Comparison of three different primer systems for sexing birds
Kuşlarda eşey tayininde üç farklı primer sisteminin karşılaştırılması
- Tez No: 822103
- Danışmanlar: PROF. DR. CEMAL CAN BİLGİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
Birçok kuş türü monomorfik oldukları için ya da sadece erişkinler eşeysel dimorfizm gösterdikleri için dış özelliklerine bakarak eşey tayini yapmak güçtür. Eşey tayininin bu yolla yapılamaması, doğal populasyonlarda eşey oranlarının belirlenmesi ve benzeri demografik araştırmalarda, tehlike altında bulunan canlı türlerinin insan kontrolünde çoğaltılmalarında ve hayvanat bahçelerinde önemli bir sorundur. Kuşlarda, dişiler heterogametik (WZ), erkekler homogametiktir (ZZ). Bu çalışmada, W ve Z kromozomları üzerinde bulunan CHD (kromo-helikaz DNA bağlayıcı protein) gen bölgesi özel primerler kullanılarak çoğaltılmıştır ve intronik bölgelerin farklılığından dolayı farklı boyutlarda bantlar vermişlerdir. Bu çalışmanın amaçları (i) kuşlarda eşey tayininde kullanılan 3 farklı primer çiftinin ayrım güçlerinin, (ii) düşük miktarda ya da degrade olmuş DNA'da başarılarının, (iii) maliyetlerinin kıyaslanması ve (iv) mevcut listeye yeni türler ekleyerek DNA bazlı eşey tayini veritabanını genişletmek. Mevcut çalışmada, farklı hayvanat bahçelerinden ve/veya arazi çalışmalarından toplam 13 takım: Anseriformes, Galliformes, Pelecaniformes, Ciconiiformes, Phoenicopteriformes, Falconiformes, Gruiformes, Columbiformes, Psittaciformes, Strigiformes, Caprimulgiformes, Piciformes, and Passeriformes, 32 familyaya ait 76 türden alınan 227 kan ve/veya tüy örneğinden DNA izole edilerek eşey tayini yapılmıştır. Moleküler eşey tayininde kullanılan 3 primer sisteminin P2/P8, 2550F/2718R ve CHD1F/R etkinliği araştırılmıştır. CHD1F/CHD1R primer çiftinin PCR ürünleri, agaroz jelde erkeklerde tek, dişilerde çift bant vermiştir, fakat 2550F/2718R ve P2/P8 primerlerinin PCR ürünleri bazı bireylerde hem dişilerde hem de erkeklerde sadece tek bant vermiştir. Bu sorunu çözmek için son iki primer çiftinin PCR ürünleri flüoresanlı boyalarla etiketlenmiş ve ABI 3100 DNA analizör (Applied Biosystems) kullanarak kapiler jelde yürütülmüştür. Böylelikle P2/P8 primer sisteminde erkek ve dişi bireyler ayırt edilebilir elektroferogramlar vermiş ancak 2550F/2718R primer sisteminde Passeriformes takımından birçok bireyde ayırt edilebilir elektroferogramlar yine elde edilememiştir. CHD1F/CHD1R, 2550F/2718R ve P2/P8 primerlerinin fragman boyutları sırasıyla, 317.28-696.95 bp, 440.68-705.08 bp ve 316.08-419.0 bp olarak belirlenmiştir. CHD1F/CHD1R ve 2550F/2718R primer setleri kullanılarak elde edilen amplifikasyonlarda, Z fragmanının boyutu W fragmanından daha geniştir, fakat P2/P8 primer setinde tersi durum söz konusudur. Bulgulara göre, moleküler eşey tayini için CHD1F/CHD1R primer seti en uygun maliyetli primer çifti bulunmuştur ve kapiler elektroforezde fragman analizine gerek kalmadan PCR ürünleri agaroz jel üzerinde kolayca ayrılmış ve eşey tayini gerçekleşmiştir.
Özet (Çeviri)
Since many bird species are morphologically monomorphic or only sexually dimorphic in adult stages, it is difficult to determine accurately their sexes, which causes a significant problem particularly in population and conservation studies, such as defining sex ratios, demographic studies, and captive breeding of endangered species in the field or in zoos. In birds, female is the heterogametic sex (WZ) while male is homogametic (ZZ). In DNA-based sexing, the CHD gene (chromo-helicase DNA binding protein) located on the W chromosome and its homologue on the Z chromosome are amplified using specific primers, which give a distinct banding pattern on agarose gel because of intronic regions within this gene. The aims of this study are (i) to compare efficiencies of three different primer systems for sexing birds, (ii) to compare success of these three primers using degraded or small amounts of DNA, (iii) to detect their cost efficiency, and (iv) to expand the DNA-based sexing database through inclusion of additional species. In the current study, a total of 227 blood and/or feather samples were collected from different zoos and field studies. The samples corresponded to 76 avian species, from 32 families and 13 orders: Anseriformes, Galliformes, Pelecaniformes, Ciconiiformes, Phoenicopteriformes, Falconiformes, Gruiformes, Columbiformes, Psittaciformes, Strigiformes, Caprimulgiformes, Piciformes, and Passeriformes. The efficiency of three primer systems: P2/P8, 2550F/2718R, and CHD1F/CHD1R in molecular sexing was evaluated by amplifying a fragment of the CHD gene using these primer pairs separately. The analysis of CHD1F/CHD1R PCR products on agarose gel showed an apparent single band in males and two bands in females, but the products of 2550F/2718R and P2/P8 generally gave a single indistinguishable band of equal size in both sexes. However, when PCR products of these last two primer pairs labeled with fluorescent dye were run in a capillary gel and detected using an ABI 3100 DNA analyzer (Applied Biosystems), they gave two distinguishable electropherograms in females, of even only one bp difference in their PCR bands, except for passerine species amplified by the 2550F/2718R primer set. Fragment sizes of CHD1F/CHD1R, 2550F/2718R and P2/P8 sets were 317.28-696.95 bp, 440.68-705.08 bp, and 316.08-419.0 bp, respectively. The size of the Z fragment was larger than the W fragment in amplifications using the CHD1F/CHD1R and 2550F/2718R primer sets, and the reverse in the case of the P2/P8. Results showed that the CHD1F/CHD1R set is the most cost effective pair for molecular sexing in birds applied to diversity of bird species just by running of PCR products on a simple agarose gel without the necessity of fragment analysis on a capillary electrophoresis.
Benzer Tezler
- HCV viral yükünün saptanmasında real time PZR temelinde bir yöntem geliştirilmesi
Development of a new method based on real time PCR for assessment of HCV viral load.
ABBAS ALİ HUSSEİNİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİTHAT BOZDAYİ
- Konus kuronlarda kaybolan tutuculuğun yeniden sağlanmasının in vitro olarak incelenmesi
In vitro evaluation of the methods of regaining the loss of retention of the conical crowns
BEGÜM AKKAYAN
Doktora
Türkçe
1997
Diş Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiProtetik Diş Tedavisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. BABÜR CANİKLİOĞLU
- Subjective intensity and pleasantness in taste
Tatta öznel yoğunluk ve hoşluk' konulu
MARİA GERALDİNE VELDHUİZEN
