Mutated genes in leptomeningeal carcinoma caused by non-small cell lung cancer and the effects of increased SLPI gene in the A549 cell line
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri nedenli leptomeningeal karsinomada mutasyona uğrayan genler ve artan SLPI geninin A549 hücre hattında etkileri
- Tez No: 822059
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP TOKCAER KESKİN, DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Leptomeningeal karsinom (LMC); çoğunlukla melanom, meme kanseri ve küçük hücreli dışı akciğer kanserinin (NSCLC) metastazı sonucu oluşur. Hastaların mutasyonlarını ve gen ifadelerindeki değişikliklerin analizi için farklı dizileme teknikleri kullanılmaktadır. Bu tezin ilk bölümünde, LMC'nin gelişimini aydınlatabilmek adına NSCLC-LMC hastalarında mutasyona uğramış genler analiz edilmiştir. Üç primer kanserin neden olduğu LMC hastalarına çeşitli dizileme teknikleri uygulayan 16 çalışmadan elde edilen veriler ile bir meta-analiz gerçekleştirilmiştir. NSCLC-LMC hastalarında 87 genin mutasyona uğradığı tespit edilmiş ve bu genlerin rol aldığı moleküler yolaklar belirlenmiştir. NSCLC hastalarında kullanılan, kan-beyin bariyerini geçen ve NSCLC-LMC'de mutasyona uğramış genleri hedef alan 8 ilaç belirlenmiştir. Bu tezin ikinci bölümünde Ruan ve ark. (2020) çalışmasında NSCLC-LMC hastalarının beyin omurilik sıvısında dolaşan tümör hücreleri üzerinde yaptığı tek hücreli RNA dizilemesinin verileri kullanılmıştır. Epitel dokularını serin proteazlardan koruyan bir inhibitörü kodlayan serin lökosit proteaz inhibitörü (SLPI) geni, NSCLC-LMC hastalarında yüksek, UALCAN veri tabanına göre akciğer adenokarsinomunda (LUAD) düşük ifade edildiği için NSCLC'da yüksek ifadesini araştırmak için seçilmiştir. SLPI gen ifadesi, LUAD hücre hattı A549'da arttırılmıştır. SLPI ifadesinin artması sonucunda bu hücrelerin göç ve metastaz kabiliyetleri artmış ancak çoğalma hızlarının etkilenmediği gözlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Leptomeningeal carcinoma (LMC) occurs mostly as a result of metastasis caused on by melanoma, breast cancer, and non-small cell lung cancer (NSCLC). Different sequencing techniques are used to analyze patients' mutations and gene expression changes. Molecular investigations are required to better understand LMC development. In the first part of this thesis genes mutated in NSCLC-LMC were analyzed to identify which pathways may be involved in the LMC development using an in-silico approach. Using data from 16 studies that applied various sequencing techniques to LMC patients caused by three primary cancers, a meta-analysis was performed. 87 genes were found to be mutated in NSCLC-LMC patients. Molecular pathways in which the altered genes function was identified through pathway enrichment analysis. 8 FDA approved drugs that treat NSCLC, cross blood-brain barrier (BBB), and target mutated genes in NSCLC-LMC were identified. In the second part of this thesis, single cell RNA sequencing (scRNA-seq) data of Ruan et al. 2020 study conducted on circulating tumor cells (CTC) of cerebrospinal fluid (CSF) samples of NSCLC-LMC patients were used. Serine leukocyte protease inhibitor (SLPI) gene, which encodes an inhibitor that shields epithelial tissues from serine proteases, has been selected to be investigaten in NSCLC, as it had high expression in NSCLC-LMC patients and low expression in lung adenocarcinoma (LUAD) according to UALCAN database. SLPI gene was overexpressed in the LUAD cell line, A549. It has been observed that overexpression of SLPI increased the migration and metastatic abilities of these cells, however, did not affect their proliferation rate.
Benzer Tezler
- Meta-analysis of mutated genes in breast cancer-induced leptomeningeal carcinoma and the effects of increased CXCLl17 gene expression on A549 cell line
Meme kanseri nedenli leptomeningeal karsinomada mutasyona uğramış genlerin meta-analizi ve artan CXCLl17 gen ifadesinin A549 hücre hattında etkileri
EKİN KÖNİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Moleküler TıpAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiMoleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP TOKCAER KESKİN
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- Investigation of relationship between some biochemical parameters, trace elements and mutated genes in diagnosed acute myeloid leukemia patients
Akut miyeloid tanı konmuş hastalarında bazı biyokimyasal parametreler, iz elementler ve mutasyon uğramış genler arasındaki ilişkinin incelenmesi
DALAHO DHAHIR HAMAD
- Expression profiles of differentially expressed genes of rat mammary adenocarcinoma in various tumor cell lines and effects of some antioxidants
Sıçan adenokarsinomlarında farklı olarak ifade edilen genlerin çeşitli tümör hücre hatlarında ifade edilme profilleri ve bazı antioksidanların etkileri
SEÇİL CERTEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE GÜNEŞ
PROF. DR. SEMRA ÜLKÜ
- Detection and characterization of plant genes involved in various biotic and abiotic stress conditions using ddrt-pcr and isolation of interacting proteins
Çeşitli biyotik ve abiyotik stres koşullarında bitkilerde rol alan genlerin farklılık gösterim yöntemiyle bulunması, fonksiyonlarının belirlenmesi ve ilişkide bulunan proteinlerin belirlenilmesi
TURGAY ÜNVER
Doktora
İngilizce
2008
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
DOÇ. DR. CANDAN GÜRAKAN
PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
- Genetic and epigenetic evaluation of the candidate genes in human hepatocellular carcinomas
İnsan hepatoselüler karsinomalarındaki aday genlerin genetik ve epigenetik olarak incelenmesi
TOLGA ACUN
Doktora
İngilizce
2010
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. K. CAN AKÇALI