Structural proteomics of FtsH complexes using cross-linking mass spectrometry
Çapraz bağlama kütle spektrometresi kullanılarak FtsH komplekslerinin yapısal proteomiği
- Tez No: 822920
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜREYYA ÖZCAN KABASAKAL, DR. BURAK VELİ KABASAKAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: FtsH kompleksleri, Kütle spektrometri, Membran proteinleri, Peptid hidrolazlar, Protein etkileşim ağları, Proteomik, Çapraz bağlama yöntemi, FtsH complexes, Mass spectrometry, Membrane proteins, Peptide hydrolases, Protein interaction networks, Proteomics, Cross linking methods
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
FtsH proteazları, membran protein kalite kontrolünden sorumludur ve bakteri, mitokondri ve kloroplastlarda yüksek oranda korunur. FtsH, yanlış katlanmış integral membran proteinlerini parçalayan ATP'ye bağlı bir endonükleaz içerir ve bu işlemi modüle eden diğer membran proteinleri HflK ve HflC ile etkileşime girer. Bu tez, XL-MS tabanlı yapısal proteomik yaklaşımını kullanarak FtsH komplekslerinin bileşimini ve yapısını araştırdı. Protein komplekslerinin rekombinant ifadesi E. coli'de gerçekleştirildi, iç membranlar çözündürüldü ve proteinler afinite kromatografisi kullanılarak saflaştırıldı. Protein komplekslerinin yakın mesafedeki amino asitleri, çapraz bağlayıcılar aracılığıyla birbirlerine kovalent olarak bağlandı. Çapraz bağlı proteinler daha sonra enzimatik olarak sindirildi ve yüksek çözünürlüklü MS ile analiz edildi. Yaygın olarak kullanılan XL-MS yazılım araçları, MaxLynx, MeroX, MS Annika ve XlinkX, FtsH, HflK ve HflC içeren membran protein kompleksleri içindeki protein etkileşimlerini aydınlatmak amacıyla değerlendirildi. Çapraz bağlantı arama analizi, 300'den fazla proteinler arası ve protein içi etkileşim ortaya çıkardı. Sonuçlar, kompleks yapısı ve işleviyle ilgili değerli bilgiler sunuyor ve yapısal modelleme için moleküler yanaştırma metoduna uygulanabilir.
Özet (Çeviri)
FtsH proteases are responsible for membrane protein quality control and are highly conserved in bacteria, mitochondria, and chloroplasts. FtsH contains an ATP dependent endonuclease that degrades improperly folded integral membrane proteins and interacts with other membrane proteins HflK and HflC, modulating this process. This thesis investigated the composition and structure of FtsH complexes using cross-linking mass spectrometry (XL-MS) based structural proteomics. Recombinant expression of protein complexes was performed in E. coli, inner membranes were solubilized, and proteins were purified using affinity chromatography. The residues of proteins in close proximity were covalently bound to each other via cross-linkers. Cross-linked proteins were then enzymatically digested and analyzed by the high-resolution MS. Commonly used XL-MS software tools, MaxLynx, MeroX, MS Annika, and XlinkX were assessed to elucidate the protein interactions within the membrane protein complexes containing FtsH, HflK, and HflC. The cross-link search analysis yielded over 300 inter- and intra-protein interactions. The results provide valuable information regarding the complex structure and function and could be applied to molecular docking for structural modeling.
Benzer Tezler
- Aksolotta omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemleri ile tanımlanması
Identification of molecular mechanisms of that play A role in axolotl spinalcord regeneration after spinal cord injury BY using proteomics
ECE CANA FESÇİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Tıbbi Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TURAN DEMİRCAN
- İdiyopatik epiretinal membranı olan hastaların vitreus örneklerinin proteomiks yöntemi ile değerlendirilmesi
In patients with idiopathic epiretinal membrane, vitreous samples of patients with proteomics method
FATMA SÜMER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Göz HastalıklarıKocaeli ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEYSEL LEVENT KARABAŞ
- Torasik aort anevrizmalı (TAA) dokuda protein ekspresyonunun incelenmesi
The investigation of protein expression in thoracic aortic aneurysm tissue
MÜGE SERHATLI
Doktora
Türkçe
2013
Biyokimyaİstanbul ÜniversitesiTemel Tıp Bilimleri Bölümü
PROF. DR. SELDAĞ BEKPINAR
YRD. DOÇ. DR. AHMET TARIK BAYKAL
- Proteomic analyses of biological samples by using different mass spectrometric strategies
Biyolojik örneklerin farklı kütle spektrometrik stratejiler kullanarak proteomik analizleri
MELİKE DİNÇ
Doktora
İngilizce
2018
Biyokimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TALAT YALÇIN
- AEBP1/ACLP'nin protein etkileşimlerinin belirlenmesi
Identification of protein interactions of AEBP1/ACLP
HASAN BASRİ KILIÇ
Doktora
Türkçe
2026
Moleküler TıpHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇETİN KOCAEFE