Interpretation of compound fragments via attentive recursive tree
Dikkatli özçağrılı ağaç ile kimyasal fragmanlarının anlamlandırılması
- Tez No: 832139
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN, DOÇ. DR. ARZUCAN ÖZGÜR TÜRKMEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Eczacılık ve Farmakoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Pharmacy and Pharmacology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 106
Özet
İstenen özelliklere sahip yeni ilaç benzeri kimyasalların keşfi, ilaç endüstrisinde zorlu ve maliyetli bir süreçtir. Klinik öncesi aşamada bu süreci kolaylaştırmak adına, farklı görevler için birçok farklı sinir ağı modeli önerilmiştir (örneğin, ilaç-hedef afinite tahmini, moleküler özellik tahmini, hedefe özel molekül üretimi). Başarılı sonuçlar üretmelerine rağmen, bu modeller genellikle yorumlanabilirlikten yoksundurlar. İlgili bileşiklerdeki her bir parçanın önemini belirleyebilmek için Dikkatli Özçağrılı Ağaç (AR-Tree) modelini kullandık. Göreve özgün dikkat mekanizması sayesinde AR-Tree, bileşiklerdeki önemli parçaları ağaç yapısında köke daha yakın yerleştirerek vurgular. Bu şekilde, belirlenen önemli fragmanlar gelecekteki araştırmalarda istenen özelliklere sahip yeni bileşikler tasarlamak için kullanılabilir. Denek görevleri olarak MoleculeNet'in beş farklı sınıflandırma ve dört farklı regresyon görevini denedik. Deneylerin sonuçları, önerilen mimarinin ilgili görevler için kimyasal olarak anlamlı parçalar bulmayı başardığını göstermektedir.
Özet (Çeviri)
The discovery of new drug-like chemicals with desired properties is a challenging and costly process in the pharmaceutical industry. To facilitate this process in the preclinical phase, many different neural network models have been proposed for different tasks (e.g., drug-target affinity prediction, molecular property prediction, target-specific molecule generation). Despite producing successful results, they usually lack interpretability. To comprehend the significance of each fragment in the relevant compounds, we employed the Attention Recursive Tree (AR-Tree) model. Thanks to its task-specific attention mechanism, AR-Tree highlights the significant fragments of compounds by positioning them closer to the root of the tree structure. In this way, the identified significant fragments can be used to design new compounds with desired properties in future research. We experimented with five different classification and four different regression tasks of the MoleculeNet as benchmark tasks. The results of the experiments show that the proposed architecture succeeded in finding chemically meaningful fragments for the corresponding tasks.
Benzer Tezler
- In silico design of hERG non-blocker compounds with retained pharmacological activity using multi-scale molecular modeling applications
hERG bloker olmayan farmakolojik aktivitesi korunmuş bileşiklerin çok boyutlu moleküler modelleme uygulamaları ile in siliko tasarımı
GÜLRU KAYIK
Doktora
İngilizce
2017
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURCAN TÜZÜN
DOÇ. DR. SERDAR DURDAĞI
- Potansiyel anti-alzheimer heteroaromatik hidrazit-hidrazon türevi bileşikler üzerinde sentez ve biyoaktivite çalışmaları
Synthesis and bioactivity studies on potential anti-alzheimer heteroaromatic hydrazide-hydrazone derivatives
GÖZDE SAYAR
Doktora
Türkçe
2017
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VİLDAN ALPTÜZÜN
- Manihaist Türk çevresi metinleri üzerine dil ve üslup incelemesi
Language and style analysis on Manichaean Turkish circle texts
KADER TÜNGÜÇ
Doktora
Türkçe
2022
Türk Dili ve EdebiyatıMimar Sinan Güzel Sanatlar ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TANJU SEYHAN
- Bazı furan türevi bileşiklerin heterohalkalı diaminlerle reaksiyonları
Reactions of some furan derivative compounds with hetereocyclic diamines
HİLAL BÖLÜKBAŞI
- Eski Uygur Türkçesinde öz (core) - dış (peripheral) katmanlı birleşik yapılarda zamansallık
Temporal clauses in core and peripheral junctures in old Uighur Turkish
GÜLSER ERSOY
Doktora
Türkçe
2021
Türk Dili ve EdebiyatıEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERRUH AĞCA