pyNeuroSim: Another python-based neuron simulator
pyNeuroSim: Python tabanlı bir simülatör
- Tez No: 873286
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YALÇIN İŞLER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Katip Çelebi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Biyolojik nöronların yapısı ve davranışlarını anlamak ve analiz etmek adına matematiksel modeller geliştirilmiştir. Bu matematiksel modellemelerin hesaplamalar için kullanılmasına yardımcı olmak ve görselleştirmek adına simülasyonlar dizayn edilmiştir. Bu tez çalışmasında ise kodlama becerisi gerektirmeyen eğitimsel olarak kullanılması amaçlanan bir simülatör geliştirilmiştir. Basit, anlaşılır ve yalın bir arayüze sahip olması istenmiştir. Modellemelerde kullanılacak olan parametrelerin kullanıcıların girebileceği basit arayüz sayfaları oluşturulan bu simülatörde hazır halde bulunan örnek teşkil edecek olan deneylere de yer vermektedir. Ardından kullanıcı aynı deneyleri giriş değerlerini değiştirerek gözleyebilmektedir. İlk örnekler, enjekte edilen akım deneyi altında yer alan üç ayrı deney bulunmaktadır. Bunlar ilki aksiyon potansiyelinin üretilmesi, ikincisi aktif bölge uzunluğu arttırarak inhibitasyon, üçüncü olarak ise ikinci deneyde inhibe olan membrane enjekte edilen akımın artırılması ile aksiyon potansiyelinin yeniden oluşturulmasıdır. Diğer örnekler ise nöromusküler kavşakta sinaptik iletim altında tüm örnekler tekrar incelebilmektedir.Bunlara ek olarak sıcaklık değiştirelerek de simüle edilmesi sağlayan bir seçenek içermektedir.
Özet (Çeviri)
Mathematical models have been devised to comprehend and scrutinize biological neurons' structure and behavioural patterns. In order to assist in the utilization and visualization of these mathematical models for computations, simulations have been designed. In this thesis study, a simulator has been developed to be educational and to require no coding skills. It is intended to have a simple, understandable, and straightforward interface. This simulator includes simple interface pages where users can manually input parameters to be used in the models, and it also includes readymade experiments that serve as examples. Users can then observe the same experiments by changing the initial values. First examples include three separate experiments under the injected current experiment. These are the generation of action potentials as the first, increasing the length of the active region to induce inhibition as the second, and re-establishing action potentials by increasing the injected current, which was inhibited in the second experiment, as the third. Other examples allow for the re-examination of all samples under synaptic transmission at the neuromuscular junction. In addition, it includes an option to simulate temperature changes.