Doğuştan immün kusuru olan hastaların genetik analiz sonuçlarının retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of the genetic analysis results of the patients with inborn errors of immunity
- Tez No: 668788
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPER HAN ÇEBİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Genetik, Moleküler Tıp, Allergy and Immunology, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: immün yetmezlik, yeni nesil dizileme, WES, immunodeficiency, next generation sequencing, WES
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 163
Özet
AMAÇ: İmmün sistem doğuştan kusuru (İSDK) ön tanısıyla başvuran hastalarda uygulanan genetik tetkik sonuçlarını inceleyerek, gelişen teknolojilerle birlikte genetik test yöntemlerinin hastaların teşhisinde sağladığı somut katkısını belirlemeyi ve yeni nesil dizileme yöntemlerinin, özellikle Tüm Ekzom Sekanslamanın (Whole Exome Sequencing,WES) hedef bir hastalık / gen tespit edilemediği durumlarda etkinliğini değerlendirmeyi amaçladık. YÖNTEM: 2015 başı ve 2020 yılı sonuna kadar İSDK ön tanısıyla başvuran hastalardan genetik testler yapılan toplam 255 hastaya ait analiz sonuçları geriye dönük olarak ve literatür verileriyle kıyaslanarak incelendi. BULGULAR: Genetik analizleri yapılan 255 hastanın 155'i erkek (%60), 100'ü kız (%40) hastaydı. Klinik olarak DiGeorge Sendromu (DGS) düşünülen 9 hastada yapılan FISH analizi sonucunda 3 hastada 22q11 bölgesinde delesyon tespit edilerek DGS tanı koyuldu. Klinik özellikleriyle hedef genler belirlenen 206 hastada tek gen analizleri yapılarak 29 hastada kliniği açıkladığı düşünülen sonuçlara ulaşılmıştı. Tek gen analizi yapılan 9 hastada nokta mutasyon saptanmazken eş zamanlı FANCA geni MLPA analizi yapılarak 4 hastada delesyon tespit edilerek Fankoni anemisi tanısı koyuldu. Tek gen analizleri sonucunda tanı koyulamayan hastalardan şartları sağlayan hasta ve doğrudan WES analizi yapılan 40 hasta olmak üzere toplam 71 hastada uygulanan WES analizi sonucunda 22 hastaya tanı koyulabilmişti. SONUÇ: Klinik ve genetik heterojenitesi dikkate alındığında, İSDK'lı hastaların doğru takibi ve tedavisi için moleküler tanı koymak vazgeçilmezdir. Klinik özellikleriyle iyi tanımlanabilen hastalarda hedef genlerin belirlenebilmesiyle kısa sürede tanı koyulabilirken fenotip ve genotip heterojenitesinden dolayı hastaların büyük çoğunluğunda İSDK ile ilişkili tüm genleri kapsayan çalışmaların yapılması gerekmektedir. Bilinen ve yeni tüm genlerdeki varyantlarının değerlendirilmesini, elde edilen panogromik bakış açısı ile varyantların kümülatif yorumlanmasını, güncellenmiş bilgilerle yeniden analiz yapılabilmesini ve biyoinformatik araçların entegre edilmesiyle hastalıkla ilişkili genlerdeki yapısal varyasyonların tahmin edilmesini sağlayan özellikleri göz önüne alındığında tüm ekzom dizilime, İSDK kuşkusu olan hastaların teşhisinde etkili bir araçtır.
Özet (Çeviri)
Aim: Evaluating the results of the genetic tests performed on patients with inborn errors of immunity (IEI), we aimed to determine the tangible contribution of genetic methods evolving with the devoloping technology, to diagnosis of IEI patients and to evaluate the effectiveness of new generation sequencing methods, especially Whole Exome Sequencing (WES), in the diagnosis of the cases where a target disease / gene could not be detected. Method: The genetic test results of a total of 255 patients who were admitted with a pre-diagnosis of IEI until the beginning of 2015 and the end of 2020 were examined retrospectively by comparing them with the literature data. Results: Of the 255 patients whose genetic analyzes were made, 154 were male (60%) and 101 were female (40%). As a result of the FISH analysis performed in 9 patients with clinical suspicion of DiGeorge Syndrome (DGS), deletion in the 22q11 region was detected in 3 patients and DGS was diagnosed. By performing single gene analyzes in 206 patients whose target genes were determined with their clinical features, results that were thought to explain the clinic in 29 patients were obtained. While no SNV was detected in 9 patients who underwent single gene analysis, FANCA gene MLPA analysis was performed simultaneously and deletion was detected in 4 patients and a diagnosis of Fanconi anemia was made. A total of 71 patients, including 31 patients who met the conditions from patients who could not be diagnosed via single gene analysis, and 40 patients who had direct WES analysis, were able to diagnose 22 patients as a result of WES analysis. Conclusion: Considering the clinical and genetic heterogeneity, it is necessary to establish a molecular diagnosis for the correct follow-up and treatment of patients with IEI. Whole exome sequencing, in particular, is an effective tool in the diagnosis of patients with IEI, as enabling the evaluation of variants in all known and new genes, the cumulative interpretation of variants with the panogromic perspective obtained and the re-analysis with updated information. Integrating the bioinformatics tools with WES analysis could also provide a prediction of structural variations in disease-related genes.
Benzer Tezler
- Doğuştan gelen bağışıklık kusurlarında tüm ekzom dizi analizinin tanısal değeri
Başlık çevirisi yok
BUSE METİN YORĞUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıMarmara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAFA BARIŞ
- Fetal inflamasyonun tanımlandığı prematüre yenidoğanlarda prognoz ile mannoz bağlayan lektin ilişkisi
The relationship between outcome and mannose binding lectin in infants with fetal inflammation
MEHMET ÖZGÜR ÖZDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEskişehir Osmangazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. A. NESLİHAN TEKİN
- COVID-19 pozitif hastalarda G-MDSC benzeri alt gruplardaki fenotipik ve fonksiyonel farklılıkların araştırılması
Investigation of phenotypic and functional differences of G-MDSC-like subgroups in COVID-19 positive patients
FATMA DOMBAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Allerji ve İmmünolojiBursa Uludağ Üniversitesiİmmünoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK BARBAROS ORAL
- Characterization of innate and adaptive immune responses of two rare primary immune deficiencies: CTPS1 and CD55
İki adet nadir görülen primer immün yetmezliklerin doğal ve edinsel bağışıklık cevaplarının karakterize edilmesi: CTPS1 ve CD55
GÖKSU GÖKBERK KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL
- Development of a new vaccine technology using the carrier/adjuvant properties of ASC specks
ASC zerreciklerinin taşıyıcı/adjuvan özellikleri kullanılarak yeni aşı teknolojisi geliştirilmesi
AYLİN ALKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESRİN ÖZÖREN