gossipol içermeyen pamuklarla ifadelerinin karşılaştırılması
Identification and characterization of microRNAs in developing cotton seeds and comparisation of its expressions with non-gossypol cottons
LÜTFİ TUTAR
Doktora
Türkçe
2016
BiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENGÜL KARAMAN
PROF. DR. YÜKSEL BÖLEK
- Perisitlerin farklılaşma kapasitelerinin mezenkimal kök hücrelerle karşılaştırılmalı olarak incelenmesi
Comparative analysis of differentiation capacities of pericytes and mesenchymal stem cells
SELEN POLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Bilim ve TeknolojiKocaeli ÜniversitesiKök Hücre ve Doku Yenilenmesi Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUSUFHAN YAZIR