Modelling neuroendocrine differentiation in bladder cancer and analysis phenotypic and molecular effects
Mesane kanserinde nöroendokrin farklılaşmanın modellenmesi ve fenotipik ve moleküler etkilerinin araştırılması
- Tez No: 826891
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞERİF ŞENTÜRK, DOÇ. DR. SERAP ERKEK ÖZHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Mesane kanseri dünyada en sık görülen ve en ölümcül kanserlerden biridir. Mesane kanserinin yaklaşık %90'ı ürotelyal kaynaklıdır. Histopatolojik olarak mesane kanseri kasa invaziv mesane kanseri (MIBC) ve kasa invaziv olmayan mesane kanseri (NMIBC) olarak 2 sınıfa ayrılır. Yapılan son konsensus çalışmalar kasa invaziv mesane kanserini transkriptomik verilere dayanarak farklı sınıflara ayırır. Nöronal veya nöroendokrin benzeri mesane kanseri bu sınıflardan bir tanesidir. Nöroendokrin benzeri mesane kanseri kötü prognoza sahiptir ve düşük sağkalım oranı göstermektedir. Nöroendokrin benzeri mesane kanseri hakkında çok fazla çalışma yapılmamıştır ve nöroendokrin benzeri farklılaşmanın modellenmesi hakkında mesanede yapılmış neredeyse hiç çalışma yoktur. Bu çalışmanın birincil amacı nöroendokrin benzeri mesane kanseri hücre hattı oluşturmaktır. Bu amaç için 2 farklı yaklaşım kullanılmıştır. İlk yaklaşım indüksiyon temelli nöroendokrin farklılaşmasıdır. EGFR'ın aşırı ekspresyonu mesane kanserinde sık olarak görüldüğü ve EGF ile muamele diğer kanser türlerinin nöroendokrin modellenmesinde yaygın olarak kullanıldığı için, bu yaklaşımda iki mesane kanseri hücre hattı, T24 ve 5637 EGF ile muamele edilmiştir. Nöroendokrin farklılaşma gözlendikten sonra, farklılaşma ile ilgili gen ifadesinin, proliferasyon ve hücrelerin birbirleriyle etkileşiminin analizi yapılmıştır. Ayrıca, EGF ile ilgili yolakların nasıl etkilendiği analiz edilmiştir. Bu analizler, nöroendokrin farklılaşmayla ilgili genlerin ifadesinin arttığını, hücre bölünme oranının azaldığını ve EMT nedeniyle hücre-hücre etkileşiminin muhtemelen bozulduğunu göstermiştir. Ayrıca sonuçlar EGF'in EMT'yi ve Akt/Erk sinyal yolağını aktive ettiğini göstermiştir. Bulgularımız EGF kullanımının nöroendokrin farklılaşmaya neden olduğunu göstermektedir, ancak mekanizmayı daha iyi anlamak için daha fazla araştırma yapılmalıdır. İkinci yaklaşım gen düzenleme/gen-karakter değişimi temelli nöroendokrin farklılaşmasıdır. Bu amaçla CTNNB1 mutasyonu ve nöroendokrin benzeri tümörlerde sıklıkla gözlenen diğer gen mutasyonları oluşturulmaya çalışılmıştır. Bu yaklaşımda CRISPR/Cas9-HDR yöntemi ve overekspresyon yöntemleri eş zamanlı olarak gerçekleştirilmeye çalışılmaktadır. SV-HUC-1 hücre hattında mutasyonlar oluşturulduktan sonra mutasyon analizi ve ileri fenotipik ve moleküler analizler yapılacaktır.
Özet (Çeviri)
Bladder cancer is one of the most common and deathly cancers in the world. Nearly 90% of bladder cancers originates from urothelium. Histopathologically bladder cancer is divided into 2 classes as muscle invasive bladder cancer (MIBC) and non-muscle invasive bladder cancer (NMIBC). Recent consensus classification divide MIBC based on transcriptomic data and neuronal or neuroendocrine-like bladder cancer is one of the classes of MIBC. Neuroendocrine-like bladder cancer shows very bad prognosis and low survival rate. There have been very limited studies about the neuroendocrine-like bladder cancer and almost no studies about the modeling of neuroendocrine-like differentiation in bladder. Primary aim of this study is to generate neuroendocrine-like bladder cancer cell line. For this aim 2 different approaches were used.The first approach was induction-based neuroendocrine differentiation. In this approach, EGF treatment was used in T24 and 5637 bladder cancer cell lines as EGFR overexpression is frequently seen in bladder cancer, and EGF treatment is commonly used to induce neuroendocrine differentiation in other cancer types. Once the neuroendocrine differentiation was observed, differentiation related gene expression, proliferation and cell to cell interaction analyses were performed. Also, the molecular changes associated with EGF related pathways were analyzed. These analyses showed that after EGF treatment, neuroendocrine differentiation related gene expression was induced, cell proliferation rate was decreased and cell to cell interaction was likely disrupted because of EMT. Also results showed that EGF activate the Akt/Erk pathway. Overall, our findings shows that EGF treatment causes the neuroendocrine differentiation, but further investigations should be performed to understand the mechanism better. The second approach was gene editing/gene-character change based neuroendocrine differentiation. For this aim, CTNNB1 mutation and other gene mutations frequently observed in neuroendocrine-like tumors were tried to be introduced. CRISPR/Cas9-HDR method and overexpression methods are currently used in parallel. Mutation analysis and further phenotypic and molecular analysis will be performed after the mutations are generated in SV-HUC-1 cell line.
Benzer Tezler
- Unveiling mechanisms for electrical activity patterns in neurons and pituitary cells using mathematical modeling and analysis
Başlık çevirisi yok
SEVGİ ŞENGÜL
Doktora
İngilizce
2014
MatematikFlorida State UniversityMatematik Ana Bilim Dalı
DR. RICHARD BERTRAM
DR. JOEL TABAK
- Dev primer karaciğer tümörlerinde hepatektomi sonuçlarımız
Our hepatectomy results in giant primary liver tumors
FATİH BAKİ ÜLTAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Genel CerrahiÇukurova ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK DEMİRYÜREK
- Modelling the volatility in the Central Bank reserves
Merkez Bankası rezervlerindeki hareketliliğin modellenmesi
FERHAN SALMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
BankacılıkOrta Doğu Teknik ÜniversitesiEkonomi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK ERLAT
- Modelling of porphyry copper mineralization of the eastern pontides
Başlık çevirisi yok
MESUT SOYLU
Doktora
İngilizce
1999
Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NİLGÜN GÜLEÇ
- Modelling of spatially varied preciption records over Karasu basin
Karasu havzasında alansal yağışın modellenmesi
ZERRİN BAŞBUĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
İnşaat MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜNAL ŞARMAN