Yeni nesil dizileme ile kopya sayısı değişikliklerinin araştırılması
Investigation of copy number variations with next-generation sequencing
- Tez No: 870016
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET CEVDET CEYLAN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Bilkent Şehir Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 120
Özet
Amaç: Kopya sayısı değişiklikleri (CNV), insan genomunda tek nükleotit değişikliklerinden (SNV) sonra en sık görülen genomik varyasyondur. CNV tespitinde başta mikrodizin olmak üzere farklı moleküler genetik tanı yöntemleri kullanılmaktadır. Bu çalışmada, yeni nesil dizileme (YND) verisinden CNV'ler araştırılarak, tanıya olan katkısının tespit edilmesi ve çalışmada kullanılan farklı CNV araçlarının elde ettiği verilerin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezine 2019-2022 yılları arasında başvurmuş, mikrodizin çalışması sonucunda kliniği açıklayan değişiklik saptanmamış ve ortak çalışmaya alınarak tüm ekzom dizileme (TED) testi çalışılmış 18 hastanın verisi, retrospektif olarak yeniden değerlendirilmiştir. Bu veriler daha sonra farklı CNV araçları kullanılarak CNV açısından araştırılmıştır. Bulgular: Hastalarda tespit edilen CNV'ler, kullanılan CNV araçları arasında sayı ve boyut olarak farklılıklar göstermiştir. Hastalarda klinik ilişkili veya ilişkisiz muhtemel patojenik/patojenik CNV saptanmamıştır. TED sonucu normal olan beş hastada kliniği açıklayabileceği düşünülen aday varyantların karşı allelleri CNV bölgelerinde araştırılmış ancak varyantların/genlerin CNV bölgelerinde yer almadığı tespit edilmiştir. TED yeniden analizi sonucunda bir hastada patojenik varyant saptanıp tanı konmuştur. Sonuç: CNV tespitinde araçlar arası büyük farklılıkların olması, araçların işleyiş algoritmalarında belirli bir standartizasyonun olmaması ve tespit edilen CNV'lerin ek genetik yöntemlerle konfirme edilme gerekliliği, bu araçların rutinde kullanımını kısıtlamaktadır. Çalışmamız sonucunda, mikrodizin yapılan hastalarda, YND verisinden CNV araştırılması tanıda ek katkı sağlamamıştır. Elde edilen sonuçlar, literatürle paralel olarak, CNV araştırılmasında mikrodizin yönteminin ilk basamak testi olarak yerini korumaya devam edeceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Aim: Copy number variations (CNVs) are the most common genomic variations in the human genome, following single nucleotide variations (SNVs). Various molecular genetic diagnostic methods, primarily microarrays, are used for CNV detection. In this study, CNVs are investigated from next-generation sequencing (NGS) data to assess their contribution to diagnosis and evaluate the data obtained from different CNV tools used in the study. Materials and Methods: The data of 18 patients who applied to the Genetic Diseases Assessment Center of Ankara Bilkent City Hospital between 2019 and 2022 were retrospectively reevaluated. Following the microarray analysis, no significant changes explaining the clinic were detected. Subsequently, the data were collectively subjected to whole exome sequencing (WES) testing as part of a collaborative effort. These data were then further investigated for CNV using various CNV detection tools. Results: In patients, the CNVs detected have shown differences in terms of their number and size among the CNV tools used. No clinically relevant or unrelated possible pathogenic/pathogenic CNVs were identified in the patients. In five patients with normal WES results, the allelic counterparts of candidate variants thought to explain their clinical symptoms were investigated within the CNV regions, but it was determined that the variants/genes were not located in the CNV regions. As a result of the reanalysis of WES, a pathogenic variant was identified in one patient, leading to a diagnosis. Conclusion: Variability in CNV detection among different CNV detection tools, lack of standardized algorithms in their pipelines, and the necessity of confirming CNVs with additional genetic methods restrict their routine use. Our study found that investigating CNVs from NGS data did not provide additional diagnostic value in patients previously evaluated with microarrays. The results obtained support the continued use of microarrays as a first-line test for CNV investigations, consistent with existing literature.
Benzer Tezler
- Clinical and molecular collaboration studies: i)comparison of CNV by NGS&MLPA in hereditary breast and ovarian cancer ii)effective covid-19 sampling and storage
Klinik ve molküler işbirliği çalışmaları: i)HBOC kapsamında NGS ve MLPA ile CNV karşılaştırması ii) covıd-19 için etkili örnek toplama ve saklama koşulları
JALE YILDIZ
Doktora
İngilizce
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Aritmojenik sağ ventrikül kardiyomiyopatisi (ARVC) hastalarında yeni nesil dizileme ve çoklu ligasyona bağlı prob amplifikasyonu yöntemleri ile mutasyonların saptanması ve olası fenotip ilişkisi
Targeted next generation sequencing and multiplex ligation-dependent probe amplification analysis results in patients with arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) and the possible link with phenotype
AYÇA YILDIZ BULUT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT DERYA ERÇAL
- Machine learning approach to quantification of intra-tumour heterogeneity using genomic, epigenomic and proteomic data
Genomik, epigenomik ve proteomik verileri kullanarak tümor içi heterojenite nicelleştirmesine makine öğrenmesi yaklaşımı
ERSİN ONUR ERDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGÜR CAN TURNA
- Nörogelişimsel bozukluklar ve/veya konjenital anomalileri olan olguların moleküler karyotipleme ve yeni nesil dizileme verilerinin karşılaştırmalı değerlendirilmesi
Comparative evaluation of molecular karyotyping and next generation sequencing data in cases with neurodevelopmental disorders and/or congenital anomalies
ARZU GULIYEVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Genetikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ ÖZEN
- Diyafragma gelişim defektlerinden sorumlu genlerin yeni nesil dizileme teknolojileri ile araştırılması
Investigation of genes responsible for diaphragmatic developmental defects with next generation sequencing technologies
SOMAYYEH HEIDARGHOLIZADEH
Doktora
Türkçe
2023
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİRSEN KARAMAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇAĞRI GÜLEÇ