Mass spectrometric ıdentification and quantification of the glial brain tumor metabolome
Glial beyin tümör metabolomunun kütle spektrometri yöntemi kullanilarak tanimlanmasi ve ölçümü
- Tez No: 856284
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZGE CAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
İzositrat dehidrojenaz (IDH) mutasyonu, gliomanın prognozunu öngörmede önemli bir faktördür. Mutant IDH'li gliomalar, beyin dokusundaki 2-hidroksiglutarat (2HG) ve glutamin (Gln) gibi bazı metabolitlerin seviyelerinin değişmesine yol açar. Sıvı kromatografi-kütle spektrometrisi (LC-MS/MS) mutlak metabolit konsantrasyonlarını belirlemek için hassas bir in vitro tekniktir, bununla birlikte proton MR spektroskopisi (1H-MRS) bu metabolitlerin in vivo tespitine izin verir. Bu çalışma, gliomalardaki metabolik konsantrasyonlar arasındaki ilişkinin 1HMRS ve LC-MS/MS analizlerine dayalı olarak tanımlanmasını ayrıca IDH mutasyonlarını tanımlamayı amaçlar. Hasta kohortuna 178 adet glioma hastası (111 E/67 K,100 IDH-mut, 78 IDH-wt) dahil edilmiştir. Ameliyattan önce hastalar, 3T MR tarayıcı kullanılarak görüntülenmiştir. 1H-MRS, nokta çözümlemeli spektroskopi (PRESS) sekansı (TR/TE=2000/30ms) kullanılarak görüntüler elde edilmiş, on dokuz metabolitin miktarı LC Model yazılımı kullanılarak ölçülmüştür. Aynı hastalardan alınan biyopsi örneklerinde, kreatin (Cr), kolin (Cho), glutamat (Glu), gama-aminobütirik asit (GABA), N-asetil aspartat (NAA), miyo-inositol (mIns), Gln, 2HG ve laktat (Lac) gibi metabolitlerin mutlak konsantrasyonlarını belirlemek için LC-MS/MS analizleri yapılmıştır. LC-MS/MS ve 1H-MRS ile belirlenen metabolit konsantrasyonları arasındaki ilişki Spearman korelasyon katsayıları belirlenerek hesaplanmıştır. Sonuç olarak, LC-MS/MS analizinde IDH-mut gliomalarda GABA, Cr, 2HG, M-Ins ve NAA metabolitleri IDH-wt'a göre anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Ayrıca 2HG (p=0,036), Cr (p=0,009), mIns (p
Özet (Çeviri)
The mutation in isocitrate dehydrogenase (IDH) is an important factor in the prognosis of glioma. Gliomas with mutant IDH lead to altered levels of certain metabolites in the brain, such as 2-hydroxyglutarate (2HG) and glutamine (Gln). Liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) is a sensitive in vitro technique to determine absolute metabolite concentrations, while proton MR spectroscopy (1H-MRS) allows for the in vivo detection of these metabolites. This thesis aims to investigate the relationship between metabolic concentrations in gliomas. We determined these concentrations by employing 1H-MRS and LC-MS/MS to relate IDH. A total of 178 glioma patients were included in the patient cohort (111M/67F, 100 IDH-mut, 78 IDH-wt). Before surgery, these patients were scanned using a 3T MR scanner. 1H-MRS was acquired using a point-resolved spectroscopy (PRESS) sequence (TR/TE=2000/30ms), the quantification of nineteen metabolites was measured using LC model software. The biopsy specimens from the same patients were analyzed with LC-MS/MS to determine the quantities of creatine (Cr), choline (Cho), glutamate (Glu), gamma-aminobutyric acid (GABA), N-acetyl aspartate (NAA), myoinositol (mIns), Gln, 2HG, and lactate (Lac). The Spearman correlation coefficients were calculated between the metabolite concentrations from 1H-MRS and LC-MS/MS. Overall, the levels of GABA, Cr, 2HG, M-Ins, and NAA in IDH-mut gliomas were recorded to be higher than the ones in IDH-wt gliomas. Furthermore, 2HG (p=0.036), Cr (p=0.009), M-Ins (p
Benzer Tezler
- Proteomic approaches for the identification and quantification of clinically relevant biomarkers
Klinik önem taşıyan biyobelirteçlerin belirlenmesi ve miktar tayini için proteomik yaklaşımlar
MELTEM AŞICIOĞLU KÜÇÜK
Doktora
İngilizce
2024
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
- Achillea grandifolia friv. bitkisinin içerdiği flavonoidlerin saptanması ve antioksidan aktivitelerinin incelenmesi
Identification of flavonoid compounds and investigation of antioxidant activity of achillea grandifolia friv
DUYGU TAŞKIN
Doktora
Türkçe
2015
KimyaMarmara ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DİLEK BİLGİÇ ALKAYA
- Development of a method for the extraction of microplastics for their identification and quantification in soil
Mikroplastiklerin toprakta tanımlanması ve miktarının belirlenmesi için çıkarılmasına yönelik bir yöntemin geliştirilmesi
İREM ORUÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Jeoloji MühendisliğiMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEDRİ KURTULUŞ
DR. LAURENT LEMEE
- Polyphenol content and in vitro bioavailability of black carrot (Daucus carota) pomace and peel
Siyah havuç (Daucus carota) posa ve kabuğunun polifenol kapasitesinin ve in vitro biyoyararlılığının incelenmesi
FATMA DAMLA BİLEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA ÇAPANOĞLU GÜVEN
- Investigation of dicofol and endosulfan pesticide levels in Tahtalı dam water or drinking water
Tahtalı baraj suyunda yada içme sularında dicofol ve endosulfan pestesit seviyelerinin tayin edilmesi
YELİZ SAZOVA
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
PROF.DR. TAMERKAN ÖZGEN