Geri Dön

Common and rare variant association approaches in Turkish families with obesity

Obeziteli Türk ailelerde yaygın ve nadir varyant ilişkilendirme yaklaşımları

  1. Tez No: 871990
  2. Yazar: FATMA NİSA ESEN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Genetik, Biostatistics, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 99

Özet

Vücut kitle indeksinin (BMI) 30'dan büyük veya ona eşit olması olarak tanımlanan obezite, günümüzün önemli küresel sağlık sorunları arasında yer alan çok faktörlü kompleks bir hastalıktır. Dizileme teknolojilerindeki ilerlemeler, hem çevresel hem de genetik faktörlerin etkilediği karmaşık bozuklukların incelenmesini mümkün kılmış ve bu biyolojik mekanizmaları aydınlatmak için çeşitli istatistiksel stratejilerin geliştirilmesine olanak sağlamıştır. Bu yaklaşımları Türk obezite olgularında uygulamak amacıyla, 782 aileden 929 obezite hastası ve 2924 kontrolün tüm ekzom dizileme (WES) verileri üzerinde çeşitli istatistiksel modeller kullanarak yaygın ve nadir varyant ilişkilendirme analizleri gerçekleştirdik. Aile verileriyle güçlendirilmiş çoklu gen temelli toplam yük ve kernel (çekirdek) temelli yöntemler nadir varyant ilişkilendirme analizleri için kullanıldı. Daha sonra, nadir varyant analizlerinden elde edilen en anlamlı şekilde ilişkili genler ile yolak zenginleştirme analizi yapıldı. Birincil amacımız, obezitenin altında yatan moleküler mekanizmalar hakkında bilgi sağlayabilecek aday genleri ve yolları belirlemekti. En iyi aday genlerin yolak zenginleştirme analizi, tat transdüksiyonu, insülin sekresyonunun düzenlenmesi ve serotonin sinyal yollarında zenginleşme olduğunu ortaya koydu; bunların tümü, obeziteye katkıda bulunan mekanizmalarla daha önce ilişkilendirilmiştir. Bununla birlikte, yaygın varyant analizimiz, WES analizine temel olarak genom çapında ilişkilendirme çalışması (GWAS) verilerininin kullanılmasının uygun olmayabileceğini, çünkü anlamlı varyantların genellikle WES verileriyle kapsanmayan derin intronik ve intergenik bölgelerde bulunduğunu öne sürdü.

Özet (Çeviri)

Obesity, defined as a body-mass index (BMI) greater than or equal to 30, is a multifactorial complex disorder which is currently amongst the major global health issues. Advancements in sequencing technologies have enabled the study of complex disorders influenced by both environmental and genetic factors, leading to the development of various statistical strategies to elucidate the underlying biological mechanisms. To apply these approaches to Turkish patients, we conducted common and rare variant association analyses using various statistical models on whole-exome sequencing (WES) data from 929 obesity patients from 782 families and 2,924 controls. Multiple gene-based aggregative burden and kernel-based methods, empowered by family data, were utilized for rare variant association analyses. Subsequently, pathway enrichment analysis was conducted with the most significantly associated genes identified from the rare variant analyses. Our primary objective was to identify candidate genes and pathways that could provide insights into the molecular mechanisms underlying obesity. Pathway enrichment analysis of the top candidate genes revealed enrichment in the taste transduction, regulation of insulin secretion, and serotonin signaling pathways, all of which have been previously implicated in mechanisms contributing to obesity. However, our common variant analysis suggested that using genome-wide association study (GWAS) data as the base for WES analysis may not be suitable, as significant variants are often located in deep intronic and intergenic regions not covered by WES data.

Benzer Tezler

  1. Common and rare variant association approaches in Turkish families with polycystic ovarian syndrome

    Polikistik over sendromu bulunan türk ailelerinde yaygin ve nadir varyant i̇lişkilendirme yaklaşimlari

    ELİF ÖZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyoistatistikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT

  2. Investigation of familial multiple sclerosis genetics

    Ailesel multipl skleroz genetiğinin araştırılması

    ELİF EVEREST

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  3. Osmanlı Para Sisteminin Teorik Temelleri

    Theoretical Principles of the Ottoman Monetary System

    OĞUZ BAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    EkonomiMarmara Üniversitesi

    İktisat Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET TABAKOĞLU

  4. İntrakraniyal anevrizmaların genetik temelleri

    Genetic basis of intracranial aneurysms

    KAYA BİLGÜVAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    GenetikMarmara Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SIDIKA AYŞE ÖZER

    PROF. DR. MURAT GÜNEL