Hematolojik malignitelerin yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak genetik olarak değerlendirilmesi
Genetic evaluation of hematological malignities using the new generation sequencing method
- Tez No: 827820
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MELİKE KARAMAN, DOÇ. DR. ÇİĞDEM YÜCE KAHRAMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Hematoloji, Moleküler Tıp, Genetics, Hematology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Hematolojik malignite, myeloproliferatif hastalık, Yeni nesil dizileme, sekans analizi, Hematological malignancy, myeloproliferative disease, Next generation sequencing, sequence analysis
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 47
Özet
Amaç: Bu tez çalışmasında amacımız, hematolojik malignitelerde gözlenen belirli genlerdeki hotpoint mutasyonların (ASXL1, CALR, CBL, CEBPα, CSF3R, DNMT3A, EZH2, FLT3, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MPL, NPM1, NRAS, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SH2B3, SRSF2, TET2, TP53, U2AF1, ZRSR2) görülme sıklığı ve bu mutasyonların hastalık üzerine olan etkisini ortaya koymaktır. Yöntem: Çalışmada kullanılan araştırma materyali, 2018- 2022 yılları arasında Atatürk Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi'nde Tıbbi Genetik Bölümü'ne başvuran hematolojik malignite öntanısı veya tanısı olan hastalardan alınan hemogram kanlarından izole edilen DNA'lardı. Çalışma methodu planlamsına göre hastalardan alınan kandan DNA izolasyonu QIAamp DNA Blood Mini QIAcube Kit (QIAGEN, Germany) kullanıldı. İzole edilen DNA kalitesi Qubit Florometre (Invitrogen) cihazında ölçüldü. PCR ve kütüphane oluşturma basamakları QIAact Myeloid DNA UMI Panel (QIAGEN, Germany) üreticinin talimatları doğrultusunda gerçekleştirildi. Oluşan PCR ürünlerinin sekanslanması GeneReader NGS cihazında gerçekleştirilecek olup, data analizi QIAGEN Clinical Insight platformunda yapıldı. Bulgular: Erzurum ve çevresinden gelen, hematolojik malignite tanısı veya ön tanısına sahip hastaların yeni nesil dizileme yöntemiyle tespit edilen myeloid panelde, görülen mutasyonlar incelenmiştir. Gözlenen mutasyonlar, tanı, cinsiyet ve yaş dağılımları açısından incelendiğinde erkek hastalarda ve ileri yaşlarda bu hastalığa ait mutasyonların daha sık görüldüğü tespit edilmiştir. Sonuç: Bulgular, hasta sayısının arttırılması ve hematolojik maligniteye neden olan genlerin daha detaylı araştırılmasıyla bu maligniteye sahip hastaların daha hızlı tanı almasına ve mutasyonlara özgü bireysel tedavi açısından takip altında olmasına fayda sağlayacağını göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Purpose: Our aim in this thesis study is to reveal the incidence of hotpoint mutations (ASXL1, CALR, CBL, CEBPα, CSF3R, DNMT3A, EZH2, FLT3, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MPL, NPM1, NRAS, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SH2B3, SRSF2, TET2, TP53, U2AF1, ZRSR2) in certain genes observed in hematological malignancies and the effect of these mutations on the disease. Method: The research material used in the study was DNA isolated from hemogram blood taken from patients with pre-diagnosis or diagnosis of hematological malignancy, who applied to the Department of Medical Genetics at Atatürk University Health Research and Application Center between 2018 and 2022. The QIAamp DNA Blood Mini QIAcube Kit (QIAGEN, Germany) was used for DNA isolation from the blood taken from the patients according to the study method planning. The isolated DNA quality was measured on the Qubit Fluorometer (Invitrogen). PCR and library building steps were performed according to the manufacturer's instructions on the QIAact Myeloid DNA UMI Panel (QIAGEN, Germany). The sequencing of the resulting PCR products will be performed on the GeneReader NGS device, and data analysis was performed on the QIAGEN Clinical Insight platform. Findings: The mutations seen in the myeloid panel, which was determined by the new generation sequencing method of patients with a diagnosis or pre-diagnosis of hematological malignancy from Erzurum and its surroundings, were examined. When the observed mutations were examined in terms of diagnosis, gender and age distribution, it was determined that the mutations of this disease were more common in male patients and in older ages. Results: The findings have shown that increasing the number of patients and investigating the genes that cause hematological malignancy in more detail will help patients with this malignancy to be diagnosed more quickly and to be followed up in terms of individual treatment specific to mutations.
Benzer Tezler
- Lösemilerdeki füzyon genlerinin taranmasına yönelik yeni nesil dizileme panellerinin geliştirilmesi
Development of next generation sequencing panels for screening fusion genes in leukemia
SADIK ÇİĞDEM
- Miyeloproliferatif neoplaziler'de gen mutasyonlarının sekans analiziyle belirlenmesi
Identification of gene mutations in myeloproliferative neoplasms by sequence analysis
BURCU BÖLÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
HematolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUNDE YILMAZ SÜSLÜER
- Akut myeloid lösemi tanılı olgularda yeni nesil dizileme'de myeloid panel analizi ile saptanan mutasyon profili, immunhistokimyasal belirteçler ve klinikopatolojik korelasyon değerlendirmeleri
Comparison of molecular analysis findings determined by new generation sequencing with immunhistochemical markers and clinicopathological parameters in acute myeloid leukemia
GÖKÇE SU CEYLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
PatolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FÜRUZAN DÖGER
- Diffüz büyük B hücreli lenfomalarda NGS (Yeni nesil dizileme) ile genomik karakterizasyonun önemi
The importance of next generation sequence in patients with diffuse large B cell lymphoma
AZİME BAŞ ÖZÇALİMLİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
HematolojiAydın Adnan Menderes Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ ZAHİT BOLAMAN
- Yeni tanılı multipl miyeloma hastalarında sitogenetik anomalilerin optik genom haritalama yöntemiyle araştırılması
Investigation of cytogenetic abnormalities in newly diagnosed multiple myeloma patients by optical genome mapping
DENİZ KARDELEN GÜNEY
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KIVANÇ ÇEFLE
DR. AYŞE GÜL BAYRAK TOKAÇ