Mirna expression profiles in cockayne syndrome B-deficient fibroblasts in response to oxidative stress
Oksidatif strese yanıt olarak Cockayne Sendromu B eksikliği olan fibroblastlarda miRNA ekspresyon profilleri
- Tez No: 854212
- Danışmanlar: PROF. DR. MELTEM MÜFTÜOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Cockayne sendromu (CS) nadir görülen otozomal resesif bir hastalıktır. CS, kaşektik cücelik, erken yaşlanma, ışığa duyarlılık, işitme kaybı ve nörolojik fonksiyon bozukluğu ile karakterize bir hastalıktır. CS vakalarının %80'ine CSB genindeki mutasyonlar neden olur. CSB, transkripsiyona kenetlenmiş nükleotid eksizyon onarımı, baz eksizyon onarımı, kromatinin tekrar modellenmesinde ve transkripsiyonda görev alır. MiRNA'lar, genleri transkripsiyon sonrası düzenleyen küçük, kodlamayan RNA'lardır. Bu yüksek lisans tez çalışmasında, menadion kaynaklı oksidatif stres öncesi ve sonrasında CSB eksikliği olan primer fibroblastlarda miRNA'ların normal primer fibroblastlara kıyasla diferansiyel ekspresyonu belirlendi. MiR-379-5p'nin, CSB yeterliliği olan kontrol fibroblast hücrelerine kıyasla menadion tedavisi olan ve olmayan CSB eksikliği olan fibroblast hücrelerinde farklı şekilde eksprese edildiğini gösterdik. MiR-379-5p'nin miR-379-5p mimik transfeksiyonu yoluyla HeLa hücrelerine aşırı ekspresyonu, CSB ekspresyon seviyelerini 2.05 kat azalttı. Hesaplamalı analiz, miR-379-5p'nin CSB'nin 3UTR'sinde iki varsayılan bölgeyi hedeflediğini ve bu bağlanma bölgelerinin yüksek oranda korunmuş olarak bulunduğunu göstermektedir. Ancak ikili lusiferaz raportör tahlili, miR-379-5p'nin bu bölgelere bağlanmasının HeLa hücrelerindeki lusiferaz aktivitelerini baskılamadığını dolayısıyla CSB ekspresyonunu etkilemediğini gösterdi. Sonuç olarak, bu çalışma, miR-379-5p'nin CSB'nin doğrudan negatif düzenleyicisi olmayabileceğini öne sürüyor.
Özet (Çeviri)
Cockayne syndrome (CS) is a rare autosomal recessive disorder characterized by cachectic dwarfism, premature aging, photosensitivity, hearing loss, and neurological dysfunction. Eighty percent of CS cases are caused by mutations in the CSB gene. CSB participates in transcription-coupled nucleotide excision repair, base excision repair, chromatin remodeling, and transcription. MiRNAs are small non-coding RNAs that regulate the genes post-transcriptionally. In this MSc thesis study, we identified the differential expression of miRNAs in CSB-deficient primary fibroblasts compared to normal primary fibroblasts before and after menadione-induced oxidative stress. We showed that miR-379-5p was differentially expressed in the CSB-deficient fibroblast cells with and without menadione treatment compared to CSB-proficient control fibroblast cells. Overexpression of miR-379-5p into HeLa cells via miR-379-5p mimic transfection, reduced the CSB expression levels by 2.05-fold. Computational analysis suggests that miR-379-5p targets two putative sites on the 3UTR of CSB, and these binding sites were found as highly conserved. However, the dual luciferase reporter assay showed that binding of miR-379-5p to these sites did not suppress the luciferase activities in HeLa cells, thus not affecting the CSB expression. In conclusion, this study suggests that miR-379-5p may not be a direct negative regulator of CSB.
Benzer Tezler
- Multipl skleroz'lu hastalarda plazma miRNA ekspresyon profillerinin araştırılması
Investigation of plasma miRNA expression profiles in patients with multipl sclerosis
SEZEN SEZEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU DERİCİ EKER
- Epilepsi'li hastalarda plazma miRNA ekspresyon profillerinin araştırılması
Investigation of plasma mirna expression profiles in patients with epilepsy
RECEP KORKULU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU DERİCİ EKER
- Over kanserinde miRNA analizi ile moleküler tanı ve izleme
Molecular diagnosis and surveillance in ovarian cancer by miRNA analysis
ECE GÜMÜŞOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. TUBA GÜNEL
- Sağlıklı ve pyometralı köpeklerde uterus dokusunda miR-155, miR-451'in ifadelenme düzeylerinin belirlenmesi
Determination of expression levels of miR-155, miR-451 in uterus tissue of healthy dogs and those with pyometra
İSMAİL BERGUTAY KALAYCILAR
Doktora
Türkçe
2024
Genetikİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaVeteriner Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASRET YARDİBİ
- Behçet sendromunda miRNOM ve transkriptom profillerinin entegrasyonu
Integration of miRNOM and transcriptome profiles in Behcet's syndrome
SEDA TAŞIR
Doktora
Türkçe
2022
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CUMHUR ÇÖKMÜŞ
PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