Structural proteomics of ftsh complexesusing cross-linking mass spectrometry
Çapraz bağlama kütle spektrometresi kullanılarak ftsh komplekslerinin yapısal proteomiği
- Tez No: 822920
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜREYYA ÖZCAN KABASAKAL, DR. BURAK VELİ KABASAKAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
FtsH proteazları, membran protein kalite kontrolünden sorumludur ve bakteri, mitokondri ve kloroplastlarda yüksek oranda korunur. FtsH, yanlış katlanmış integral membran proteinlerini parçalayan ATP'ye bağlı bir endonükleaz içerir ve bu işlemi modüle eden diğer membran proteinleri HflK ve HflC ile etkileşime girer. Bu tez, XL-MS tabanlı yapısal proteomik yaklaşımını kullanarak FtsH komplekslerinin bileşimini ve yapısını araştırdı. Protein komplekslerinin rekombinant ifadesi E. coli'de gerçekleştirildi, iç membranlar çözündürüldü ve proteinler afinite kromatografisi kullanılarak saflaştırıldı. Protein komplekslerinin yakın mesafedeki amino asitleri, çapraz bağlayıcılar aracılığıyla birbirlerine kovalent olarak bağlandı. Çapraz bağlı proteinler daha sonra enzimatik olarak sindirildi ve yüksek çözünürlüklü MS ile analiz edildi. Yaygın olarak kullanılan XL-MS yazılım araçları, MaxLynx, MeroX, MS Annika ve XlinkX, FtsH, HflK ve HflC içeren membran protein kompleksleri içindeki protein etkileşimlerini aydınlatmak amacıyla değerlendirildi. Çapraz bağlantı arama analizi, 300'den fazla proteinler arası ve protein içi etkileşim ortaya çıkardı. Sonuçlar, kompleks yapısı ve işleviyle ilgili değerli bilgiler sunuyor ve yapısal modelleme için moleküler yanaştırma metoduna uygulanabilir.
Özet (Çeviri)
FtsH proteases are responsible for membrane protein quality control and are highly conserved in bacteria, mitochondria, and chloroplasts. FtsH contains an ATPdependent endonuclease that degrades improperly folded integral membrane proteins and interacts with other membrane proteins HflK and HflC, modulating this process. This thesis investigated the composition and structure of FtsH complexes using cross-linking mass spectrometry (XL-MS) based structural proteomics. Recombinant expression of protein complexes was performed in E. coli, inner membranes were solubilized, and proteins were purified using affinity chromatography. The residues of proteins in close proximity were covalently bound to each other via cross-linkers. Cross-linked proteins were then enzymatically digested and analyzed by the high-resolution MS. Commonly used XL-MS software tools, MaxLynx, MeroX, MS Annika, and XlinkX were assessed to elucidate the protein interactions within the membrane protein complexes containing FtsH, HflK, and HflC. The cross-link search analysis yielded over 300 inter- and intra-protein interactions. The results provide valuable information regarding the complex structure and function and could be applied to molecular docking for structural modeling.
Benzer Tezler
- Kütle spektrometresi verilerinin analiziyle prostat ve yumurtalık kanserlerinin belirlenmesi
Prostate and ovarian cancer identification by analyzing mass spectrometry data
VEDAT TAŞKIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Biyoistatistikİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER ÖLMEZ
- Aksolotta omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemleri ile tanımlanması
Identification of molecular mechanisms of that play A role in axolotl spinalcord regeneration after spinal cord injury BY using proteomics
ECE CANA FESÇİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TURAN DEMİRCAN
- İdiyopatik epiretinal membranı olan hastaların vitreus örneklerinin proteomiks yöntemi ile değerlendirilmesi
In patients with idiopathic epiretinal membrane, vitreous samples of patients with proteomics method
FATMA SÜMER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Göz HastalıklarıKocaeli ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEYSEL LEVENT KARABAŞ
- Yaşa bağlı maküla dejenerasyonu olan hastalarda vitreus örneklerindeki protein içeriğinin değerlendirilmesi
Quanti̇ti̇ve proteomi̇c analysi̇s of vi̇treous i̇n age related macular degenerati̇on
HAMZA KÖSE
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Göz HastalıklarıKocaeli ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEYSEL LEVENT KARABAŞ
- Characterization and identification of sugar beet leaves proteins and effect of high-pressure extraction in protein profiles
Şeker pancarı yaprağı proteinlerinin karakterizasyonu ve tanımlanması ve yüksek basınçlı ekstraksiyonun protein profillerine etkisi
ECE GÖKTAYOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL MECİT ÖZTOP
DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜREYYA ÖZCAN KABASAKAL