Geri Dön

Mass spectrometric ıdentification and quantification of the glial brain tumor metabolome

Glial beyin tümör metabolomunun kütle spektrometri yöntemi kullanilarak tanimlanmasi ve ölçümü

  1. Tez No: 856284
  2. Yazar: CANSU AKIN LEVİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ÖZGE CAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 88

Özet

İzositrat dehidrojenaz (IDH) mutasyonu, gliomanın prognozunu öngörmede önemli bir faktördür. Mutant IDH'li gliomalar, beyin dokusundaki 2-hidroksiglutarat (2HG) ve glutamin (Gln) gibi bazı metabolitlerin seviyelerinin değişmesine yol açar. Sıvı kromatografi-kütle spektrometrisi (LC-MS/MS) mutlak metabolit konsantrasyonlarını belirlemek için hassas bir in vitro tekniktir, bununla birlikte proton MR spektroskopisi (1H-MRS) bu metabolitlerin in vivo tespitine izin verir. Bu çalışma, gliomalardaki metabolik konsantrasyonlar arasındaki ilişkinin 1HMRS ve LC-MS/MS analizlerine dayalı olarak tanımlanmasını ayrıca IDH mutasyonlarını tanımlamayı amaçlar. Hasta kohortuna 178 adet glioma hastası (111 E/67 K,100 IDH-mut, 78 IDH-wt) dahil edilmiştir. Ameliyattan önce hastalar, 3T MR tarayıcı kullanılarak görüntülenmiştir. 1H-MRS, nokta çözümlemeli spektroskopi (PRESS) sekansı (TR/TE=2000/30ms) kullanılarak görüntüler elde edilmiş, on dokuz metabolitin miktarı LC Model yazılımı kullanılarak ölçülmüştür. Aynı hastalardan alınan biyopsi örneklerinde, kreatin (Cr), kolin (Cho), glutamat (Glu), gama-aminobütirik asit (GABA), N-asetil aspartat (NAA), miyo-inositol (mIns), Gln, 2HG ve laktat (Lac) gibi metabolitlerin mutlak konsantrasyonlarını belirlemek için LC-MS/MS analizleri yapılmıştır. LC-MS/MS ve 1H-MRS ile belirlenen metabolit konsantrasyonları arasındaki ilişki Spearman korelasyon katsayıları belirlenerek hesaplanmıştır. Sonuç olarak, LC-MS/MS analizinde IDH-mut gliomalarda GABA, Cr, 2HG, M-Ins ve NAA metabolitleri IDH-wt'a göre anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Ayrıca 2HG (p=0,036), Cr (p=0,009), mIns (p

Özet (Çeviri)

The mutation in isocitrate dehydrogenase (IDH) is an important factor in the prognosis of glioma. Gliomas with mutant IDH lead to altered levels of certain metabolites in the brain, such as 2-hydroxyglutarate (2HG) and glutamine (Gln). Liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) is a sensitive in vitro technique to determine absolute metabolite concentrations, while proton MR spectroscopy (1H-MRS) allows for the in vivo detection of these metabolites. This thesis aims to investigate the relationship between metabolic concentrations in gliomas. We determined these concentrations by employing 1H-MRS and LC-MS/MS to relate IDH. A total of 178 glioma patients were included in the patient cohort (111M/67F, 100 IDH-mut, 78 IDH-wt). Before surgery, these patients were scanned using a 3T MR scanner. 1H-MRS was acquired using a point-resolved spectroscopy (PRESS) sequence (TR/TE=2000/30ms), the quantification of nineteen metabolites was measured using LC model software. The biopsy specimens from the same patients were analyzed with LC-MS/MS to determine the quantities of creatine (Cr), choline (Cho), glutamate (Glu), gamma-aminobutyric acid (GABA), N-acetyl aspartate (NAA), myoinositol (mIns), Gln, 2HG, and lactate (Lac). The Spearman correlation coefficients were calculated between the metabolite concentrations from 1H-MRS and LC-MS/MS. Overall, the levels of GABA, Cr, 2HG, M-Ins, and NAA in IDH-mut gliomas were recorded to be higher than the ones in IDH-wt gliomas. Furthermore, 2HG (p=0.036), Cr (p=0.009), M-Ins (p

Benzer Tezler

  1. Proteomic approaches for the identification and quantification of clinically relevant biomarkers

    Klinik önem taşıyan biyobelirteçlerin belirlenmesi ve miktar tayini için proteomik yaklaşımlar

    MELTEM AŞICIOĞLU KÜÇÜK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

    DR. MERVE ÖZTUĞ KILINÇ

  2. Achillea grandifolia friv. bitkisinin içerdiği flavonoidlerin saptanması ve antioksidan aktivitelerinin incelenmesi

    Identification of flavonoid compounds and investigation of antioxidant activity of achillea grandifolia friv

    DUYGU TAŞKIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    KimyaMarmara Üniversitesi

    Analitik Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. DİLEK BİLGİÇ ALKAYA

  3. Development of a method for the extraction of microplastics for their identification and quantification in soil

    Mikroplastiklerin toprakta tanımlanması ve miktarının belirlenmesi için çıkarılmasına yönelik bir yöntemin geliştirilmesi

    İREM ORUÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Jeoloji MühendisliğiMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BEDRİ KURTULUŞ

    DR. LAURENT LEMEE

  4. Polyphenol content and in vitro bioavailability of black carrot (Daucus carota) pomace and peel

    Siyah havuç (Daucus carota) posa ve kabuğunun polifenol kapasitesinin ve in vitro biyoyararlılığının incelenmesi

    FATMA DAMLA BİLEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA ÇAPANOĞLU GÜVEN

  5. Investigation of dicofol and endosulfan pesticide levels in Tahtalı dam water or drinking water

    Tahtalı baraj suyunda yada içme sularında dicofol ve endosulfan pestesit seviyelerinin tayin edilmesi

    YELİZ SAZOVA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. TAMERKAN ÖZGEN