Investigation of genetic diversity of clinical enterococcus species in uti patients by using random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis in Iraq
Irak'ta idrar yolu enfeksiyonu hastalarında klinik enterokok türlerinin genetik çeşitliliğinin rastgele çıkartılmış polimorfik DNA (RAPD) analizi ile incelenmesi
- Tez No: 854790
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ REMZİ ORKUN AKGÜN, DR. ÖĞR. ÜYESİ HIND ISAM ABDULLAH ALMASHTAA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Enterococcus cinsi bakterilerin son yıllarda önemli nozokomiyal patojenler olarak ortaya çıkması, bu mikroorganizmaların neden olduğu enfeksiyonların patogenezinde rol oynayan faktörlerin araştırılması ihtiyacını ortaya çıkarmıştır. Bu çalışmanın amacı, Irak'ın Salahaldeen kentindeki hastanelerde yüksek oranda görülen Enterococcus cinsi bakterilerin varlığını, virülans özelliklerini ve genetik çeşitliliğini belirlemektir. Dolayısıyla bu tez çalışması çerçevesinde en yüksek oranda E. faecalis türü tespit edilmiş, bunu E. faecium, E. avium ve E. gallinarum türleri izlemiştir. En sık izole edilen klinik kaynaklar idrar yolu enfeksiyonları (İYE), gastrointestinal sistem (GİS) ve kan örnekleridir. İYE ve hastanede kolonize izolatlardan E. faecium ve E. gallinorum olarak tanımlanan tüm izolatlar antibiyotiklere dirençliyken, E. avium izolatları vankomisine dirençli olarak tespit edilmiştir. En yüksek direnç oranları eritromisin, kinupristin/dalfopristin, tetrasiklin, norfloksasin, siprofloksasin, levofloksasin ve vankomisinde belirlenmiştir. Ayrıca, çalışma örneklerinin 83'ü (%78,3) çoklu ilaca dirençli olarak sınıflandırılmıştır. E. faecalis örnekleri arasında en yaygın virülans genetik belirleyicisi gelE iken, bunu asa1, cylA ve esp genleri takip etmiştir. E. faecium örnekleri arasında esp geninin sıklığı daha yüksek olup bunu hyl geni izlemiştir. Çalışma örnekleri arasında üç klonal grup baskın bulunmuştur; bunlardan biri vankomisin ve yüksek düzeyde aminoglikozidlere dirençli örneklerin çoğunluğu ile tanımlanan ve asa1, cylA ve gelE genlerinin oluşturduğu virülans genetik profilini taşıyan E. faecalis; diğer ikisi ise çoğunlukla vankomisine dirençli olan ve virülans genetik belirteçlerini, özellikle de hyl'i taşıyan E. faecium örneklerini içermektedir. Buna ek olarak, vankomisine dirençli ve esp virülans genini taşıyan tek bir E. avium örneğinin varlığı dikkat çekicidir. Ayrıca hastaların gastrointestinal sisteminin (GİS) kolonizasyonundan iki vankomisin dirençli E. gallinarum klonu izole edilmiştir ki, bu da çok sık karşılaşılan bir durum değildir. Yüksek çoklu ilaç direnci oranlarının çoğunluğu yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardan izole edilmiştir. Bu çalışma, hastanelerde Enterococcus enfeksiyonları, özellikle de çoklu ilaç direnci ve vankomisin direnci konusunda artan endişeleri vurgulamaktadır. Dirençli bakterilerin yayılmasını önlemek için sürveyans ve enfeksiyon kontrol önlemleri şarttır. Tedavisi zor olan bu enfeksiyonlarla mücadele etmek için alternatif tedavi stratejileri ve antibiyotiklerin geliştirilmesi önem arz etmektedir
Özet (Çeviri)
The emergence of Enterococcus bacteria as important nosocomial pathogens in recent years has led to the need to investigate the factors involved in the pathogenesis of infections caused by these microorganisms. The aim of this study was to determine the presence, virulence characteristics and genetic diversity of Enterococcus genus bacteria, which are highly prevalent in hospitals in Salahaldeen, Iraq. Therefore, within the framework of this thesis study, the highest rate of E. faecalis species was detected, followed by E. faecium, E. avium and E. gallinarum species. The most frequently isolated clinical sources were urinary tract infections (UTI), gastrointestinal