Mutated genes in leptomeningeal carcinoma caused by non-small cell lung cancer and the effects of increased SLPI gene in the A549 cell line
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri nedenli leptomeningeal karsinomada mutasyona uğrayan genler ve artan SLPI geninin A549 hücre hattında etkileri
- Tez No: 822059
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP TOKCAER KESKİN, DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 157
Özet
Leptomeningeal karsinom (LMC); çoğunlukla melanom, meme kanseri ve küçük hücreli dışı akciğer kanserinin (NSCLC) metastazı sonucu oluşur. Hastaların mutasyonlarını ve gen ifadelerindeki değişikliklerin analizi için farklı dizileme teknikleri kullanılmaktadır. Bu tezin ilk bölümünde, LMC'nin gelişimini aydınlatabilmek adına NSCLC-LMC hastalarında mutasyona uğramış genler analiz edilmiştir. Üç primer kanserin neden olduğu LMC hastalarına çeşitli dizileme teknikleri uygulayan 16 çalışmadan elde edilen veriler ile bir meta-analiz gerçekleştirilmiştir. NSCLC-LMC hastalarında 87 genin mutasyona uğradığı tespit edilmiş ve bu genlerin rol aldığı moleküler yolaklar belirlenmiştir. NSCLC hastalarında kullanılan, kan-beyin bariyerini geçen ve NSCLC-LMC'de mutasyona uğramış genleri hedef alan 8 ilaç belirlenmiştir. Bu tezin ikinci bölümünde Ruan ve ark. (2020) çalışmasında NSCLC-LMC hastalarının beyin omurilik sıvısında dolaşan tümör hücreleri üzerinde yaptığı tek hücreli RNA dizilemesinin verileri kullanılmıştır. Epitel dokularını serin proteazlardan koruyan bir inhibitörü kodlayan serin lökosit proteaz inhibitörü (SLPI) geni, NSCLC-LMC hastalarında yüksek, UALCAN veri tabanına göre akciğer adenokarsinomunda (LUAD) düşük ifade edildiği için NSCLC'da yüksek ifadesini araştırmak için seçilmiştir. SLPI gen ifadesi, LUAD hücre hattı A549'da arttırılmıştır. SLPI ifadesinin artması sonucunda bu hücrelerin göç ve metastaz kabiliyetleri artmış ancak çoğalma hızlarının etkilenmediği gözlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Leptomeningeal carcinoma (LMC) occurs mostly as a result of metastasis caused on by melanoma, breast cancer, and non-small cell lung cancer (NSCLC). Different sequencing techniques are used to analyze patients' mutations and gene expression changes. Molecular investigations are required to better understand LMC development. In the first part of this thesis genes mutated in NSCLC-LMC were analyzed to identify which pathways may be involved in the LMC development using an in-silico approach. Using data from 16 studies that applied various sequencing techniques to LMC patients caused by three primary cancers, a meta-analysis was performed. 87 genes were found to be mutated in NSCLC-LMC patients. Molecular pathways in which the altered genes function was identified through pathway enrichment analysis. 8 FDA approved drugs that treat NSCLC, cross blood-brain barrier (BBB), and target mutated genes in NSCLC-LMC were identified. In the second part of this thesis, single cell RNA sequencing (scRNA-seq) data of Ruan et al. 2020 study conducted on circulating tumor cells (CTC) of cerebrospinal fluid (CSF) samples of NSCLC-LMC patients were used. Serine leukocyte protease inhibitor (SLPI) gene, which encodes an inhibitor that shields epithelial tissues from serine proteases, has been selected to be investigaten in NSCLC, as it had high expression in NSCLC-LMC patients and low expression in lung adenocarcinoma (LUAD) according to UALCAN database. SLPI gene was overexpressed in the LUAD cell line, A549. It has been observed that overexpression of SLPI increased the migration and metastatic abilities of these cells, however, did not affect their proliferation rate.
Benzer Tezler
- Meta-analysis of mutated genes in breast cancer-induced leptomeningeal carcinoma and the effects of increased CXCLl17 gene expression on A549 cell line
Meme kanseri nedenli leptomeningeal karsinomada mutasyona uğramış genlerin meta-analizi ve artan CXCLl17 gen ifadesinin A549 hücre hattında etkileri
EKİN KÖNİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Moleküler TıpAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiMoleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP TOKCAER KESKİN
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- P53-TAD'nin DNA-PK enzimi tarafından fosforilasyonunun incelenmesi
Investigation of phosphorylation of p53-TAD by DNA-PK enzyme
MERVE ATEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyokimyaRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERAP PEKTAŞ
- Ailesel akdeniz ateşi tanılı hastalarda genetikmutasyon varlığının COVİD-19 prognozuna etkisininirdelenmesi
Effect of mefv mutation presence in patients with familial meditarrenean fever on COVİD-19 disease prognosis
ZEYNEP PELİN POLAT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
RomatolojiSağlık Bilimleri Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. SEMA BASAT
- Primer immün yetersizliklerde genetik alt yapının yeni nesil dizileme yöntemi ile belirlenmesi
Identification of genetic background in primary immunodeficiencies with next generation sequencing
SİNEM FIRTINA
Doktora
Türkçe
2017
Allerji ve İmmünolojiİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. MÜGE SAYİTOĞLU
- Mesane kanserinde Raf1 geni c.*266C>T polimorfizminin rolü
Mesane kanserinde Raf1 geni c.*266C>T polimorfizminin rolü
FULYA KÖKSALAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
GenetikHaliç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NAGEHAN ERSOY TUNALI