SWATH-MS Based Phophoproteomics
SWATH-MS Tabanlı Fosfoproteomik Çalışmaları
- Tez No: 925976
- Danışmanlar: PROF. DR. RUEDİ AEBERSOLD, PROF. DR. PAOLA PİCOTTİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Fosfoproteinler, Kütle spektrometri, Proteomik, Bioinformatics, Phosphoproteins, Mass spectrometry, Proteomics
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Eıdgenossısche Technısche Hochschule Zurıch (eth)
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
SWATH-MS (Gillet et al., 2012), Veri Bağımsız Edinim/Alım (Venable et al., 2004) tabanlı yeni bir Sıvı Kromatografisi-Kütle Spektrometresi (LC-MS) tekniğidir. SWATH-MS ile, shotgun MS'in yüksek verimliliğini, Seçilmiş Reaksiyon İzleme (SRM) yönteminin niceliksel doğruluğu ve güvenilirliği ile birleştirmek mümkündür. Fosfoproteomik, hücre içindeki tersine çevrilebilir/tersinir protein fosforilasyonuna ilişkin biyokimyasal zorluklar ve fosfopeptit veri alımında/ediniminde karşılaşılan kütle spektrometrik zorluklar nedeniyle, SWATH-MS için mükemmel bir potansiyel kullanım alanıdır. SWATH-MS'in, nadir ve biyolojik açıdan önem taşıyan fosfopeptitlerin yüksek niceliksel doğrulukla, tekrarlanabilir ve yüksek verimli ekstraksiyonuna/çıkarımına olanak tanıyarak, fosfoproteomik alanında etkili bir yöntem haline gelmesi beklenmektedir. Bu çalışmada tarafımızdan, SWATH-MS tabanlı fosfoproteomiklere yönelik kapsamlı bir ilk değerlendirme sunulmakta olup, SRM veri analizi yöntemlerine dayalı otomatik Ekstrakte İyon Kromatogramı (XIC) pik grubu skorlamasının, SWATH-MS'de fosfopeptitlerin hedefli çıkarımı için geçerliliği incelenmekte ve deneysel veri setleri üzerinde, ilk nesil SWATH-MS teknolojisi tarafından sunulan fosfopeptit tanımlama performansı gösterilmektedir.
Özet (Çeviri)
SWATH-MS targeted data extraction (Gillet et al., 2012) is a novel LC-MS technique based on Data Independent Acquisition (Venable et al., 2004). With SWATH-MS, it is possible to combine the high throughput of shotgun MS with the quantification accuracy and reproducibility of Selected Reaction Monitoring (SRM). Phosphoproteomics is an excellent potential field of use for SWATH-MS due to its inherent difficulties related to the biochemistry of reversible protein phosphorylation in the cell, and mass spectrometric challenges in phosphopeptide data acquisition. It is expected that SWATH-MS will be a powerful method for phosphoproteomics by allowing reproducible and high throughput extraction of rare and biologically significant phosphopeptides with high quantification accuracy. In this study, we present a comprehensive first introduction to SWATH-MS Based Phosphoproteomics, where we investigate the validity of automated peak group scoring, focusing on the conservation of fragmentation relative intensities, for targeted data extraction of phosphopeptides in SWATH-MS; and show on experimental datasets, the phosphopeptide identification performance offered by the first generation of SWATH-MS technology.
Benzer Tezler
- Doğu Anadolu Tektonik Bloğu'nun içsel deformasyon evrimi: Balık Gölü Fay Zonu'nun (Ağrı) morfotektonik özellikleri ve uzun dönem kayma hızının belirlenmesi
Internal deformation evolution of East Anatolian Tectonic Block: Determining the morphotectonic properties and long term slip rate of Balik Lake Fault Zone (Ağri)
AYLİN NAR
Doktora
Türkçe
2023
Jeoloji MühendisliğiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AZAD SAĞLAM SELÇUK
- Çukurova bölgesinde patlıcanda pamuk beyaz sineği (Bemisia tabaci genn.)'nin kimyasal mücadelesinde pülverizatör ve atomizör uygulamalarının karşılaştırılması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
ASUMAN ULUBİLİR
Yüksek Lisans
Türkçe
1992
ZiraatÇukurova ÜniversitesiTarım Makineleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF ZEREN
- Zein or gelatin nanofibers loaded with au nanospheres, SnO2 or black elderberry extract used as active and smart packaging layers for various fish fillets
Altın nanokürecikleri, SnO2 veya kara mürver ekstresi ile yüklenen zein ve jelatin nanoliflerinin farklı balık filetoları için aktif ve akıllı ambalaj katmanı olarak kullanılması
TURGAY ÇETİNKAYA
Doktora
İngilizce
2022
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİLİZ ALTAY
DOÇ. DR. ZAFER CEYLAN
- Elmalı ve Alibey su havzalarının uydu görüntü verileriyle izlenmesi ve bilgi sistemi oluşturma olanakları
Başlık çevirisi yok
ÇİĞDEM GÖKSEL
- Körfezlerdeki su kalitesinin uydu görüntü verileri yardımıyla incelenmesi
The Evaluation of water-quality in the bays by satellite images
FİLİZ SUNAR