Geri Dön

Modelling neuroendocrine differentiation in bladder cancer and analysis phenotypic and molecular effects

Mesane kanserinde nöroendokrin farklılaşmanın modellenmesi ve fenotipik ve moleküler etkilerinin araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 826891
  2. Yazar: EZGİ BOYVATLI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞERİF ŞENTÜRK, DOÇ. DR. SERAP ERKEK ÖZHAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

Mesane kanseri dünyada en sık görülen ve en ölümcül kanserlerden biridir. Mesane kanserinin yaklaşık %90'ı ürotelyal kaynaklıdır. Histopatolojik olarak mesane kanseri kasa invaziv mesane kanseri (MIBC) ve kasa invaziv olmayan mesane kanseri (NMIBC) olarak 2 sınıfa ayrılır. Yapılan son konsensus çalışmalar kasa invaziv mesane kanserini transkriptomik verilere dayanarak farklı sınıflara ayırır. Nöronal veya nöroendokrin benzeri mesane kanseri bu sınıflardan bir tanesidir. Nöroendokrin benzeri mesane kanseri kötü prognoza sahiptir ve düşük sağkalım oranı göstermektedir. Nöroendokrin benzeri mesane kanseri hakkında çok fazla çalışma yapılmamıştır ve nöroendokrin benzeri farklılaşmanın modellenmesi hakkında mesanede yapılmış neredeyse hiç çalışma yoktur. Bu çalışmanın birincil amacı nöroendokrin benzeri mesane kanseri hücre hattı oluşturmaktır. Bu amaç için 2 farklı yaklaşım kullanılmıştır. İlk yaklaşım indüksiyon temelli nöroendokrin farklılaşmasıdır. EGFR'ın aşırı ekspresyonu mesane kanserinde sık olarak görüldüğü ve EGF ile muamele diğer kanser türlerinin nöroendokrin modellenmesinde yaygın olarak kullanıldığı için, bu yaklaşımda iki mesane kanseri hücre hattı, T24 ve 5637 EGF ile muamele edilmiştir. Nöroendokrin farklılaşma gözlendikten sonra, farklılaşma ile ilgili gen ifadesinin, proliferasyon ve hücrelerin birbirleriyle etkileşiminin analizi yapılmıştır. Ayrıca, EGF ile ilgili yolakların nasıl etkilendiği analiz edilmiştir. Bu analizler, nöroendokrin farklılaşmayla ilgili genlerin ifadesinin arttığını, hücre bölünme oranının azaldığını ve EMT nedeniyle hücre-hücre etkileşiminin muhtemelen bozulduğunu göstermiştir. Ayrıca sonuçlar EGF'in EMT'yi ve Akt/Erk sinyal yolağını aktive ettiğini göstermiştir. Bulgularımız EGF kullanımının nöroendokrin farklılaşmaya neden olduğunu göstermektedir, ancak mekanizmayı daha iyi anlamak için daha fazla araştırma yapılmalıdır. İkinci yaklaşım gen düzenleme/gen-karakter değişimi temelli nöroendokrin farklılaşmasıdır. Bu amaçla CTNNB1 mutasyonu ve nöroendokrin benzeri tümörlerde sıklıkla gözlenen diğer gen mutasyonları oluşturulmaya çalışılmıştır. Bu yaklaşımda CRISPR/Cas9-HDR yöntemi ve overekspresyon yöntemleri eş zamanlı olarak gerçekleştirilmeye çalışılmaktadır. SV-HUC-1 hücre hattında mutasyonlar oluşturulduktan sonra mutasyon analizi ve ileri fenotipik ve moleküler analizler yapılacaktır.

Özet (Çeviri)

Bladder cancer is one of the most common and deathly cancers in the world. Nearly 90% of bladder cancers originates from urothelium. Histopathologically bladder cancer is divided into 2 classes as muscle invasive bladder cancer (MIBC) and non-muscle invasive bladder cancer (NMIBC). Recent consensus classification divide MIBC based on transcriptomic data and neuronal or neuroendocrine-like bladder cancer is one of the classes of MIBC. Neuroendocrine-like bladder cancer shows very bad prognosis and low survival rate. There have been very limited studies about the neuroendocrine-like bladder cancer and almost no studies about the modeling of neuroendocrine-like differentiation in bladder. Primary aim of this study is to generate neuroendocrine-like bladder cancer cell line. For this aim 2 different approaches were used.The first approach was induction-based neuroendocrine differentiation. In this approach, EGF treatment was used in T24 and 5637 bladder cancer cell lines as EGFR overexpression is frequently seen in bladder cancer, and EGF treatment is commonly used to induce neuroendocrine differentiation in other cancer types. Once the neuroendocrine differentiation was observed, differentiation related gene expression, proliferation and cell to cell interaction analyses were performed. Also, the molecular changes associated with EGF related pathways were analyzed. These analyses showed that after EGF treatment, neuroendocrine differentiation related gene expression was induced, cell proliferation rate was decreased and cell to cell interaction was likely disrupted because of EMT. Also results showed that EGF activate the Akt/Erk pathway. Overall, our findings shows that EGF treatment causes the neuroendocrine differentiation, but further investigations should be performed to understand the mechanism better. The second approach was gene editing/gene-character change based neuroendocrine differentiation. For this aim, CTNNB1 mutation and other gene mutations frequently observed in neuroendocrine-like tumors were tried to be introduced. CRISPR/Cas9-HDR method and overexpression methods are currently used in parallel. Mutation analysis and further phenotypic and molecular analysis will be performed after the mutations are generated in SV-HUC-1 cell line.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    401679

    Unveiling mechanisms for electrical activity patterns in neurons and pituitary cells using mathematical modeling and analysis

    Başlık çevirisi yok

    SEVGİ ŞENGÜL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    MatematikFlorida State University

    Matematik Ana Bilim Dalı

    DR. RICHARD BERTRAM

    DR. JOEL TABAK

  2. Tez No

    310228

    Dev primer karaciğer tümörlerinde hepatektomi sonuçlarımız

    Our hepatectomy results in giant primary liver tumors

    FATİH BAKİ ÜLTAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Genel CerrahiÇukurova Üniversitesi

    Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALUK DEMİRYÜREK

  3. Tez No

    82242

    Modelling the volatility in the Central Bank reserves

    Merkez Bankası rezervlerindeki hareketliliğin modellenmesi

    FERHAN SALMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    BankacılıkOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Ekonomi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALUK ERLAT

  4. Tez No

    82432

    Modelling of porphyry copper mineralization of the eastern pontides

    Başlık çevirisi yok

    MESUT SOYLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NİLGÜN GÜLEÇ

  5. Tez No

    82515

    Modelling of spatially varied preciption records over Karasu basin

    Karasu havzasında alansal yağışın modellenmesi

    ZERRİN BAŞBUĞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    İnşaat MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÜNAL ŞARMAN

Geri Dön