Yara iyileştirici bir peptidin yeni analoglarının sentezi, karakterizasyonu ve biyoaktivitelerinin incelenmesi
Synthesis, characterization and examination of bioactivities of novel analogues of a wound-healing peptide
- Tez No: 821257
- Danışmanlar: DOÇ. MUHARREM AKCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kütahya Dumlupınar Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Bu tez çalışmasında, deride oluşan yaraların iyileşmesine etki edebilecek terapötik potansiyele sahip yeni peptid biyomoleküllerinin elde edilmesi amaçlanmıştır. Yara bölgesinde Gram negatif ve Gram pozitif bakteriler gibi zararlı mikroorganizmalar biyofilm oluşturarak mevcut antibiyotikleri, vücudun savunma hücreleri olan antikorları ya da fagositleri etkisiz hale getirebilmekteler. Yara bölgesindeki bu zararlı bakterilerle savaşmak ve yaranın iyileşmesini sağlamak için yara iyileşme aktivitesine sahip antimikrobiyal peptidler (AMP'ler) kullanılabilir. Kurbağa derisinden elde edilen AMP'lerin yara iyileşmeyi desteklediği rapor edilmiştir. Brevinin peptidleri kurbağa deri salgılarından elde edilen AMP'lerdir. Fakat bu peptidlerin uzun sekansa ve C-terminallerinde bulunan Rana kutusu sebebiyle de hemolitik aktiviteye sahip olmaları istenmeyen özelliklerindendir. Bu amaçla, bu tez çalışmasında Pelophylax kl. Esculentus kurbağasından izole edilen yara iyileştirici aktiviteye sahip brevinin-2Ta peptidinin daha kolay ve az maliyetle sentezlenebilen ve hemolitik aktiviteye sahip olmayan altı adet kısa analoğu tasarlandı. Tasarlanan kısa analoglar mikrodalga destekli peptid sentez cihazında katı faz peptid sentezi (SPPS) ile sentezlendi ve sonra ters faz yüksek basınçlı sıvı kromatografisi (RP-HPLC) ile saflaştırıldı. Toplanan fraksiyonların molekül ağırlıkları sıvı kromatografisi/kuadrupol- uçuş zamanlı kütle spektrometresi (LC-MS/Q-TOF) ile analiz edildi. Peptid içeren fraksiyonların saflığı da analitik RP-HPLC ile analiz edildi. Sentezlenen peptidlerin antimikrobiyal aktiviteleri ilk önce agar difüzyon testi ile test edildi. Agar difüzyon testi sonunda Analog-5 peptidinin antibakteriyel aktiviteye sahip olduğu görüldü ve minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri hesaplandı. Peptidlerin sitotoksisiteleri 3-(4,5- dimetil-2-tiyazolil)-2,5-difenil-2H-tetrazolyum bromür (MTT) testi ile analiz edildi ve en sitotoksik olmayan Analog-5 peptidi ile fibroblast hücre kültürü kullanılarak peptidin yara iyileşme etkisi incelendi. Analog-5'in brevinin-2Ta peptidinden daha hızlı yara kapanması sağladığı ve peptidlerin hemolitik aktiviteleri test edildiğinde de tüm vi analogların brevinin-2Ta peptidinden daha az hemolitik olduğu görüldü. Bu bulgular sonucunda yara iyileşme aktivitesine sahip yeni bir peptid elde edildi ve bu peptid ilaç araştırma ve geliştirme çalışmalarına katkı sağlayabilecektir.
Özet (Çeviri)
In this thesis, it is aimed to obtain new peptide biomolecules with therapeutic potential that can affect the healing of skin wounds. Harmful microorganisms such as Gram negative and Gram positive bacteria in the wound area can form a biofilm and neutralize existing antibiotics, antibodies or phagocytes, which are the body's defense cells. Antimicrobial peptides (AMPs) with wound healing activity can be used to fight these harmful bacteria in the wound area and allow the wound to heal. It has been reported that AMPs obtained from frog skin support wound healing. Brevin peptides are AMPs derived from frog skin secretions. However, it is undesirable for these peptides to have a hemolytic activity due to their long sequences and the Rana box located at their C-terminus. For this purpose, in this thesis, six short analogues of brevinin-2Ta peptide with wound healing activity isolated from Pelophylax kl. Esculentus frog, which can be synthesized more easily and cost-effectively and have no hemolytic activity, were designed. The designed short analogues were synthesized by solid phase peptide synthesis (SPPS) using a microwave assisted peptide synthesizer and then purified by reverse phase high pressure liquid chromatography (RP-HPLC). The molecular weights of the collected fractions were analyzed by liquid chromatography/quadrupole-time of flight mass spectrometry (LC-MS/Q-TOF). The purity of the peptide-containing fractions was also analyzed by analytical RP-HPLC. The antimicrobial activities of the synthesized peptides were first tested by agar diffusion test. At the end of the agar diffusion test, it was observed that the Analog-5 peptide had antibacterial activity and the minimum inhibitory concentration (MIC) values were calculated. To test the cytotoxicity of the peptides, 3-(4,5-dimethyl-2-thiazolyl)-2,5- diphenyl-2H-tetrazolium bromide (MTT) assay was performed and the wound healing effect of the peptide was examined using fibroblast cell culture with the most non- cytotoxic Analog-5 peptide. Analog-5 was found to provide faster wound closure than brevinin-2Ta peptide and when hemolytic activities of peptides were tested, all analogs viii were less hemolytic than brevinin-2Ta peptide. As a result of these findings, a new peptide with wound healing effect was obtained and this peptide may contribute to drug research and development studies.
Benzer Tezler
- LL-37 peptidinin lignin kaprolakton polimerine immobilizasyonu ve antimikrobiyal özelliğinin incelenmesi
Covalent Immobilization of LL-37 onto Caprolactone based polymer and investigation of its antimicrobial activities
DEKA ABDULLAHİ FARAH
- The role of oxidative stress factors in the pathophysiology of Ocular Rosacea, analysis of tears and other materials
Oküler Rosacea patofizyolojisinde oksidatif stres faktörlerinin rolü, gözyaşı ve diğer materyallerin analizi
NİLÜFER YEŞİLIRMAK
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaGazi ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESLİHAN BUKAN
PROF. DR. JEAN-LOUIS BOURGES
- Yara iyileştirici bir malzeme olarak fosfat içerikli fonksiyonel kompozit hidrojeller
Phosphate-containing functional composite hydrogels as a wound healing material
GONCHA ABBASOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Polimer Bilim ve TeknolojisiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VURAL BÜTÜN
- The synthesis of ph-responsive polymeric film with an enhanced mechanical properties for wound dress applications
Yara örtüsü olarak kullanılabilecek ph'a duyarlı mekanik özellikleri iyileştirilmiş polimerik film eldesi
BEGÜM EVRANOS
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESLİHAN ALEMDAR YAYLA
- The effect of exosomes isolated from human foreskin stem cells on wound healing
İnsan sünnet derisinden elde edilen eksozomların yara iyileşmesi üzerine etkisi
DERYA SAĞRAÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN