Comparing environmental dna metabarcoding and underwater visual census in assessing fish biodiversity in a marine protected area: Kaş-Kekova MPA
Kaş-Kekova DEKA'da balık biyoçeşitliliğini değerlendırmede çevresel DNA metabarkodlama ve su altı görsel sayımın karşılaştırılması
- Tez No: 854940
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN, PROF. DR. ANDRZEJ FURMAN, DOÇ. DR. İSMAİL KUDRET SAĞLAM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Deniz Bilimleri, Biyoloji, Marine Science, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Antropolojik faaliyetlerin etkileri biyolojik çeşitlilik kaybına yol açan başlıca nedenlerden biridir. Deniz biyoçeşitliliği, özellikle de balıklar, en çok zararı, aşırı avlanma, kirlilik, habitat kaybı ve fragmantasyonu nedeniyle insan faaliyetlerinden görmektedir. Bu nedenle Deniz Koruma Alanları, deniz biyolojik çeşitliliğinin ve habitatının korunması ve muhafaza edilmesinde önemli bir rol oynamaktadır. Bununla birlikte, bu tür alanlardaki tür çeşitliliğinin biyoizlemesi genellikle maliyetli, invaziv olabilen, yüksek taksonomik uzmanlık gerektiren ve potansiyel olarak sübjektifliğe ve hataya açık olan geleneksel araştırmalara bağlıdır. Geleneksel araştırmalara alternatif olarak eDNA metabarkodlaması, biyolojik çeşitlilik noktalarındaki çeşitliliği değerlendirmek ve izlemek için kullanılabilir. Bu çalışmada, Antalya, Türkiye'de Kaş-Kekova deniz koruma alanından 16 istasyonda üç farklı örnekleme derinliğinden (yüzey, 12m ve 24m) 21 deniz suyu örneği toplandı. eDNA metabarkodlamasında COI ve 12S rRNA işaretleyicilerini hedef alan iki set evrensel primer kullanıldı. Bu çalışma, Kaş-Kekova DEKA'daki balık biyoçeşitliliğini eDNA metabarkodlama ile değerlendirmek ve bunu eş zamanlı sualtı görsel sayım (UVC) bulgularıyla karşılaştırmak ve eDNA metabarkodlamanın alanda kaydedilen balık biyoçeşitliliğini çapraz doğrulayıp doğrulamadığını ve geleneksel yöntemlerin tespit etmekte yetersiz kalabileceği istilacı veya yakalanması zor türlerin varlığını tespit etmeyi amaçlamıştır. Analiz sonuçları, iki yöntemin birbirini tamamladığını ve daha iyi örnekleme çalışmasıyla eDNA metabarkodlamanın kullanılmasının tür çeşitliliğinin değerlendirilmesi ve olası istilacı türlerin varlığının önceden habercisi olması açısından umut verici olabileceğini gösterdi.
Özet (Çeviri)
The impacts of anthropological activities are one of the major causes leading to biodiversity loss. Marine biodiversity, especially fish, suffers from human activities the most through overexploitation, pollution, and habitat loss and fragmentation; therefore, Marine Protected Areas play a significant role in protecting and conserving marine biodiversity and habitat. However, biomonitoring of species diversity in such areas is usually dependent on conventional surveys, which can be costly, invasive, require taxonomic expertise, and are potentially prone to subjectivity and error. As an alternative to traditional surveys, eDNA metabarcoding can be utilized to assess and monitor diversity in biodiversity spots. In this study, 21 seawater samples were collected in a marine protected area (Kaş-Kekova) in Antalya, Turkey, from three different sampling depths (surface, 12m, and 24m) in 16 stations. Two sets of universal primers targeting COI and 12S rRNA markers were used in the eDNA metabarcoding. This study aimed to assess the fish biodiversity in Kaş-Kekova MPA by eDNA metabarcoding and compare it with the simultaneous underwater visual census (UVC) findings and whether eDNA metabarcoding cross-validates the fish biodiversity recorded in the area and to detect the presence of any invasive or elusive species where the conventional methods might fall short of their detection. The results of the analyses demonstrated that the two methods were complementary to each other and with better sampling effort, utilizing eDNA metabarcoding could be promising in terms of species diversity assessment and forewarning the possible invasive species.
Benzer Tezler
- Yöresel asbest teması olan malign mezotelyomalı hastalarda tümör süpressör gen değişiklikleri
Tumor suppressor gene alterations in patients with malign mesothelioma due to environmental exposure to asbest in Turkey
ESRA TUĞ
Doktora
Türkçe
2003
Tıbbi BiyolojiFırat ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİT ELYAS
- Polikistik over sendromlu olgularda XRCC1, APE1 ve XPD DNA tamir genlerindeki polimorfizmlerin araştırılması
A study of polymorphisms in XRCC1, APE1 and XPD DNA repair genes in polycystic ovary syndrome patients
GONCA GÜLBAY
Doktora
Türkçe
2014
Genetikİnönü ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF YEŞİLADA
- Berrak hücreli renal karsinoma hastalarında e-kaderin (ECAD) ve ölüm aracılı protein kinaz (DAPK) genlerinde metilasyon araştırması
DNA methylation study of e-cadherin (ECAD) and death-associated protein kinase (DAPK)gene at clear cell renal carsinoma
AYTÜL KİTAPCI
- Arabidopsis thaliana epigenetik mutantlarında tuz stresinin DAN metilasyonu üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of salt stress on DNA methylation in Arabidopsis thaliana epigenetic mutants
YAĞMUR VECİDE YEŞİLDİREK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESLİHAN TURGUT KARA
- Microbiota analysis in dishwashers by using the next generation sequencing
Bulaşık makinalarındaki mikrobiotanın belirlenmesinde yeni nesil dna dizi analiz tekniğinin kullanılması
DUYGU KAVADARLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
PROF. DR. MELEK TÜTER