Mekanosensitif iyon kanalı adayı genlerin Astacus leptodactylus türünde klonlanması ve ilgili proteinlerin fonksiyonel ve yapısal özelliklerinin belirlenmesi
Cloning of candidate mechanosensitive ion channel genes and determining the functional and structural properties of the related proteins in Astacus leptodacylus
- Tez No: 876547
- Danışmanlar: PROF. DR. NUHAN PURALI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Gen klonlama, İyon kanalları, Gene cloning, Ion channels
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hücreler, membrandaki gerim veya ozmotik basınç değişimi gibi çeşitli mekanik uyarılara yanıt verirler. Mekanosensitif iyon kanalları, mekanik uyarıların elektriksel veya kimyasal sinyallere dönüştürülmesi olan mekanotransdüksiyon [şlem[nde temel bir rol oynar. Son yıllarda tanımlanan Piezo1 ve Piezo2 kanalları, bu özelliklere sahip kanallardır. Ancak Piezo kanalları mekanik uyarılara yanıt veren bazı hücre popülasyonlarında ifade edilmedikleri için vücuttaki tüm mekanosensitiviteyi açıklamak için yeterli değildir. TMC ve TMEM63'ün çeşitli türlerde mekanosensitif oldukları raporlanmıştır. Bu tez, bu kanalların ortologu olan mRNA'ların Astacus leptodactylus (tatlı su kereviti) türünde ilk defa klonlanmasını amaçlamıştır. Putatif mRNA'lar klonlandıktan sonra klonlanan kanalların moleküler özellikleri araştırılmıştır. İlgili proteinlerin üç boyutlu yapıları hesaplanmış ve bazı fonksiyonel kısımlar tanımlanmıştır. Fonksiyonel çalışmalarda kullanılmak üzere, klonlanan mRNA'lar sentezlenmiş, plazmid vektörlere transfer edilmiş ve HEK293T hücre hatlarında ifade edilmiştir. Mekanosensitivite, çeşitli mekanik uyarılara cevap olarak kalsiyum duyarlı bir boyanın (Fluo-4 AM) emisyon sinyali kayıt edilerek takip edilmiştir. Bu çalışmada TMC ve TMEM63 ortologlarını kodlayan iki mRNA de novo klonlandı. Moleküler hesaplamalar ikisinin de transmembran iyon kanalı olarak yapılanabileceklerini gösterdi. Fonksiyonel çalışmalar TMEM63'ün bir mekanosensitif iyon kanalı olarak görev alıyor olabileceğini in situ ve heterolog ifade sisteminde gösterdi.
Özet (Çeviri)
Cells respond to various mechanical stimuli like tension or osmotic pressure changes in the membrane. Mechanosensitive ion channels play an important role in mechanotransduction, which is the conversion of mechanical stimuli into electrical and chemical signals. Recently identified Piezo1 and Piezo2 channels are representative members of the mechanosensitive channels in eukaryotes. However, Piezo channels alone can not account for all kinds of mechanosensitivity modalities in the body since they are not expressed in some cell populations that respond to mechanical stimuli. TMC and TMEM63 were recently reported to be mechanosensitive in various species. This thesis aimed to clone mRNAs of the orthologues of those channels in the crayfish, Astacus leptodactylus. After cloning the putative mRNAs, molecular properties of the cloned channels were investigated. Three-dimensional structures of the related protein sequences were calculated and some functional parts were identified. To be used in the functional experiments, the cloned mRNAs were synthesized and transferred to plasmid vectors and expressed in HEK293T cell lines. Mechanosensitivity was monitored by acquiring the emission signal from a calcium sensitive dye (Fluo-4 AM) in response to various mechanical stimuli. Two mRNAs coding TMC and TMEM63 orthologues were de novo cloned. Molecular calculations illustrated that they both can assemble into a transmembrane ion channel. Functional studies indicated that TMEM63 could be a mechanosensitive ion channel both in situ and in a heterologous system.
Benzer Tezler
- Ostolün sıçan ventilatörle indüklenen akciğer hasarı (VILI) modelindeki potansiyel terapötik etkileri ve TRPV4 kanalı ile olası ilişkisinin incelenmesi
Investigation of the potential therapeutic effects of osthole in a rat model of ventilator-induced lung injury (VILI) and its possible relationship with the TRPV4 channel
GÜLCAN DEMİR
Doktora
Türkçe
2025
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLNUR SEVİN
- Küçük iletkenlikli mekanosensitif iyon kanalı (MscS)'nın antibakteriyel ilaç hedefi olarak yapısal değişimlerinin incelenmesi
Examination of the structural changes of small conductivity mechanosensitive ion channel (MscS) as an antibacterial drug target
SEGÜN DOĞRU YAŞAR
Doktora
Türkçe
2023
BiyokimyaAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AKIN YEŞİLKAYA
- Klinik olarak glomerülonefrit şüphesi ile böbrek biyopsi yapılan hastalarda“geçici reseptör potansiyel iyon kanal (TRPC) gen ailesinin”farklı ifade profillerinin incelenmesi
Study of different expression profiles of“transient receptor potential ion channel (TRPC) gene family”in patients undergoing renal biopsies with clinically suspected glomerulonephritis
MELTEM SEZİŞ DEMİRCİ
- Investigation of the mechanisms of hERG1 blocker toxins as anti-cancer agent with molecular modeling techniques
Anti kanser ajan olarak hERG1 bloker toksinlerin etkime mekanizmalarının moleküler modelleme teknikleri ile incelenmesi
BERİL ÇOLAK GÜNAY
Doktora
İngilizce
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Transient receptor potential vanniloid 4 (TRPV4) kanalının kolon kanseri metastazındaki rolü
The role of transient receptor potential vanilloid 4 (TRPV4) channel on colon cancer metastasis
CANER KARACA