tract (GIT) and blood samples. All isolates identified as E. faecium and E. gallinorum from UTI and hospital colonised isolates were resistant to antibiotics, while E. avium isolates were resistant to vancomycin. The highest resistance rates were found in erythromycin, quinupristin/dalfopristin, tetracycline, norfloxacin, ciprofloxacin, levofloxacin and vancomycin. In addition, 83 (78.3%) of the study samples were classified as multidrug resistant. The most common virulence genetic determinant among E. faecalis samples was gelE, followed by asa1, cylA and esp genes. The frequency of esp gene was higher among E. faecium samples, followed by hyl gene. Three clonal groups were predominant among the study samples, one of which was E. faecalis, defined by the majority of samples resistant to vancomycin and high-level aminoglycosides and carrying the virulence genetic profile formed by the asa1, cylA and gelE genes; the other two included E. faecium samples, which were mostly resistant to vancomycin and carrying virulence genetic markers, especially hyl. In addition, the presence of a single sample of E. avium resistant to vancomycin and carrying the esp virulence gene is noteworthy. In addition, two clones of vancomycin-resistant E. gallinarum were isolated from colonisation of the gastrointestinal tract (GIT) of patients, which is not a common occurrence. Most of the high multidrug resistance rates were isolated from patients hospitalised in intensive care units. This study highlights the growing concern about Enterococcus infections in hospitals, particularly multidrug resistance and vancomycin resistance. Surveillance and infection control measures are essential to prevent the spread of resistant bacteria. Alternative treatment strategies and antibiotics need to be developed to combat these difficult-to-treat infections.
Benzer Tezler
- Çeşitli escherichia coli suşlarının pulsed field jel elektroforez yöntemi ile tiplendirilmesi, plazmit profilleri ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması
Typing of various escherichia coli strains by pulsed field gel electrophoresis method, investigation of their plazmid profiles and antibiotic susceptibilities
AHMET UYSAL
Doktora
Türkçe
2012
BiyolojiSelçuk ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UĞUR ARSLAN
PROF. DR. YUSUF DURAK
- AAA hastalarının klinik laboratuar ve genetik özelliklerin incelenmesi, genetik mutasyonlar ile klinik ve laboratuar özelliklerinin ilişkisinin incelenmesi
Investigation of clinical laboratory and genetic features of AAA patients, investigation of the relationship between genetic mutations and clinical and laboratory features
İBRAHİM DİKMEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSelçuk ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRÜ ARSLAN
- Irak, Al-Muthanna eyaletinde Hepatit B virüsünün moleküler ve immünolojik araştırılması
Molecular and immunological investigation of Hepatitis B virus in Al-Muthanna province, Iraq
MUDHAFAR SAUD DAKHIL ALSHAHER
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞEGÜL OĞLAKÇI İLHAN
- GBA1 (Glukozilseramidaz beta 1) geni varyantlarının parkinson hastalığı ile ilişkisinin retrospektif araştırması
Retrospective investigation of the relationship between GBA1 (Glucosylseramidase beta) gene variants and parkinson's disease
HİLAL YÜCEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYFER ÜLGENALP
- Tek merkez deneyimiyle ailesel hiperkolesterolemi ile ilişkili genlerin 'yeni kuşak DNA dizi analizi (next generatıon sequencıng – NGS)' yöntemi ile incelenmesi
Investigation of genes associated with familial hypercholesterolemia with single center experience by 'next generation sequencing – NGS' method
DEMET ÖZKAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYFER ÜLGENALP