Geri Dön

Lösemilerdeki füzyon genlerinin taranmasına yönelik yeni nesil dizileme panellerinin geliştirilmesi

Development of next generation sequencing panels for screening fusion genes in leukemia

PDF İndir

  1. Tez No: 678883
  2. Yazar: SADIK ÇİĞDEM
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. EMRE KESKİN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Onkoloji, Genetics, Molecular Medicine, Oncology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 87

Özet

Hematolojik malignitelerin tanısı sitolojik, sitogenetik ve moleküler genetik analizleri içeren multidisipliner yaklaşımlara dayanır. Kanser genomiğindeki ilerlemeler çeşitli kanserlerde belirgin prognostik değere sahip tekrarlayan mutasyonların tanımlanmasını sağlamıştır. Şimdiye kadar akut lösemilerde kromozomal yeniden düzenlemeler sonucu oluşan yüzlerce füzyon gen tespit edilmiştir. Lösemilerdeki bu tür mutasyonların test edilmesi kişiselleştirilmiş tedaviler için zorunludur. Geleneksel klinik tanıda kullanılan birçok yöntem füzyon genleri tam olarak saptayamamaktadır. Mevcut teknik sınırlamaların üstesinden gelmek için bu çalışmada hedefe yönelik yeni nesil dizileme yaklaşımı test edildi. Füzyon genlerin birleşme noktalarını içeren bölgelerin multipleks PZR bazlı paneller ile oluşturulan kütüphaneleri Illumina platformu kullanılarak dizilendikten sonra biyoinformatik yaklaşımlarla analiz edildi. 20 adet KMT2A füzyon transkripti için uyarlanmış AmpliSeq (Illumina) füzyon paneli ile bu füzyon transkriptleri taklit eden DNA parçaları kullanılarak yapılan mPZR ile 19 amplikon oluşturulabildi. NGS işlemleri ve biyoinformatik analizlerle 17 amplikon için belirgin bir sonuç alınırken, geriye kalan 3 tanesi için az sayıda füzyon olayını kesin bir şekilde tanımlayan bağlantı okumaları elde edildi. Yapılan titrasyon çalışmalarında, füzyon panelin 1 pg kadar eser miktarlardaki kalıp DNA parçalarını tespit edebildiği gösterildi. Bu sonuçlar, füzyon panelin klinik örnekler üzerinde denendikten sonra, kapsamındaki füzyon transkriptler için klinik tanıda kullanılabileceğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

Diagnosis of hematologic malignancies is based on multidisciplinary approaches including cytological, cytogenetic, and molecular genetic analyzes. Advances in cancer genomics have enabled the identification of recurrent mutations with the apparent prognostic value for various cancers. To date, hundreds of fusion genes resulting from chromosomal rearrangements have been identified in acute leukemia. Testing such mutations in leukemias is essential for personalized treatments. Many methods used in conventional clinical diagnosis could not fully detect fusion genes. To overcome the limitations of existing techniques, targeted next generation sequencing approach was tested in this study. The libraries of the regions containing the junctions of the fusion genes, formed by multiplex PCR-based panels, was deep-sequenced using Illumina platform, thereafter the results were analyzed by bioinformatics approaches. Using AmpliSeq (Illumina) fusion panel adapted for 20 KMT2A fusion transcripts and DNA fragments mimicking these fusion transcripts, 19 amplicons could be obtained with mPZR. With NGS procedures and bioinformatics analyses, significant results were obtained for 17 amplicons, while few junction reads that precisely describe the fusion event were obtained for the remaining 3. In titration studies, it was shown that the fusion panel can detect the template DNA fragments in trace amounts up to 1 pg. These results show that the fusion panel can be used in clinical diagnosis for the fusion transcripts in its scope, after testing on clinical specimens.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    648504

    New therapeutic approaches targeting MLL-AF9 leukemias through epigenetic reprogramming

    Epigenetik yeniden programlama ile MLL-AF9 lösemilerini hedefleyen yeni tedavi yöntemleri

    İPEK BULUT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Moleküler TıpKoç Üniversitesi

    Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEYDA AÇILAN AYHAN

  2. Tez No

    194962

    Kronik myelojenik lösemili hastalarda wt1 gen ekspresyonu ve genetik değişikliklerin araştırılması

    Wt1 gene expression and genetic alternations in patients with chronic myelogenous leukemia

    EVA SHYQYRİU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Moleküler Tıpİstanbul Üniversitesi

    Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. SENİHA HACIHANEFİOĞLU

  3. Tez No

    307279

    Kronik Miyelositer Lösemilerde füzyon gen kalitatif ve kantitatif değerlerinin FISH ve moleküler genetik yöntemlerle karşılaştırılması

    Comparison of qualitative and quantitative values of fusion gene by FISH and molecular genetic methods in chronic myelogenous leukemia

    ŞEBNEM ÖZEMRİ SAĞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    GenetikUludağ Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TAHSİN YAKUT

  4. Tez No

    889618

    Miyeloid lösemilerde PRSS57 gen ifadesi ve tedavi ile ilişkisinin araştırılması

    Investigation of PRSS57 gene expression and its relationship with treatment in myeloid leukemias

    BAHADIR KASAP

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMA SIRMA EKMEKCİ

  5. Tez No

    278890

    Kompleman sistemini düzenleyici proteinlerden cd59'un akut lösemilerdeki ekspresyonu

    Başlık çevirisi yok

    CAN KÜÇÜKAKSU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Allerji ve İmmünolojiHacettepe Üniversitesi

    İmmünoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. DİCLE GÜÇ

Geri Dön