Geri Dön

Mutation analysis of the TERT gene in ovarian cancer patients of turkish population by next generation sequencing method

Türk popülasyonunda over kanseri hastalarinda TERT geninin yeni nesil dizileme yöntemiyle mutasyon analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 759958
  2. Yazar: BETÜL ÇAPAR GORALI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TURGAY İSBİR
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Over cancer, Tert, polymorphisms, Over cancer, Tert, polymorphisms
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 85

Özet

Yumurtalık kanseri, ülkemizde rahim ağzı ve rahim kanserinden sonra en sık görülen jinekolojik kanserdir. Hastalığın sıklığı, farklı ırk ve etnik gruplar arasında değişiklik göstermekle birlikte, gelişmiş ülkelerde, gelişmekte olan ülkelere göre daha yüksektir. Her yaştan kadını etkiler. Kötü huylu yumurtalık tümörlerinin büyük çoğunluğunu Epitelyal tümörler oluşturur. Çeşitli risk faktörlerinin yumurtalık kanseri riskinin artmasıyla ilişkili olduğu bilinmektedir. Bu risk faktörleri arasında özellikle genetik faktörler yumurtalık kanseri gelişme riskinin artmasından sorumludur. Mutasyon genetik materyaldeki kalıtsal değişikliklerdir ve kansere neden olabildiği için önemlidir. TERT, ATRX, MGMT, IDH genlerindeki mutasyonların birçoğu, birden çok kanser türü riski ile ilişkilendirilmektedir. Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı, yumurtalık kanseri dahil olmak üzere kanser çalışmalarında kullanılarak, mevcut mutasyonların tanımlanmasının yanında, yeni keşiflerin de yapılmasını kolaylaştırmaktadır. Çalışmamızda Yeditepe Üniversitesi hastanesinde Over kanseri tanısı almış, demografik açıdan özdeş niteliklere sahip 18 – 76 yaş arası 33 kadın hasta dahil edilmiştir. Hastalardan rızaları dahilinde toplanan kan örneklerinden DNA izolasyonu yapılıp, Yeni Nesil Dizileme yöntemi kullanılarak IDH1, IDH2, TERT, MGMT ve ATRX genlerindeki anlamlı ve anlamsız mutasyonlar tespit edilmiştir. Biyoinformatik analiz çalışması Illumina Data Analysis Program ile gerçekleştirilmiştir. Toplam 33 hastanın 24'nde TERT genine ait 7 farklı varyant gözlenmiştir. Mutasyonlar hem ekzonik hem de intronik bölgelerde görülmüştür. Çalışmamızda TERT geninde, 7 hastada heterozigot ve 1 hastada homozigot c.2850-3039C>T; (p.H950H, p.H1013H) mutasyonu, 2 hastada heterozigot c.2517G>A; (p.T839T) mutasyonu, 1 hastada heterozigot, c.2031C>T; (p.G677G) mutasyonu, 3 hastada heterozigot c.835G>A (p.A279T) mutasyonu, 1 hastada heterozigot c.1392C>T; (p.F464F) mutasyonu, 1 hastada heterozigot c.2995-3184G>A; (p.A1062T, p.A999T) mutasyonu, 16 hastada heterozigot ve 3 hastada homozigot c.915G>A; (p.A305A) mutasyonları tespit edilmiştir. Çalışmada görülen 7 farklı varyant içerisinde klinik önemi bilinmeyen varyantlar saptanmıştır. Çalışmamıza dahil ettiğimiz diğer genler için ATRX geninde 5 varyant, IDH1 geninde 3 varyant, IDH2 geninde 1 varyant ve MGMT geninde 6 varyant tespit edilmiştir. IDH1 geninde intronik bölgede bir hastada c.699-3delC delesyon gözlenmiş olup, 3 hastada görülen c.532G>A (p.V178I) mutasyonun muhtemel zararlı olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca ATRX geninde heterozigot Novel varyant; c.881A>G c.995A>G (p.D332G; p.D294G) tespit edilmiştir. ATRX geninde tespit edilen Novel varyant, Sanger dizileme ile heterozigot olarak doğrulanmıştır. Çalışmamızda bulduğumuz TERT,IDH1,IDH2,MGMT ve ATRX genlerine ait varyantlar mevcut veri tabanları ve literatürle karşılaştırılmıştır. Bulduğumuz varyantlar daha önce yumurtalık kanseriyle ilişkilendirilmemiş olup, yumurtalık kanserine yatkınlık için yeni bir belirteç adayı olarak değerlendirilmiştir. Sonuçlarımızın, ileride daha büyük kohortlar ile gerçekleştirilecek çalışmalar veya fonksiyonel çalışmalarla doğrulanması durumunda, bulgularımız, yumurtalık kanserinin moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasına önemli katkı sağlayacaktır.

