Meta-analysis of mutated genes in breast cancer-induced leptomeningeal carcinoma and the effects of increased CXCLl17 gene expression on A549 cell line
Meme kanseri nedenli leptomeningeal karsinomada mutasyona uğramış genlerin meta-analizi ve artan CXCLl17 gen ifadesinin A549 hücre hattında etkileri
- Tez No: 822058
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP TOKCAER KESKİN, DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 154
Özet
Leptomeningeal karsinom (LMC) çoğunlukla melanom, KHDAK ve meme kanserinin neden olduğu metastazın bir sonucu olarak görülür ve tümör hücrelerinin beyindeki meninkslere yerleştirilmesiyle oluşur. Hastalardaki mutasyonlar ve gen ekspresyon değişiklikleri, farklı sıralama teknikleri uygulanarak araştırılmaktadır, ancak moleküler mekanizması belirsizliğini korumaktadır. Bu tezin ilk bölümünde, meme kanserinin neden olduğu LMC'de mutasyona uğramış genler, in silico bir yaklaşım kullanılarak LMC gelişiminde rol oynayabilecek yolları belirlemek için analiz edildi. Üç primer kanserin neden olduğu LMC hastalarına çeşitli sıralama teknikleri uygulayan 16 çalışmadan bir meta-analiz yapıldı. BC-LMC hastalarında mutasyona uğramış 24 gen bulundu. Değiştirilmiş genlerin işlev gördüğü moleküler yollar tanımlandı ve ardından BC-LMC'de, kan-beyin bariyerini (BBB) geçebilen ve hedef mutasyona uğramış genleri tedavi eden 10 FDA onaylı ilaç tanımlandı. İkinci bölümde, KHDAK-LMC hastalarının CTC-CSF örnekleri üzerine Ruan vd 2020 çalışmasından elde edilen scRNA-seq verileri kullanılmıştır. Ekspresyonu yüksek genlerin ekspresyon seviyeleri araştırılmış ve UALCAN veri tabanına göre akciğer adenokarsinomunda C-X-C motifli kemokin 17 (CXCL17) geninin ekspresyonunun LMC'de arttığı ve normale göre azaldığı bulunmuştur. KHDAK-LMC hastalarında ekspresyonu yüksek, akciğer adenokarsinomunda (LUAD) ekspresyonu düşük genler belirlendi. LMC'de CXCL17 gen ekspresyonu artmış ve LUAD'da nispeten normale düşmüştür. A549 hücre hattında CXCL17 genini aşırı eksprese ederek hücrelerin proliferatif, migrasyon ve metastatik yeteneklerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu yüksek oranda eksprese edilen genin A549 hücrelerinin göçünü ve metastazını etkilediği keşfedildi.
Özet (Çeviri)
Leptomeningeal carcinoma (LMC) is mostly seen as a result of metastasis caused by melanoma, NSCLC and breast cancer and is formed by the placement of tumor cells in the meninges in the brain. Mutations and gene expression changes in patients are being investigated with applying different sequencing techniques, but its molecular mechanism remains unclear. In the first part of this thesis genes mutated in LMC caused by breast cancer (BC) were analyzed to identify the pathways that may be involved in the LMC development using an in-silico approach. From 16 studies that applied various sequencing techniques to LMC patients caused by three primary cancers, a meta-analysis was carried out. 24 genes were found mutated in BC-LMC patients. Molecular pathways in which the altered genes function was identified and then, 10 FDA approved drugs that treat BC, cross blood-brain barrier (BBB), and target mutated genes in BC-LMC were identified. In the second part, the scRNA-seq data from the Ruan et al 2020 study on CTC-CSF samples of NSCLC-LMC patients was used. The expression levels of genes with high expression were investigated and it was found that the expression of the C-X-C motif chemokine 17 (CXCL17) gene increased in LMC and decreased relative to normal in lung adenocarcinoma according to the UALCAN database. The genes with high expression in NSCLC-LMC patients and low expression in lung adenocarcinoma (LUAD) were determined. CXCL17 gene expression was increased in LMC and decreased relatively to normal in LUAD. It was aimed to study the proliferative, migration and metastatic abilities of the cells by overexpressing CXCL17 gene in the A549 cell line. It was discovered that this highly expressed gene affects the migration and metastasis of A549 cells.
Benzer Tezler
- TP53 META: A webtool to visualize effects of TP53 modulators and mutations on expression profiles with a focus on breast cancer
TP53 META: TP53 modülatörleri ve mutasyonlarının meme kanseri odağında gen ifade profillerine etkilerini görselleştiren bir web aracı
ABDUL MOIZ AFTAB
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Mutated genes in leptomeningeal carcinoma caused by non-small cell lung cancer and the effects of increased SLPI gene in the A549 cell line
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri nedenli leptomeningeal karsinomada mutasyona uğrayan genler ve artan SLPI geninin A549 hücre hattında etkileri
İREM ÇONGUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Moleküler TıpAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiMoleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP TOKCAER KESKİN
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma
Akciğer adenokarsinom için prognostik imza olarak kullanılabilecek genomik ve transkriptomik varyasyonların analizi
TALİP ZENGİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoistatistikMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA SÜZEK
- Kompozitlerin yaşam döngüsü değerlendirmesine yönelik literatürün meta-analizi
Meta-analysis of literature on life cycle evaluation of composites
LİZGE DENİZ ATEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MimarlıkEskişehir Osmangazi ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN ÜNVER
- Yaşam verilerinin meta analizi
Meta analysis of survival data
HATİCE YENİAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
İstatistikHacettepe Üniversitesiİstatistik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DURDU KARASOY