Common and rare variant association approaches in Turkish families with polycystic ovarian syndrome
Polikistik over sendromu bulunan Türk ailelerinde yaygın ve nadir varyant ilişkilendirme yaklaşımları
- Tez No: 812419
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoistatistik, Genetics, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Aile, Ekzom dizileme, Genetik varyasyon, Polikistik over sendromu, Risk faktörleri, Varyasyon, Ölçekler, Family, Exome sequencing, Genetic variation, Polycystic ovary syndrome, Risk factors, Variation, Scales
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Polikistik Over Sendromu (PKOS), dünya çapında 5 kadından 1'ine kadar sık görülebilen ve ek metabolik komorbiditelere sahip, kısırlığın en yaygın nedeni olan karmaşık bir sendromdur. Durum hem genetik hem de çevresel faktörlerden etkilenir. Bu tür hastalıkların altında yatan mekanizmaları aydınlatabilmek için, NGS teknolojilerindeki gelişmeler sayesinde geliştirilen birçok istatistiksel girişim vardır. Söz konusu gendeki fonksiyon bozulmasının, ilgilenilen özelliğe katkısı hakkında yorum yapabilmek için; her bir gendeki patojenik varyant yükünü belirleyici, gen tabanlı varyant agregatif yaklaşımları geliştirilmiştir. Bu yaklaşımları Türk PKOS vakalarında uygulamak için, 190 aileden 203 PKOS hastası ve 52'si PKOS hastasının aile üyesi olan 815 kontrol bireyinin Tam Ekzom Dizilimi verileri, çeşitli gen tabanlı ilişkilendirme çalışma modellerinde kullanılmıştır. Amaç, potansiyel aday genleri belirlemek ve PCOS'un altında yatan moleküler mekanizmalar hakkında fikir edinmektir. İstatistiksel analiz sonuçları, varyantların aileler içinde ayrılması ve ilgili literatür araştırması, yumurtalık işleviyle veya insülinle ilişkili yolaklarda yer alan potansiyel aday genler hakkında değerli bilgiler sağlamıştır. İlginç bir şekilde, bu genlerin çoğu aynı zamanda otizmle de ilişkilidir ve bu, her iki koşulun altında yatan genetik mekanizmalarda potansiyel bir örtüşmeyi gösterir. Öte yandan, çalışmanın yaygın varyant analizi kısmı, WES verilerini analiz ederken, genom çapında bir temel verinin, ilişkili varyantların çoğunun genomun intergenik bölgelerinde yer aldığından dolayı uygun olmadığını ortaya koydu.
Özet (Çeviri)
Polycystic Ovary Syndrome (PCOS) is a complex condition that affects up to 1 in 5 women globally and is the most common cause of infertility, having additional metabolic comorbidities. The condition is affected by both genetic and environmental factors. To be able to shed light on these types of diseases, there are several statistical attempts developed in virtue of the enhancements in NGS technologies. Gene-based variant aggregative approaches are developed to take the pathogenic variant burden in every gene to be able to comment on the contribution of disruption of the gene in question to the trait of interest. To apply this approach in Turkish PCOS cases, Whole Exome Sequencing (WES) data of 203 PCOS patients from 190 families and 815 control individuals with 52 of those being family members of PCOS patients have been utilized for several gene-based association study models. The aim is to identify potential candidate genes and gain insights into the underlying molecular mechanisms of PCOS. The statistical analysis results, segregation of variants within families, and relevant literature search provided valuable insights into potential candidate genes which are involved either in ovarian function-related pathways or in insulin-related pathways associated with PCOS. Interestingly, most of these genes are also associated with autism, indicating a potential overlap in the genetic mechanisms underlying both conditions. On the other hand, common variant analysis part of the study revealed the fact that when analysing a WES data, a genome-wide base data is not appropriate, since the most of the associated variants are at the intergenic regions of the genome.
Benzer Tezler
- Common and rare variant association approaches in Turkish families with obesity
Obeziteli Türk ailelerde yaygın ve nadir varyant ilişkilendirme yaklaşımları
FATMA NİSA ESEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoistatistikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- Investigation of familial multiple sclerosis genetics
Ailesel multipl skleroz genetiğinin araştırılması
ELİF EVEREST
Doktora
İngilizce
2022
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Osmanlı Para Sisteminin Teorik Temelleri
Theoretical Principles of the Ottoman Monetary System
OĞUZ BAL
- Moleküler etiyolojisi aydınlatılamamış cinsiyet gelişim bozukluğu hastalarında mikroarray yöntemi ile kopya sayısı değişikliklerinin saptanması ve klinik varyasyonlarla ilişkilendirilmesi
Detection of copy number variations by microarray in disorders of sex development of unexplained molecular etiology and association with clinical findings
MURAT ÇAĞLAR KARATAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SAMİM ÖZEN
- Foliküler mikozis fungoides tanısında prognostik histomorfolojik sınıflama
Prognostic histomorphological classification in the diagnosis of follicular mycosis fungoides
GÖZDE GÜNGÖR ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Patolojiİstanbul ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞULE ÖZTÜRK SARI