Revealing the analytical potential of FcγRIa (CD64) as a ligand molecule for IgG1 capture and antigen sensing: Evaluation of Fcγria ectodomain via molecular dynamics
IgG1 yakalama ve antijen algılama için ligand molekülü olarak FcyRIa'nın (CD64) analitik potansiyelinin ortaya çıkarılması: FcyRIa ekto bölgesinin moleküler dinamikler yoluyla değerlendirilmesi
- Tez No: 826549
- Danışmanlar: DOÇ. MERAL YÜCE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Monoklonal antikorlar, araştırma, teşhis ve tedavi uygulamaları gibi birçok alanda yaygın olarak kullanılmaktadır. Klinik olarak onaylanmış monoclonal antikorlar ağırlıklı olarak IgG1 alt tipine aittir. Genel olarak Protein A ligandı, monoklonal antikorları yakalamak için kullanılır, ancak diğer moleküllerle spesifik olmayan bir şekilde etkileşime girer. FcRI, ADCC ve/veya ADPC'yi tetikleyerek bağışıklık sisteminde hayati bir rol oynar. Spesifik olarak, IgG1 alt tipi antikorların Fc bölgesinin alt menteşe bölgesine doğru yüksek bir afinite ile etkileşime girer. Bu çalışmada, Fc gama reseptörü I'in (FcRI) potansiyelini bölgeye özgü IgG1 yakalama ve sensör yüzeyinde IgG1 moleküllerinin hedef antijenlerini SPR testleri ile saptamak için kontrollü yönlendirme açısından değerlendirdik. Ayrıca, Fc ve FcRI etkileşimlerinin yapısını ve fonksiyonel bilgilerini anlamak için deneysel yaklaşımları hesaplamalı yöntemlerle entegre ettik. Çalışmanın ilk bölümü, IgG1 tipi monoklonal antikor bağlanması için bir afinite ligandı olarak FcRIa'nın kapsamlı bir karakterizasyonundan oluşuyordu. FcRIa'nın antikor bağlama potansiyeli, farklı immobilizasyon teknikleri kullanılarak SPR tekniği ile değerlendirildi. Analizler, FcRIa ekto bölgesinin antikor bağlama kapasitesini karşılaştırmak için Protein A ligandı ile paralel olarak yapıldı. Çalışmanın son kısmı,FcyRIa dış etki alanı içinde D3 alanının varlığında ve yokluğunda yapısal özellikleri, konformasyonel dinamikleri ve FcyRIa ile IgG1'in Fc bölgesi arasındaki etkileşimleri araştırmak için klasik moleküler dinamik simülasyonlarını gerçekleştirildi.
Özet (Çeviri)
Monoclonal antibodies are widely used in many fields such as research, diagnostic, and therapeutic applications. the clinically approved monoclonal antibodies predominantly belong to the IgG1 sub-type. Generally, Protein A ligand is used to capture monoclonal antibodies, but it non-specifically interacts with other molecules. FcRI plays a vital role in the immune system by triggering ADCC and or ADPC. It specifically interacts with a high affinity toward the lower hinge region of the Fc region of IgG1 sub-type antibodies. In this study, we evaluated the potential of Fc gamma receptor I (FcRI) in terms of site-specific IgG1 capture and controlled orientation of IgG1 molecules on the sensor surface to detect their target antigens by SPR assays. Furthermore, we integrated the experimental approaches with computational methods to understand the structure and functional information of Fc and FcRI interactions. The first part of the study consisted of a comprehensive characterization of FcRIa as an affinity ligand for IgG1-type monoclonal antibody binding. The antibody binding potential of FcRIa was assessed with the SPR technique using different immobilization techniques. Assays were performed in parallel with Protein A ligand to compare the antibody binding capacity of FcRIa ectodomain. The final part of the study performed the classical molecular dynamics simulations to investigate the structural features, conformational dynamics, and interactions between FcγRIa with the Fc region of IgG1 in the presence and absence of the D3 domain within FcγRIa ectodomain.
Benzer Tezler
- Adana ili için coğrafi bilgi sistemleri ve analitik hiyerarşi prosesi kullanılarak güneş enerjisi santrali yer seçiminin optimizasyonu
Optimization in site selection of solar power plant by using geographical information systems and analytical hierarchy process for the city of Adana
EMİNE SU TURAN
Doktora
Türkçe
2022
Çevre MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEHZAT BALCI
- Hedysarum anatolicum ekstraktlarının antimikrobiyal, genotoksik, antioksidan ve asetilkolinesteraz inhibe edici etkilerinin araştırılması
Investigation of the antimicrobial, genotoxic, antioxidant and acethycholinesterase inhibiting effects of Hedysarum anatolicum extracts
ATIF ADULAZEEZ KHUD ALDABBAGH
- Proposal of a decision-making model for digital technology adoption: A blockchain case study
Bir dijital teknoloji adaptasyon kararı modeli önerisi: Bir blokzincir vaka çalışması
SERKAN KARAKAŞ
Doktora
İngilizce
2022
İşletmePiri Reis ÜniversitesiUluslararası Ticaret ve İşletmecilik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AVNİ ZAFER ACAR
- Yapı bilişi modellemesinde erken evre mimari tasarım ve yerel veri ilişkisi
Early stage architectural design and local data relationship in building information modeling
ÜMİT ARAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YÜKSEL DEMİR
- Decarbonization pathways in maritime transportation: A techno-economic analysis of alternative marine fuels
Denizcilik taşımacılığında karbon salımının azaltılması yolları: Alternatif deniz yakıtlarının tekno-ekonomik analizi
EMİR EJDER
Doktora
İngilizce
2024
Denizcilikİstanbul Teknik ÜniversitesiDeniz Ulaştırma Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YASİN ARSLANOĞLU