Determining viral detection efficiency of CRİSPR-Cas12a enzymes
CRISPR-Cas12a enzimlerinin kullanılarak viral tespit veriminin belirlenmesi
- Tez No: 839795
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜLEYMAN ÜÇÜNCÜOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Kadın Hastalıkları ve Doğum, Biyoteknoloji, Molecular Medicine, Obstetrics and Gynecology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: CRISPR, Enzimler, Genler, Papillom, Papillomavirüsler, Uterin servikal hastalıklar, Uterin servikal neoplazmlar, CRISPR, Enzymes, Genes, Papilloma, Papillomaviridae, Uterine cervical diseases, Uterine cervical neoplasms
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Medipol Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Moleküler Tıp Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnsan papilloma virüsü, yaygın olarak cinsel yolla bulaşan bir virüstür. Ciltte yer alan epitel hücreler, oral ve genital mukoza bu virüs tarafından enfekte edebilir. HPV'ye ait tip 16 ve tip 18, rahim ağzı kanserinde önemli ajanlardır ve çoğu vakadan sorumludur. 2020 yılında Türkiye'de 2,532 adet hastaya rahim ağzı kanseri tanısı konmuştur. Rahim ağzı kanseri, enfekte ettiği dokuda yavaş ilerlediği için önlenebilir veya tedavi edilebilir bir kanser türüdür. Kullanılan tespit yöntemleri ve periyodik olarak yapılan testler çok önemlidir. Piyasada, insan papilloma virüsünü tespit etmek için kullanılan tekniklerde genellikle korunmuş kısa DNA dizileri ile L1 bölgesine ait nükleik asitler çoğaltılmaktadır. Bir diğer yöntem ise rahim ağzından alınan hücre örneklerinin boyanarak mikroskop altında incelendiği Pap-smear testidir. Tanı amaçlı kullanılan bu tekniklerin gerektirdiği maliyet ve analiz sonuçlarının uzun sürmesi gibi nedenlere bağlı olarak, CRISPR temelli yenilikçi tekniklerin kullanılması düşük maliyetli, hızlı ve yüksek doğrulukta tanı konulmasını sağlayacaktır. CRISPR-Cas, bakteri ve arkeleri çeşitli istilacılardan koruyan sonradan kazanılmış bir bağışıklık sistemidir. CRISPR-Cas12a, kılavuz RNA rehberliği ile tamamlayıcı DNA dizisine bağlanarak endonükleaz aktivitesi göstermektedir. Bu çalışmada, HPV-16 ve HPV-18 tiplerine sahip olan hastaların örnekleri kullanılmıştır. Viral DNA'ların L1 bölgesinde her iki tip için hedef diziler belirlenmiştir. Hedef dizilere özgü üretilen kılavuz RNA'lar, LbCas12a ve AsCas12a enzimleri ile hedeflenmiştir. Sonuç olarak, iki kılavuz RNA HPV-16 ve HPV-18'i tespit etmiştir.
Özet (Çeviri)
Human papillomavirus (HPV) is a virus that widely transmitted through sexual activity. It can infect oral, genital, and epithelial cells of the skin. HPV-16 and HPV-18 are significant agents in cervical cancer and responsible in many cases. In 2020, there were 2.532 patients diagnosed with cervical cancer in Turkey. Cervical cancer can be prevented or treated due to the slow progression of the infected tissue. Detection methods and screening tests that performed regularly are important. Commercial techniques used to detect human papillomavirus generally amplify the nucleic acids of the L1 region using the consensus short DNA sequences. Another method is the Pap smear test, in which cell samples taken from the cervix are stained and imaged under a microscope. The utilization of novel CRISPR-based approaches holds promise for cost-effective, rapid, and high-accuracy test results. CRISPR-Cas is an adaptive immune system that protects bacteria and archaea from invaders. CRISPR-Cas12a shows endonuclease activity by linking to the complementary sequence of DNA with guided RNA. In this study, HPV-16 and HPV-18 patients' sample were used to target sequences were determined for both types in the L1 region of viral DNA. The guide RNA molecules were produced specifically for the target sites and were targeted with LbCas12a and AsCas12a enzymes. As a result, two crRNAs detected successfully HPV-16 and HPV-18 types.
Benzer Tezler
- Navıgatıonal route optımızatıon of actıve sonar platforms ın a multıstatıc sonar network
Çoklu alicili vericili sonar sistemlerinde hareketli araçlarin rota optimizasyonu
MEHMET GÖKHAN METİN
Doktora
İngilizce
2026
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiMarmara ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEROL BULKAN
DOÇ. DR. MÜMTAZ KARATAŞ
- Field testing and model updating of typical RC buildings for damage identification
Tipik betonarme yapılarda hasar tespiti üzerine saha deneyleri ve model güncellemesi
PINAR İNCİ KOÇAK
Doktora
İngilizce
2017
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPER İLKİ
PROF. DR. F. NECATİ ÇATBAŞ
- Sıvıların tespiti için mikrodalga sensör tasarımı
Microwave sensor design for liquids detection
MUSTAFA YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiElektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MAHMUT AHMET GÖZEL
- Rüzgar türbinlerinde kestirimci bakım stratejisi için arıza modları ve etkilerinin analizi
Analysis of failure modes and effects for predictive maintenance strategy in wind turbines
MERT ÖZHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Enerjiİstanbul Teknik ÜniversitesiEnerji Bilimi ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖNDER GÜLER
- Yapay zeka ile meme kanseri teşhisi
Breast cancer diagnosis with artificial intelligence
İLKER ÇAKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSakarya ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMED KÜRŞAD UÇAR