Common and rare variant association approaches in Turkish families with obesity
Obeziteli Türk ailelerde yaygın ve nadir varyant ilişkilendirme yaklaşımları
- Tez No: 871990
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Biostatistics, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Vücut kitle indeksinin (BMI) 30'dan büyük veya ona eşit olması olarak tanımlanan obezite, günümüzün önemli küresel sağlık sorunları arasında yer alan çok faktörlü kompleks bir hastalıktır. Dizileme teknolojilerindeki ilerlemeler, hem çevresel hem de genetik faktörlerin etkilediği karmaşık bozuklukların incelenmesini mümkün kılmış ve bu biyolojik mekanizmaları aydınlatmak için çeşitli istatistiksel stratejilerin geliştirilmesine olanak sağlamıştır. Bu yaklaşımları Türk obezite olgularında uygulamak amacıyla, 782 aileden 929 obezite hastası ve 2924 kontrolün tüm ekzom dizileme (WES) verileri üzerinde çeşitli istatistiksel modeller kullanarak yaygın ve nadir varyant ilişkilendirme analizleri gerçekleştirdik. Aile verileriyle güçlendirilmiş çoklu gen temelli toplam yük ve kernel (çekirdek) temelli yöntemler nadir varyant ilişkilendirme analizleri için kullanıldı. Daha sonra, nadir varyant analizlerinden elde edilen en anlamlı şekilde ilişkili genler ile yolak zenginleştirme analizi yapıldı. Birincil amacımız, obezitenin altında yatan moleküler mekanizmalar hakkında bilgi sağlayabilecek aday genleri ve yolları belirlemekti. En iyi aday genlerin yolak zenginleştirme analizi, tat transdüksiyonu, insülin sekresyonunun düzenlenmesi ve serotonin sinyal yollarında zenginleşme olduğunu ortaya koydu; bunların tümü, obeziteye katkıda bulunan mekanizmalarla daha önce ilişkilendirilmiştir. Bununla birlikte, yaygın varyant analizimiz, WES analizine temel olarak genom çapında ilişkilendirme çalışması (GWAS) verilerininin kullanılmasının uygun olmayabileceğini, çünkü anlamlı varyantların genellikle WES verileriyle kapsanmayan derin intronik ve intergenik bölgelerde bulunduğunu öne sürdü.
Özet (Çeviri)
Obesity, defined as a body-mass index (BMI) greater than or equal to 30, is a multifactorial complex disorder which is currently amongst the major global health issues. Advancements in sequencing technologies have enabled the study of complex disorders influenced by both environmental and genetic factors, leading to the development of various statistical strategies to elucidate the underlying biological mechanisms. To apply these approaches to Turkish patients, we conducted common and rare variant association analyses using various statistical models on whole-exome sequencing (WES) data from 929 obesity patients from 782 families and 2,924 controls. Multiple gene-based aggregative burden and kernel-based methods, empowered by family data, were utilized for rare variant association analyses. Subsequently, pathway enrichment analysis was conducted with the most significantly associated genes identified from the rare variant analyses. Our primary objective was to identify candidate genes and pathways that could provide insights into the molecular mechanisms underlying obesity. Pathway enrichment analysis of the top candidate genes revealed enrichment in the taste transduction, regulation of insulin secretion, and serotonin signaling pathways, all of which have been previously implicated in mechanisms contributing to obesity. However, our common variant analysis suggested that using genome-wide association study (GWAS) data as the base for WES analysis may not be suitable, as significant variants are often located in deep intronic and intergenic regions not covered by WES data.
Benzer Tezler
- Common and rare variant association approaches in Turkish families with polycystic ovarian syndrome
Polikistik over sendromu bulunan türk ailelerinde yaygin ve nadir varyant i̇lişkilendirme yaklaşimlari
ELİF ÖZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyoistatistikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- Investigation of familial multiple sclerosis genetics
Ailesel multipl skleroz genetiğinin araştırılması
ELİF EVEREST
Doktora
İngilizce
2022
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Osmanlı Para Sisteminin Teorik Temelleri
Theoretical Principles of the Ottoman Monetary System
OĞUZ BAL
- Variants discovery in the LPL and CETP genes and their associations with plasma lipid and apolipoprotein levels
Başlık çevirisi yok
DİLEK PİRİM
- İntrakraniyal anevrizmaların genetik temelleri
Genetic basis of intracranial aneurysms
KAYA BİLGÜVAR
Doktora
Türkçe
2022
GenetikMarmara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SIDIKA AYŞE ÖZER
PROF. DR. MURAT GÜNEL