Trakya bölgesinden toplanmış Tuber excavatum örneklerinin konaklık ettiği RNA mikovirüslerinin tanımlanması ve moleküler olarak nitelendirilmesi
Identification and molecular characterization of RNA mycoviruses hosted by Tuber excavatum samples collected from Trakya region
- Tez No: 876198
- Danışmanlar: PROF. DR. ILGAZ AKATA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 60
Özet
Bu çalışma, Trakya bölgesinden toplanan Tuber excavatum örneklerinde RNA mikovirüslerinin varlığını ve genetik özelliklerini araştırmaktadır. Moleküler ve konvansiyonel tür teşhisi yapılan örneklere Viral Çift İplikçikli RNA (dsRNA) taraması yapılmıştır. Tanımlanan dsRNA segmentlerinin eşlenik DNA'ları (cDNA'ları) rastgele (random) PZR (rPZR) yöntemi ile amplifiye edilmiş ve Yeni Nesil Dizileme (NGS) yöntemiyle analiz edilmiştir. Tanımlanan dsRNA segmentlerinin 5' ve 3' terminal bölgelerinin RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) ile çoğaltılması ve Sanger sekanslama yöntemi ile dizilerinin belirlenmesi sonucu elde edilen tüm viral genomlara ait dsRNA dizilerinin biyoinformatik ve filogenetik analizleri sonucunda, Tuber excavatum mitovirüs olarak bilinen ve resmi olarak Triamitovirus tuex1 olarak adlandırılan bir mitovirüsün ikinci izolatı tanımlanmış ve tüm genomu ortaya çıkarılmıştır. Bu çalışmada tanımlanan Triamitovirus tuex1 izolat Tekirdag ve önceden tanımlanmış izolat Lammspringe, sırasıyla Türkiye ve Almanya'dan toplanan T. excavatum izolatlarında tanımlanmıştır. Yapılan karşılaştırmalı genom analizleri, iki virüs izolatının RNA bağımlı RNA polimeraz (RdRp) alanını içeren proteinlerinin %94,60'lık bir benzerlik oranına sahip olduğunu göstermiştir. Viral genomların en çok farklılık gösteren kısmının %78,53'lük bir dizi benzerliği gösteren 5' translasyonu yapılmayan bölgeler (UTR'ler) olduğu, 3' UTR'lerin ise %91,53'lük bir dizi benzerliği ile en çok korunmuş kısımlar olduğu bulunmuştur. İki virüs izolatının tüm genomlarının %85,33'lük bir dizi benzerliği paylaştığı ortaya koyulmuştur. Triamitovirus tuex1 izolatlarının aynı konak tür içinde ortaya çıkması, adaptif radyasyondan kaynaklanan bir duplikasyon olayını yansıtıyor gibi görünmektedir.
Özet (Çeviri)
This thesis investigates the abundance and genetic characteristics of RNA mycoviruses in Tuber excavatum samples collected from the Trakya region. Viral Double Stranded RNA (dsRNA) screening was performed on the samples after molecular and conventional species identification. Conjugated DNAs (cDNAs) of the identified dsRNA segments were amplified by random PCR (rPZR) and analyzed by Next Generation Sequencing (NGS). As a result of bioinformatics and phylogenetic analysis of the dsRNA sequences of all viral genomes obtained by amplifying the 5' and 3' terminal regions of the identified dsRNA segments with RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) and determining their sequences by Sanger sequencing method, the second isolate of a mitovirus known as Tuber excavatum mitovirus and officially named Triamitovirus tuex1 was identified and its entire genome was revealed. The Triamitovirus tuex1 isolate Tekirdag and the previously described isolate Lammspringe were identified in T. excavatum isolates collected from Turkey and Germany, respectively. Comparative genome analyses showed that the proteins containing the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain of the two virus isolates had a similarity of 94.60%. The most divergent part of the viral genomes was found to be the 5' untranslated regions (UTRs) with a sequence similarity of 78.53%, while the 3' UTRs were the most conserved with a sequence similarity of 91.53%. The whole genomes of the two virus isolates were found to share 85.33% sequence similarity. Considering the shared host species, the emergence of these Triamitovirus tuex1 isolates appears to reflect a duplication pattern resulting from adaptive radiation.
Benzer Tezler
- Türkiye Trakyası ganos (Işık) dağları karıncaları (Hymenoptera:Formicidae)'nın vertikal dağılımları
Vertical distribution of ants (Hymenoptera:Formicidae) of the Ganos (Isik) mountains in Turkish Thrace
ECE ZAİMOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiTrakya ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YILMAZ ÇAMLITEPE
PROF. DR. MUSTAFA NİHAT AKTAÇ
- Trakya bölgesinde yetişen Cirsium italicum (Savi) DC. (Asteraceae) bitkisinin fitokimyasal incelenmesi, antibakteriyel ve antifungal aktivitesinin tayini
Phytochemical investigation of Cirsium italicum (Savi) DC. (Asteraceae) plant wich growing in Trakya region and determination of its antimicrobial and antifungal activity
HİLMİCAN ÇALIŞKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
KimyaTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEMİNE ŞABUDAK
- Trakya bölgesinde sivrisinek flavivirüslerinin tespiti ve kısmi genomik karakterizasyonu
Identification and partial genomic characterization of mosquito flaviviruses in Thrace region
CEREN ÖNCÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH BÜLENT ALTEN
DOÇ. DR. KORAY ERGÜNAY
- Doğu Anadolu dağlık bölgelerinden toplanmış phelum l. populasyonlarının agronomik, morfolojik ve sitogenetik karakterizasyonu
Agronomic, morphologic and cytogenetic characterization of phleum l. populations collected from the mountanious region at East Anatolia
DAMLA BALABAN GÖÇMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatNamık Kemal ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN TUNA