Geri Dön

Illumına ve DNB sekanslama teknolojileri ile elde edilen özel gen dizileme verilerinin karşılaştırılması

Comparison of in house gene sequencing data obtained by illumina and DNB sequence technologies

PDF İndir

  1. Tez No: 830566
  2. Yazar: TUĞÇE ACAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMED HAMZA MÜSLÜMANOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 83

Özet

DNA'nın yapısı aydınlatıldıktan sonra DNA nükleotid dizilemesi için bir çok yöntem geliştirilmiştir. Bu yöntemler arasında en günceli Yeni Nesil Dizileme(NGS) teknolojileridir. NGS platformları farklı yöntemlerle kısa sürede, genomun bir kısmının, hatta tamamımın dizilenmesini sağlar. İnsan genomu dizilemede üretilen ticari kitlerin dışında in-house dizileme ile; çok sayıda, birbiriyle ilişkisi olmayan genleri aynı anda dizilemek mümkündür. NGS teknolojileri fastq formatında ham data üretir. Dizileme sırasında; kimyasal reaksiyonda, cihazın mekaniğinde veya laboratuvar kısmında meydana gelebilecek hatalar dataların kalitesini, dolayısıyla ham datadan yapılacak analizin doğruluğunu doğrudan etkiler. Ham datadaki potansiyel sorunları tespit etmek ve datanın kalitesini değerlendirmek için FastQC gibi çeşitli algoritmalar geliştirilmiştir. Bu çalışmada, farklı yöntemlere dayalı Illumina(sentez yoluyla dizileme) ve MGI(DNB teknolojisi ile dizileme) platformlarında in-house dizileme verilerinin kalitelerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. 100-280 amplikondan oluşan 24 çift gen havuzu, MGI ve Illumina platformlarında in-house dizileme tekniği ile dizilenmiştir. Her iki platformdan elde edilen ham dataların FastQC raporlarından; her sekanstaki baz içeriği, dizilerin GC içeriği, duplikasyon oranı ve yinelenen diziler parametreleri ile data boyutu ve ortalama derinlik parametreleri açısından karşılaştırılmıştır. FastQC parametrelerine uygulanan t testi sonucunda; her iki platform için de her sekanstaki baz içeriği (p=2,01;p0,05), dizilerin GC içeriği (p=0,88;p0,05) ve duplikasyon oranları (p=0,08;p0,05) arasında önemli bir fark olmadığı görülmüştür. Yinelenen diziler arasında ise MGI'dan üretilen dataların yinelenen dizi ortalaması daha düşük olup, her iki platform arasındaki farkın istatistiksel olarak önemli (p=0,04;p0,05) olduğu gözlenmiştir. Bununla birlikte kullanılan MGI DNBSeq-G400 cihazının kapasitesi Illumina-Miniseq cihazından daha fazla olduğundan; MGI DNBSeq-G400 cihazından data boyutu ve ortalama derinlik açısından daha fazla veri elde edilmiştir. Bu iki parametre için uygulanan t testi ile, her iki cihazdan elde edilen data boyutu (p=5,58;p0,05) ve ortalama derinlik (p=1,57;p0,05) arasındaki farkın istatistiksel olarak anlamlı olmadığı gözlemlenmiştir. Sonuç olarak in-house dizilemede; dizilenecek gen sayısı, elde edilmek istenen data miktarı gibi koşullar göz önünde bulundurularak, amaca uygun her iki platform da verimli bir şekilde kullanılabilir.

Özet (Çeviri)

After the structure of DNA was elucidated, many methods were developed for DNA nucleotide sequencing. The most up-to-date among these methods is Next Generation Sequencing(NGS) technologies. NGS platforms enable the sequencing of part or even the entire genome in a short time using different methods. Apart from the commercial kits produced for human genome sequencing, with in-house sequencing; it's possible to sequence large numbers of unrelated genes simultaneously. NGS technologies produce raw data in fastq format. During sequencing; errors that may occur in the chemical reaction, the mechanics of the device or the laboratory part directly affect the quality of the data and therefore the accuracy of the analysis to be made from the raw data.Various algorithms, such as FastQC, have been developed to detect potential problems in raw data and evaluate the quality of the data.In this study, it was aimed to compare the quality of in-house sequencing data on Illumina (sequencing by synthesis) and MGI (sequencing by DNB technology) platforms based on different methods. 24 pairs of gene pools of 100-280 amplicons were sequenced separately on the MGI and Illumina platforms by in-house sequencing. From FastQC reports of raw data obtained from both platforms; the base content in each sequence, GC content of the sequences, duplication rate and repetitive sequences parameters were compared in terms of data size and average depth parameters. As a result, in-house sequencing; considering the conditions such as the number of genes to be sequenced and the amount of data to be obtained, both platforms suitable for the purpose can be used efficiently.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    830707

    TP53 ve MEFV genlerinin Illumina ve MGI teknolojileri ile dizilenmesinde data kalitelerinin karşılaştırılması

    Comparison of data quality in sequencing of TP53 and MEFV genes with Illumina and MGI technologies

    CEREN ALEYNA KEÇECİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMED HAMZA MÜSLÜMANOĞLU

  2. Tez No

    855908

    Identification of on intestinal microbiota associated with irritable bowel syndrome

    Irritabl bağırsak sendromu ile ilişkili bağırsak mikrobiyotasinin tanımlanması

    MERVE DOĞAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ROZELİN AYDIN

  3. Tez No

    509508

    Atık su arıtma sistemlerinde mikrobiyal kommunite analizi ve biyodegradasyon potansiyellerinin tespiti

    Microbial community analysis in waste water treatment system and determination of biodegradation potentials of these communities

    NİLGÜN POYRAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiAnadolu Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU

  4. Tez No

    614752

    İdiyopatik jeneralize epilepsili ailelerde lokus ve gen analizi

    Locus and gene analysis in families with idiopathic generalized epilepsy

    İLKER KARACAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UĞUR ÖZBEK

  5. Tez No

    769020

    Assessment of eukaryotic diversity around robert island in antarctica by metabarcoding

    Antarktika'daki robert adası çevresindeki ökaryot çeşitliliğinin metabarkodlama ile belirlenmesi

    YAĞMUR TARHANA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN

Geri Dön