Geri Dön

Microsatellite Marker Development, Characterization, and Mapping and Investigation of New Sources of Resistance to Eastern Filbert Blight (EFB) in European Hazelnut (Corylus avellana)

Avrupa fındığı (Corylus avellana L.) için SSR markır geliştirilmesi,karakterizasyonu ve bağlantı haritalamasının yapılması, ve Doğu fındık yanıklığına dirençli yeni çeşitlerin incelenmesi

  1. Tez No: 846826
  2. Yazar: MERVE ŞEKERLİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SHAWN MEHLENBACHER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Genetik, Biyoteknoloji, Agriculture, Genetics, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Oregon State Unıversıty
  10. Enstitü: Yurtdışı Enstitü
  11. Ana Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Avrupa fındığı (Corylus avellana L.) ABD'nin Oregon eyaleti için ekonomik açıdan önemli bir fındık türüdür. Bu bölgedeki fındık üretimi Anisogramma anomala'nın neden olduğu Doğu fındık yanıklığı (EFB) nedeniyle büyük bir tehlike altındadır. Bu tez çalışmasında, 'Jefferson' çeşidi Pacific Biosciences (PacBio) dizileme tekniği kullanılarak dizilendi ve in silico tekniği kullanılarak bağlantı grubu 2 (LG2) ve bağlantı grubu 7 (LG7) üzerindeki EFB direnç bölgeleri için basit dizi tekrarı (SSR) işaretleyicileri geliştirilmiştir. 50 fındık aksesyonu kullanılarak geliştirilen 45 polimorfik primer karakterize edilmiştir. Genetik bağlantı haritalarının oluşturulmasında referans populasyon olan OSU 252.146 x OSU 414.062 kullanılmış 42 SSR primerinden 21 markör bağlantı grubu 2 (LG2) ve 9 markör bağlantı grubu 7'ye (LG7) haritalanmıştır. Bu çalışmanın ikinci aşamasında, Michigan (ABD), Kırım, Soçhi (Rusya) ve Holmski (Rusya)'dan getirilen ve Doğu fındık yanıklığına dirençli 9 aksesyon incelenmiştir. Bu hastalığa dirençli aksesyonlar hastalığa yatkın çeşitlerle çaprazlanmış ve fidelere sahada inokülasyon yötemiyle hastalık bulaştırılmıştır. Bu fidelerden elde edilen DNA'lar daha önce geliştirilmiş LG2 ve LG7 markörleri ile amplifiye edilmiştir. Hastalıklı dallarla inöküle edilen fidelerin 18 ay sonra hastalık skorları kaydedilmiştir. Markörlerin hastalık skorları ile olan korelasyonu kullanılarak bu 9 aksesyonun dominant hastalığa dirençlilik genleri bağlantı grubu 6, 2 ve 7 ye haritalanmştır. Bu çalışma fındıkta markör yardımlı seçim için moleküler bilgi sağlamaktadır ve Doğu fındık yanıklığına dirençli çeşitlerin bir arada kullanılarak bu hastalığa daha uzun süreli bir çözüm sunmaktadır.

Özet (Çeviri)