Özet (Çeviri)

Ovarian cancer is the most common gynecological cancer after uterine cancer in our country. Although the frequency of the disease varies among different racial and ethnic groups, it is higher in developed countries than in developing countries. It affects women of all ages. Epithelial tumors constitute the majority of malignant ovarian tumors. Various risk factors are known to be associated with an increased risk of ovarian cancer. Among these risk factors, especially genetic factors, are responsible for the increased risk of developing ovarian cancer. Mutations are inherited changes in genetic material and are important because they can cause cancer. Most of the mutations in TERT, ATRX, MGMT, and IDH genes are associated with the risk of multiple cancer types. The Next Generation Sequencing approach is used in cancer studies, including ovarian cancer, facilitating the identification of existing mutations as well as new discoveries. In our study, 33 female patients between the ages of 18 and 76 who were diagnosed with ovarian cancer at Yeditepe University hospital and had demographically identical characteristics were included. With their consent, DNA was isolated from the blood samples collected from the patients, and significant and nonsense mutations in the IDH1, IDH2, TERT, MGMT, and ATRX genes were detected using the Next Generation Sequencing method. A bioinformatics analysis study was carried out with the Illumina Data Analysis Program. 7 different variants of the TERT gene were observed in 24 to 33 patients. Mutations were seen in both exonic and intronic regions. In our study, in the TERT gene, heterozygous in 7 patients and homozygous in 1 patient, c.2850-3039C>T; (p.H950H, p.H1013H) mutation, heterozygous in 2 patients c.2517G>A;(p.T839T) mutation, heterozygous in 1 patient, c.2031C>T; (p.G677G) mutation, heterozygous in 3 patients c.835G>A (p.A279T) mutation, heterozygous in 1 patient c.1392C>T; (p.F464F) mutation, heterozygous in 1 patient c.2995-3184G>A; (p.A1062T, p.A999T) mutation and heterozygous in 16 patients and homozygous in 3 patients c.915G>A; (p.A305A) mutations have been detected. Among the 7 different variants seen in the study, variants of unknown clinical significance were detected. For the other genes included in our study, 5 variants in the ATRX gene, 3 variants in the IDH1 gene, 1 variant in the IDH2 gene, and 6 variants in the MGMT gene were detected. A c.699-3delC deletion was observed in one patient in the intronic region of the IDH1 gene, and the c.532G > A (p.V178I) mutation seen in 3 patients was evaluated as possibly harmful. In addition, novel variant c.881A > G ; c.995A > G was detected in the ATRX gene. The heterozygous novel variant detected in the ATRX gene was confirmed to be heterozygous by Sanger sequencing.The variants of TERT, IDH1, IDH2, MGMT, and ATRX genes we found in our study were evaluated by comparing them with existing databases and literature. The variants we found were not previously associated with ovarian cancer and were evaluated as a new marker candidate for ovarian cancer susceptibility. If our results are confirmed by future studies with larger cohorts or functional studies, our findings will contribute significantly to elucidating the molecular mechanisms of ovarian cancer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    837895

    Değişici epitel hücreli mesane kanserinde insan telomeraz reverse transkriptaz mutasyonunun yüksek ve düşük dereceli tümörlerde karşılaştırmalı analizi

    Comparative analysis of human telomerase reverse transcriptase mutation in transitional epithelial cell bladder cancer in high and low grade tumors

    MUSTAFA KAPLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Moleküler TıpSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Moleküler Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA DUMAN

  2. Tez No

    512254

    Investigation of telomerase reverse transcriptase (TERT) gene promoter mutations in colorectal cancer

    Kolorektal kanserde telomeraz ters transkrıptaz (TERT) gen promotör mutasyonlarının araştırılması

    NISREEN ISMAEL NOORI AL DOORI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TÜRKAN AYTEKİN

  3. Tez No

    513697

    İnsan telomeraz reverse transkriptaz (H-TERT) geni promotor mutasyonunun mesane tümörlü hastaların takibindeki rolü

    Human telomeraz reverse transkriptaz (H-TERT) gene promotor mutati̇on's role in following bladder tumors 'patients

    KADİR ACIBUCU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ÜrolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Üroloji Ana Bilim Dalı

    ÖĞR. GÖR. EFE ÖNEN

  4. Tez No

    676108

    Liquid biopsy analysis in Glioma: Pre-operative detection of IDH1, IDH2 and tert gene mutations in circulating free tumor DNA

    Glıoma'da likit biyopsi analizi: Kanda dokaşan serbest tümör DNA'sındaki IDH1, IDH2 ve tert gen mutasyonlarının pre-operatif tespiti

    MAİDE NUR PAKSOY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    GenetikBahçeşehir Üniversitesi

    Sağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TİMUÇİN AVŞAR

  5. Tez No

    887145

    Anaplastik Tiroid Kanserinde BRAF, NRAS, TERT, TP53 genleri için somatik mutasyon analizi

    BRAF, NRAS, TERT, TP53 gene expression analysis in Anaplastic Thyroid Carcinoma

    MESUDE ANGIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıEge Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMİN KARACA

Geri Dön