Geri Dön

Mutation analysis of IDH1 gene in prostate cancer patients by next generation sequencing method

Prostat kanseri hastalarinda IDH 1 gen mutasyonlarinin yeni nesil dizileme metodu ile belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 834946
  2. Yazar: FARUK YENCİLEK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TURGAY İSBİR
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

Erkekler arasında en sık görülen ikinci kanser türü prostat kanseridir. Çalışmamızın amacı, potansiyel mutasyonları ve onların hastalığın risk sınıfları ile ilişkisini saptamak için IDH1 başta olmak üzere MGMT ve ATRX genlerini yeni nesil dizileme ile değerlendirmektir. Analizler prostat kanseri tanısı almış 27 hastanın periferik kan örnekleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Yeni nesil dizileme ile IDH1, MGMT ve ATRX genleri değerlendirildi. Ayrıca, tespit edilen mutasyonların D'Amico orta-risk ve yüksek-risk grupları için belirteç adaylığını değerlendirmek için analiz yapılmıştır. Çalışma grubunun ortalama yaşı 68 (53-83) olmakla birlikte, hastaların %88.89'u 60 yaş ve üzeri iken, %11.11'i 60 yaşın altındaydı. Hasta grubunun prostat hacmi (p=0.003), PSA seviyesi (p=0.048), cT1c (p=0.000), Gleason skoru (p=0.001), Tm yüzdesi (0.0006) gibi klinik veriler orta-riskli ve yüksek-riskli hasta grupları arasında anlamlı olarak farklılık göstermiştir. Araştırmaya konu olan hedef genlerin dizilimi sonucunda, 3'ü IDH 1'de, 6'sı MGMT'de, 2'si ATRX'te olmak üzere toplamda 11 mutasyon tespit edilmiştir. Tespit edilen mutasyonların büyük çoğunluğu prostat kanserinde ilk defa tanımlanmıştır. D'Amico risk gruplarına göre MGMT geninde tespit edilen c.159C>T (rs1803965) ve c.250C>T (rs12917) mutasyonlarının anlamlı olarak farklılık gösterdiği belirlenmiştir (p=0.017). IDH1 c.548A>G missense mutasyonunu taşıyan hastanın heterozigot mutant, MGMT geni c.159C>T sinonim varyantını taşıyan beş hastanın heterozigot mutant ve MGMT geni c.250C>T missens mutasyonunu taşıyan beş prostat kanseri hastasının heterozigot mutant karakterde olduğu Sanger sekanslaması ile doğrulanmıştır. Tanimlanan mutasyonların klinik uygulamalarda değerlendirmeye alınabilmesi tartışmaya açık olmasına rağmen, moleküler belirteçlerin prostat kanserinin sınıflandırmasında değerlendirmeye alınması gerektiği açıktır. Bununla birlikte, moleküler parametrelerin standart değerlendirme kriterlerine dahil edilmesinin prostat kanseri hastalarının klinik verilerinin daha yüksek doğruluk oranıyla değerlendirilerek, kişiye özel tedavi yöntemlerinin daha etkin bir şekilde uygulanabilmesine katkı sunacaktır.

Özet (Çeviri)

The second most common type of cancer among men is prostate cancer. The aim of our study was to evaluate MGMT and ATRX genes, especially IDH1, with next-generation sequencing, to detect potential mutations and their relationship with risk classes of the disease. Analyses were performed using peripheral blood samples from 27 patients diagnosed with prostate cancer. IDH1, MGMT and ATRX genes were evaluated by next generation sequencing. In addition, analysis was performed to evaluate the effects of detected mutations in D'Amico intermediate-risk and high-risk groups. The mean age of the study group was 68 years (53-83); 88.89% of the patients were aged 60 years or older, and 11.11% were under 60 years of age. The prostate volume, PSA level, cT1c, Gleason score, and Tm % of the patient group's clinical data were significantly different between the intermediate-risk and high-risk patient groups (p=0.003, p=0.048, p=0.000, and p=0.001, respectively). The target genes were sequenced, and as a result, 11 mutations were found in total: 3 in IDH1, 6 in MGMT, and 2 in ATRX genes. The majority of the detected mutations in prostate cancer were identified for the first time. According to D'Amico risk groups, it was found that the c.159C>T (rs1803965) and c.250C>T (rs12917) MGMT gene mutations varied significantly from one another (p=0.017). The heterozygous mutant genotypes of the patient with the IDH1 c.548 A>G (rs34599179) missense mutation, the five patients with the MGMT gene c.159C>T synonymous mutation, and the five prostate cancer patients with the MGMT gene c.250C>T missense mutation were confirmed by Sanger sequencing. These identified mutations should undoubtedly be included in the classification of prostate cancer. Whether or not they can be assessed in clinical applications is debatable. However, integrating molecular parameters with standard evaluation criteria will contribute to the application of personalized treatment methods by evaluating the clinical data of prostate cancer patients with a higher accuracy rate.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    759958

    Mutation analysis of the TERT gene in ovarian cancer patients of turkish population by next generation sequencing method

    Türk popülasyonunda over kanseri hastalarinda TERT geninin yeni nesil dizileme yöntemiyle mutasyon analizi

    BETÜL ÇAPAR GORALI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Moleküler TıpYeditepe Üniversitesi

    Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TURGAY İSBİR

  2. Tez No

    626176

    Development of rapid and accurate IDH1 mutation detection system that is compatible for intraoperative diagnosis

    İntraoperatif tanı kullanımına yönelik, hızlı ve hassas IDH1 mutasyonu teşhis sistemi geliştirilmesi

    ALİHAN SÜRSAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    GenetikBahçeşehir Üniversitesi

    Sinir Bilimi Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TİMUÇİN AVŞAR

  3. Tez No

    341938

    Glioblastoma multiforme genetiğinin araştırılması

    Genetic analysis of glioblastoma multiforme

    CEREN SÜMER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİGEN CELEP EYÜPOĞLU

  4. Tez No

    341796

    Esansiyel trombositemi ve primer miyelofibrozis olgularında ASXL1, IDH1, IDH2 gen mutasyonları ve JAK2V617F allel yükü ile klinik seyir arasındaki ilişki

    Impact of ASXL1, IDH1, IDH2 mutations and JAK2V617F allele burden in essential thrombocythemia and primary myelofibrosis on clinical course

    İPEK YÖNAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Hematolojiİstanbul Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA DENİZ SARGIN

  5. Tez No

    577551

    Characterızatıon of the effects of ıdh1 mutatıon on monocyte dıfferentıatıon at transcrıptome level ın early stages of glıoma formatıon

    Idh1 mutasyonunun gliom oluşumunun erken aşamalarında monosit farklılaşmasına etkilerinin transkriptom düzeyinde karakterizasyonu

    EBRU DİLER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Biyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY

Geri Dön