European Hazelnut (Corylus avellana L.) is an important crop in the Pacific Northwest where around 5% of the world's hazelnuts are produced. Hazelnut production in the Pacific Northwest is threatened by eastern filbert blight (EFB) caused by the pyrenomycete Anisogramma anomala. Host resistance is a useful strategy to control disease, and the first EFB resistance was identified in 'Gasaway' which transmits a dominant allele at a single locus. In the OSU hazelnut breeding program, 'Gasaway' has been widely used as a source of resistance. However, there is a concern about the durability of this single resistance gene since the pathogen may overcome it. Therefore, identification and investigation of novel sources of EFB resistance are crucial for the hazelnut industry in Oregon. Microsatellite markers, also known as simple sequence repeat (SSR) markers, have been widely employed in hazelnut genetics studies and breeding. Microsatellites have been identified using different techniques. This study used an in silico approach to mine polymorphic SSRs from the 'Jefferson' Pacific Biosciences (PacBio) (version 2) genome sequence in the EFB resistance regions on linkage groups 2 and 7 (LG2 and LG7). A total of 5,455 SSR motifs with at least eight repeats were identified in the 17 contigs predicted to be in the target regions on LG2 and LG7. Di-nucleotide repeats were most common (55%) and only they were pursued. After removal of duplicates, SSR-containing fragments were aligned with the Illumina genome sequences of seven C. avellana cultivars and inspected for polymorphism. Visual inspection identified 373 polymorphic SSR loci, and 96 primer pairs were designed. Primers were screened in 24 diverse hazelnut accessions and 45 showed polymorphism on agarose gels. A set of 48 hazelnut accessions plus the two parents of the reference mapping population (OSU 252.146 x OSU 414.062) were used for characterization of the new SSR markers. Of the 42 SSR loci that segregated in the mapping population, 21 were assigned to LG2 and 9 were assigned to LG 7. For the investigation of eastern filbert resistance, a total of nine accessions were investigated, including OSU 533.129 from Michigan (US), three Molnar selections (3-04-05, 3-7-11, 3-12-62) from Simferopol (Crimea), four Molnar selections (3-04-23, 3-04-28, 3-04-30 and 3-13-40) from Holmskij (Russia), and OSU 1166.123 from Sochi (Russia). Structure or field inoculation approaches were used for disease inoculation. A set of 46 seedlings from each resistance source were screened with previously developed SSR markers on LG6, LG2, and LG 7 and correlation coefficients of disease response and SSR markers were calculated. Segregation from five Molnar selections (3-04-23, 3-04-28, 3-04-30, 3-13-40, and 3- 12-62) fit the expected 1:1 ratio, indicating control by a single locus and a dominant allele for resistance. Molnar 3-04-05 and Farris OSU 533.129 showed an excess of resistant seedlings and fit a 3:1 ratio of resistant: susceptible. Progenies of Molnar 3- 07-11 and OSU 1166.123 had 63% resistant seedlings and did not fit either a 1:1 or 3:1 segregation ratio. Resistance from Farris OSU 533.129 and Molnar selections 3- 04-23, 3-04-28, 3-04-30, and 3-04-40 was assigned to LG6. Resistance from Molnar 3-12-62 and OSU 1166.123 was placed on LG7. Resistance from Molnar selections 3-04-05 and Molnar 3-07-11 was not correlated with marker allele scores for markers on LG6, LG2 or LG7.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    740699

    Ceviz (juglans regia l.) için mikrosatellit (ssr)primerlerin geliştirilmesi

    Development of microsatellite (ssr) markers inwalnut (j.regia l.)

    HAYAT TOPÇU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH KAFKAS

  2. Tez No

    732377

    Patlıcan (Solanum melongena L.) bitkisinde regülatör RNA'ların ve transpozon lokusların karakterizasyonu

    Characterization of regulatory RNAs and transposon loci in eggplant (Solanum melongena L.)

    DİLAY MALYEMEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ TEVFİK UNCU

  3. Tez No

    281497

    Türkiye'de bulunan bazı yerli sığır ırklarının genetik yapılarının karakterizasyonu

    Genetic characterization of some Turkish cattle breeds

    YUSUF ÖZŞENSOY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    GenetikSelçuk Üniversitesi

    Veterinerlik Zootekni Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ERCAN KURAR

  4. Tez No

    224873

    Türkiyedeki bazı kedi ırklarının genetik yapılarının mikrosatellitlerle incelenmesi

    Investigation of genetic structure of various cat breeds by using microsatellites in turkey

    TEKİN EROĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyokimyaSelçuk Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. VAHDETTİN ALTUNOK

  5. Tez No

    312110

    Genetic diversity of almonds (Prunus dulcis) of Datça

    Datça bademlerinin (Prunus dulcis) genetik çeşitliliği

    DAMLA KAPTAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEŞ'E BİLGİN

Geri Dön