Detection of immune targetable cancer biomarkers in the cancer genome atlas datasets
Kanser genom atlası veri setlerinde bağışıklıkla hedeflenebilen kanser bı̇yobelı̇rteçlerı̇nı̇n tespiti
- Tez No: 822326
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA SÜZEK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Moleküler Tıp, Onkoloji, Biostatistics, Molecular Medicine, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 145
Özet
Biyoinformatik veri analizindeki gelişmeler, tümör örneklerinde kişiselleştirilmiş kanser tedavisi için kullanılabilecek genomik, transkriptomik ve epigenetik varyasyonların tanımlanmasını sağlamıştır. Kanser immünoterapisi, özellikle kanser hücreleri ile tümör mikroçevresindeki immün hücreler arasındaki etkileşimlerde yer alan ve bağışıklık sisteminden kaçışı durduran ileri bir kanser tedavisi olarak geliştirilmiştir. İmmünoterapinin etkinliği, genomik değişiklikler, tümör neo- antijenleri, immün fenotip ve tümör mikroçevresindeki diğer biyobelirteçlerden etkilenebilir. Teknolojik gelişmeler, kanser ve bağışıklık sistemi arasındaki bağlantının daha derinlemesine araştırılmasına izin vermiş ve bu da biyobelirteç keşfinde ilerlemelere yol açmıştır. Kanser Genom Atlası (TCGA) projesi hem basit nükleotid varyasyonları (SNV'ler), kopya sayısı varyasyonları (CNV'ler), DNA metilasyonu, gen ifadesi, miRNA ifadesi gibi moleküler verileri hem de ilaç yanıtları ve sağ kalım verileri gibi klinik verileri sağladığından, bu veriler biyobelirteç tespiti ve ilaç yanıtı gibi birçok çalışma için kullanılabilir. Bu projede, hasta kümelerinin klinik değişkenlerini ve özelliklerini karşılaştırmak için öngörücü ve prognostik belirteçleri analiz etmek üzere bütünleştirici kümeler aracılığıyla tümörle ilişkili proteinlere odaklandık. Son olarak, kansere, hasta gruplarına ve biyobelirteçlere özgü sonuçları sunan ve görselleştiren bir web aracı geliştirdik. Web aracı, hasta kümelerinin/alt hasta gruplarının sağ kalım istatistiklerini etkileyen aday biyobelirteçleri birleştirmek için bir ara yüz olarak kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Advances in bioinformatics data analysis have enabled the identification of genomic, transcriptomic, and epigenetic variations in tumor samples, that can be used for personalized cancer treatment. Cancer immunotherapy has been developed specifically as an advanced cancer therapy, involved in the interactions between cancer cells and immune cells in the tumor microenvironment, which are the basis of cancer cell for immune escape. The efficacy of immunotherapy can be affected by genomic alterations, tumor neoantigens, immune phenotype, and other biomarkers in the tumor microenvironment. Technological advancements have permitted more in- depth investigation into the link between cancer and the immune system, which has led to advancements in biomarker discovery. Since The Cancer Genome Atlas (TCGA) project provides both molecular data including simple nucleotide variations (SNVs), copy number variations (CNVs), DNA methylation, gene expression, miRNA expression, and clinical data such as drug responses and survival data, these data can be used for many studies such as biomarker detection and drug response. In this project, we focused on tumor-associated proteins through integrative clusters to analyze predictive and prognostic markers to compare clinical variables and characteristics of patient clusters. Finally, we developed a web tool that assists users in querying data and visualizing results specific to cancer, cohorts, and biomarkers. The web tool provides an interface to combine candidate biomarkers which affect survival statistics of patient clusters/sub-cohorts.
Benzer Tezler
- Optical detection of single-cell secreted analytes on surface
Tek hücreden salgılanan materyallerin bir yüzey üzerinden optik olarak algılanması
MUHAMMAD ATIF PEERWANI
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyomühendislikBahçeşehir ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYÇA YALÇIN ÖZKUMUR
- Alabalıklarda infeksiyöz pankreatik nekroz virüsü (ıpnv), infeksiyöz hematopoietik nekroz virüsü (IHNV), viral hemorajik septisemi virüsü (vhsv) varlığının araştırılması ve IPNV izolatlarının VP2 ve VP5 gen bölgelerindeki varyasyonlarına göre virülenslerinin incelenmesi
Detection of infectious pancreatic necrosis virus (IPNV), SHSV (viral hemorrhagic septicemia virus),ihnv (infectious hematopoietic necrosis virus)in trout and virulence based on VP2, VP5 gene regions
AYŞE GÜL BÜYÜKEKİZ
Doktora
Türkçe
2017
Veteriner HekimliğiUludağ ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SONER ALTUN
- İmplante edilebilir biyomalzemelere karşı oluşan bağışıklık yanıtının belirlenmesi için in vitro üç boyutlu model geliştirilmesi
Development an in vitro three dimensional model for the detection of immune response to implantable biomaterials
BETÜL ÇAKMAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM YEŞİL ÇELİKTAŞ
- HBsAg/ IgM ve HBsAg/IgG komplekslerinin saptanmasına yönelik ELISA sisteminin hazırlanması ve HBsAg (+) serum örneklerinde HBsAg ile ilişkili immün komplekslerin belirlenmesinde kullanımı
Development of an ELISA system for the detection of HBsAg/IgM and HBsAg/IgG complexes and its use in order to detect HBsAg-ASSOCIATED immune complexes in HBsag(+) serum samples
AYŞEGÜL YÜCEL
Doktora
Türkçe
2000
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEMALETTİN AYBAY
- Kistik ekinokokkoz ve fasiyoliyaz'da IL-4, IL-10, TNF-α ve INF-γ düzeylerinin araştırılması
Investigation of IL-4, IL-10, TNF-α and IFN-γ levels in cystic echinococcosis and fascioliosis
CÜNEYT ALBAYRAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ParazitolojiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiParazitoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUNUS EMRE BEYHAN