Geri Dön

Mirna expression profiles in cockayne syndrome B-deficient fibroblasts in response to oxidative stress

Oksidatif strese yanıt olarak Cockayne Sendromu B eksikliği olan fibroblastlarda miRNA ekspresyon profilleri

  1. Tez No: 854212
  2. Yazar: İLAYDA DARILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MELTEM MÜFTÜOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 69

Özet

Cockayne sendromu (CS) nadir görülen otozomal resesif bir hastalıktır. CS, kaşektik cücelik, erken yaşlanma, ışığa duyarlılık, işitme kaybı ve nörolojik fonksiyon bozukluğu ile karakterize bir hastalıktır. CS vakalarının %80'ine CSB genindeki mutasyonlar neden olur. CSB, transkripsiyona kenetlenmiş nükleotid eksizyon onarımı, baz eksizyon onarımı, kromatinin tekrar modellenmesinde ve transkripsiyonda görev alır. MiRNA'lar, genleri transkripsiyon sonrası düzenleyen küçük, kodlamayan RNA'lardır. Bu yüksek lisans tez çalışmasında, menadion kaynaklı oksidatif stres öncesi ve sonrasında CSB eksikliği olan primer fibroblastlarda miRNA'ların normal primer fibroblastlara kıyasla diferansiyel ekspresyonu belirlendi. MiR-379-5p'nin, CSB yeterliliği olan kontrol fibroblast hücrelerine kıyasla menadion tedavisi olan ve olmayan CSB eksikliği olan fibroblast hücrelerinde farklı şekilde eksprese edildiğini gösterdik. MiR-379-5p'nin miR-379-5p mimik transfeksiyonu yoluyla HeLa hücrelerine aşırı ekspresyonu, CSB ekspresyon seviyelerini 2.05 kat azalttı. Hesaplamalı analiz, miR-379-5p'nin CSB'nin 3UTR'sinde iki varsayılan bölgeyi hedeflediğini ve bu bağlanma bölgelerinin yüksek oranda korunmuş olarak bulunduğunu göstermektedir. Ancak ikili lusiferaz raportör tahlili, miR-379-5p'nin bu bölgelere bağlanmasının HeLa hücrelerindeki lusiferaz aktivitelerini baskılamadığını dolayısıyla CSB ekspresyonunu etkilemediğini gösterdi. Sonuç olarak, bu çalışma, miR-379-5p'nin CSB'nin doğrudan negatif düzenleyicisi olmayabileceğini öne sürüyor.

Özet (Çeviri)

Cockayne syndrome (CS) is a rare autosomal recessive disorder characterized by cachectic dwarfism, premature aging, photosensitivity, hearing loss, and neurological dysfunction. Eighty percent of CS cases are caused by mutations in the CSB gene. CSB participates in transcription-coupled nucleotide excision repair, base excision repair, chromatin remodeling, and transcription. MiRNAs are small non-coding RNAs that regulate the genes post-transcriptionally. In this MSc thesis study, we identified the differential expression of miRNAs in CSB-deficient primary fibroblasts compared to normal primary fibroblasts before and after menadione-induced oxidative stress. We showed that miR-379-5p was differentially expressed in the CSB-deficient fibroblast cells with and without menadione treatment compared to CSB-proficient control fibroblast cells. Overexpression of miR-379-5p into HeLa cells via miR-379-5p mimic transfection, reduced the CSB expression levels by 2.05-fold. Computational analysis suggests that miR-379-5p targets two putative sites on the 3UTR of CSB, and these binding sites were found as highly conserved. However, the dual luciferase reporter assay showed that binding of miR-379-5p to these sites did not suppress the luciferase activities in HeLa cells, thus not affecting the CSB expression. In conclusion, this study suggests that miR-379-5p may not be a direct negative regulator of CSB.

Benzer Tezler

  1. Multipl skleroz'lu hastalarda plazma miRNA ekspresyon profillerinin araştırılması

    Investigation of plasma miRNA expression profiles in patients with multipl sclerosis

    SEZEN SEZEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Eczacılık ve FarmakolojiMersin Üniversitesi

    Farmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EBRU DERİCİ EKER

  2. Epilepsi'li hastalarda plazma miRNA ekspresyon profillerinin araştırılması

    Investigation of plasma mirna expression profiles in patients with epilepsy

    RECEP KORKULU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Eczacılık ve FarmakolojiMersin Üniversitesi

    Farmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EBRU DERİCİ EKER

  3. Over kanserinde miRNA analizi ile moleküler tanı ve izleme

    Molecular diagnosis and surveillance in ovarian cancer by miRNA analysis

    ECE GÜMÜŞOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. TUBA GÜNEL

  4. Sağlıklı ve pyometralı köpeklerde uterus dokusunda miR-155, miR-451'in ifadelenme düzeylerinin belirlenmesi

    Determination of expression levels of miR-155, miR-451 in uterus tissue of healthy dogs and those with pyometra

    İSMAİL BERGUTAY KALAYCILAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Genetikİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Veteriner Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASRET YARDİBİ

  5. Behçet sendromunda miRNOM ve transkriptom profillerinin entegrasyonu

    Integration of miRNOM and transcriptome profiles in Behcet's syndrome

    SEDA TAŞIR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CUMHUR ÇÖKMÜŞ

    PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