Investigation and in silico confirmation of interactions between nucleic acids and proteins
Nükleik asitler ve proteinler arasındaki etkileşimlerin araştırılması ve ın silico doğrulanması
- Tez No: 837254
- Danışmanlar: PROF. DR. NİZAMETTİN AYDIN, DR. ZEYNEB KURT
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoteknoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimi ve Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 121
Özet
Bu tez, temel biyolojik makromoleküller arasındaki moleküler etkileşimlerin karmaşık alanını, yani RNA, DNA ve proteinlerin etkileşimlerini keşfetmektedir. Bu araştırma, bu etkileşimlerin ve canlı organizmalardaki önemli önemlerinin daha derin bir anlayışını elde etmeyi amaçlamaktadır. Araştırma, bağlı bölgelerin kararlılığı, kovalent, hidrojen ve Van der Waals gibi çeşitli türdeki kimyasal bağların dahil olduğu ve Protein Veritabanı (PDB) ve Protein Ailesi veritabanı (Pfam) gibi veritabanlarının makromolekül kompleksleri hakkında kapsamlı sıralı ve yapısal bilgiler sağlama konusunda oynadığı hayati rol gibi birkaç temel yönü kapsamaktadır. Araştırma yöntemi, RNA ve protein çiftlerini bağlanma ve bağlanmama kategorilerine sınıflandırmayı içermekte olup, bileşim benzerlikleri, birincil yapı analizi ve işlevsel özellikler gibi çeşitli faktörleri dikkate almaktadır. Bu çalışma, temel bulgularının yanı sıra biyoinformatik alanındaki araştırmacılara değerli katkılar sunmaktadır. Araştırmacılara, makromoleküller arasındaki karmaşık ilişkileri inceleme ve analiz etme konusunda gelişmiş yetenekler sunan çevrimiçi araçlar setini tanıtmaktadır. Bu araçlar, verilerin derinlemesine keşfi ve analizi için tasarlanmış olup, araştırmacılara moleküler etkileşimlerin incelenen verileri üzerinde değerli görüşler kazanmalarına yardımcı olmayı amaçlamaktadır. Ayrıca, bu araştırmanın bir parçası olarak oluşturulan kapsamlı grafik, güçlü bir kaynak olarak hizmet vermektedir. Bu grafik, sadece makromoleküler etkileşimlerin karmaşık ağını görsel olarak sunmakla kalmaz, aynı zamanda özelleştirilmiş veri kümesi oluşturma olanağı sağlar. Bu veri setleri, biyoinformatik topluluğundaki araştırmacıların belirli araştırma ihtiyaçlarına ve hedeflerine uygun olarak hem pozitif hem de negatif etkileşimleri içerebilir. Bu esneklik ve uyum, bu çalışmada geliştirilen kaynakların ve yöntemlerin, makromoleküler etkileşimlerin anlayışımızı geliştirmek ve çeşitli biyolojik süreçlerdeki etkilerini anlamak için değerli varlıklar olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
This thesis explores the intricate realm of molecular interactions among essential biological macromolecules, namely RNA, DNA, and proteins. This research aims to gain a deeper understanding of these interactions and their vital significance in living organisms. The investigation encompasses several key aspects, including the stability of bound regions, the diverse types of chemical bonds involved (covalent, hydrogen, and Van der Waals), and the pivotal role played by databases such as the Protein Data Bank (PDB) and the Protein Family database (Pfam) in providing comprehensive sequential and structural information about macromolecule complexes. The research methodology entails the classification of RNA and protein pairs into binding and non-binding categories, considering various factors such as compositional similarities, primary structure analysis, and functional attributes. In addition to its primary findings, this study also offers valuable contributions to the field of bioinformatics. It introduces a set of online tools that provide researchers with enhanced capabilities for investigating the intricate relationships between macromolecules. These tools are designed to facilitate in-depth exploration and analysis of the data generated in this study, enabling researchers to gain valuable insights into the molecular interactions under study. Furthermore, the comprehensive graph constructed as part of this research serves as a powerful resource. It not only provides a visual representation of the complex web of macromolecular interactions but also allows for the generation of customized datasets. These datasets can include both positive and negative interactions, tailored to the specific research needs and objectives of investigators in the bioinformatics community. This flexibility and adaptability make the resources and methodologies developed in this study valuable assets for advancing our understanding of macromolecular interactions and their implications in various biological processes.
Benzer Tezler
- Molecular and functional investigation of disease-associated cytoskeletal proteins protrudin and MYO1H
Hastalık ilişkili sitoskeletal proteinler protrudin ve MYO1H'nin moleküler ve fonksiyonel araştırılması
ECE SELÇUK ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2024
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Exploring the conformational transition between closed and open states of the sars-CoV-2 spike glycoprotein using molecular dynamics simulations
Sars-CoV-2 spike glikoproteininin kapalı ve açık halleri arasındaki konformasyonel geçişin moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması
CEREN KILINÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERT GÜR
- Yeni schıff bazlarının sentezi, karakterizasyonu, teorik hesaplamaları, antimikrobiyal aktivitelerinin ın vıtro ve ın sılıko olarak incelenmesi
Synthesis, characterization, theoretical calculations of new schiff bases, investigation of their antimicrobial activities in vitro and in silico
ARZU BODUR
- Melittin, a major component of bee venom: Determination by capillary electrophoretic methods
Kapiler elektroforetik yöntemlerle arı zehrindeki major bileşen melittinin analizi
MELDA AKAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA BEDİA BERKER
- Structural and thermodynamic analyses of peptide-based nanomaterials via molecular dynamics simulations
Peptit bazlı nanomalzemelerin moleküler dinamik simulasyonlar aracılığı ile yapısal ve termodinamik özelliklerinin analizi
ÖZGE ŞENSOY
Doktora
İngilizce
2011
BiyofizikKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHMET SAYAR
