Yeni nesil dizileme verileri kullanılarak biber koleksiyonunda genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Determination of genetic diversity in pepper collection by next-generation sequencing data
- Tez No: 878316
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ENGİN YOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Islahı ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bitki Islahı ve Genetiği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
Biber bitkisi (Capsicum annuum L.), dünya genelinde yaygın olarak yetiştirilen ve tüketilen bir sebze olup yüksek verim, hastalıklara dayanıklılık ve iklim koşullarına adaptasyon gibi özelliklerin iyileştirilmesi amacıyla biber ıslah çalışmaları büyük önem taşımaktadır. Geniş bir coğrafyada üretimi yapılan ve talep gören biber bitkisinde ıslah çalışmalarının daha etkin olabilmesi adına genetik çeşitliliğin belirlenmesi ve güncel yenilikçi bilgiler ışığında karakterizasyonu oldukça önemlidir. Bu kapsamda ele alınan bu tez çalışmasında Akdeniz iklim kuşağında yetiştirilen biber koleksiyonunda yeni nesil dizileme verilerini kullanarak genetik çeşitliliğin ve popülasyon yapısının belirlenmesi amaçlanmıştır. Toplam 99 biber hattının yer aldığı koleksiyonda 21 adet Dolma tip, 19 adet Çarliston tip, 13 adet Kapya tip, 11 adet Kıl tip, 4 adet Üçburun tip, 5 adet Şili tip, 24 adet Sivri tip, 2 adet Jalapeno tipi biber bulunmaktadır. ddRADSeq yöntemi kullanılarak SNP seviyesinde karakterize edilen koleksiyonda toplam 318.76 milyon okuma ve ortalama %37.66 GC içeriği elde edilmiştir. Yürütülen biyoinformatik analizler sonrasında 8475 SNP popülasyon yapısını belirlemede kullanılmıştır. Hatlar arasında genetik çeşitliliği belirleme amacıyla filogenetik ağaç oluşturulmuş ve ticari tiplerine göre hatların kümelendiği belirlenmiştir. Yapılan STRUCTURE analizi ile koleksiyonda iki (K=2) belirgin alt grup tanımlarken, PCoA analizi sonrası ise biber hatlarının beş gruba ayrıldığı belirlenmiştir. Popülasyonda gözlenen homozigotluk (Ho) ve beklenen heterezigotluk (He) değerleri sırasıyla 0.493 ve 0.313 olarak kaydedilmiştir. Genetik olarak uzak olan hatların melezleme sonrası potansiyel heterosis etkisine sahip olduğu dikkate alınarak potansiyel ana-baba hatlar ortaya konulmuştur. Elde edilen bulguların Akdeniz iklimine uygun biber çeşitlerinin geliştirilmesine yönelik yeni ıslah stratejilerinin geliştirilmesine ışık tutması beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
The pepper plant (Capsicum annuum L.) is a widely cultivated and consumed vegetable, worldwide. Therefore, pepper breeding studies aimed at improving traits such as high yield, disease resistance, and climate adaptation. Determining the genetic diversity and characterizing is crucial for more effective breeding studies in the pepper plant. In this context, the aim was to determine the genetic diversity and population structure using next-generation sequencing data in a pepper collection adapted to Mediterranean climate zone. The collection includes 99 pepper lines consisting of 21 Dolma types, 19 Charleston types, 13 Kapya types, 11 Chili types, 4 Mazamort types, 5 Chili types, 24 Sivri types, and 2 Jalapeno types. Using the ddRADSeq method, this collection characterized at the SNP level resulted in a total of 318.76 million reads and an average of %37.66 GC content. After bioinformatics analyses, 8475 SNPs were used to determine the population structure. A phylogenetic tree was created to determine genetic diversity among the lines, and it was observed that the lines clustered according to their commercial types. The STRUCTURE analysis identified two (K=2) distinct subgroups within the collection, while the PCoA analysis divided the pepper lines into five groups. The observed homozygosity (Ho) and expected heterozygosity (He) values in the population were recorded as 0.493 and 0.313, respectively. Potential parent lines were identified considering the potential heterosis effect after hybridization of genetically distant lines. The findings are expected to shed light on the development of new breeding strategies aimed at developing pepper varieties suitable for the Mediterranean climate.
Benzer Tezler
- Meme ve/veya over kanseri öyküsü olan hastalarda ilişkili genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi
Investigation of associated genes in patients with a history of breast and/or ovarian cancer by next generation sequencing
CANBERK AKKAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Genetikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ ÖZEN
- Çocuklarda böbrek kistlerinin değerlendirilmesi
Evaluation of kidney cyst in children
PINAR GÖNÜLSÜZ KILIÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAdnan Menderes ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERAH SÖNMEZ
- Relating microbiome profiles to removal of non-steroidal anti-inflammatory drugs in sequencing batch reactors along a sludge retention time
Farklı çamur yaşlarında işletilen ardışık kesikli reaktörlerde steroid yapıda olmayan antienflamatuvar yapıdaki ilaçların giderimi ile mikrobiyom profillerinin ilişkisi
MELİS SERCAN AKKOCA
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜLSÜM EMEL ZENGİN BALCI
- Susamda Yeni Nesil Dizileme Verileri Kullanılarak Indel Markerlerin Geliştirilmesi
Development Of Indel Markers Wıth The Use Of Next Generatıon Sequencıng Data In Sesame
SİBEL UZUNOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENGİN YOL
- Biyoinformatik teknikleri kullanarak yeni mikro RNA'ların bulunması ve varyant analizlerinin yapılması: Citrus modeli
Discovery of novel miRNAs and their variant analysis usingbioinformatics approaches: Citrus model organism
CANKUT ÇUBUK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Bilim ve TeknolojiDokuz Eylül ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ DİCLE