Patlıcanda yeni nesil dizileme verileri kullanılarak indel markörlerin geliştirilmesi
Development of indel markers in eggplant using new generation sequencing data
- Tez No: 941234
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HATİCE İKTEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 59
Özet
Islah programlarının sürdürülebilir olması ve yeni özelliklerin kültür çeşitlerine aktarılabilmesi için genetik çeşitlilik oldukça önem arz etmektedir. Genetik çeşitliliğin belirlenmesinde,morfolojik markörlerin yetersiz kalması nedeniyle moleküler markörler tercih edilmektedir. Moleküler markör sistemlerinden, SSR (Simple Sequence Repeat/Basit Tekrarlı Diziler veya Mikrosatelitler), AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism/Çoğaltılmış Parça Uzunluğu Polimorfizmi), ISSR (Inter Simple Sequence Repeat/Basit Tekrarlı Diziler Arası Polimorfizm) ve SNP (Single Nucleotide Polymorphism) gibi markörler birçok bitki türünde genetik çeşitliliğin belirlenmesi, genetik bağlantı haritalarının oluşturulması ve genom yapısını incelemek için kullanılmaktadır. SSR, AFLP gibi markörler Poliakrilamid Jel Elektroforezi ile ayrıştırılabilmektedir. Ancak SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markörler, yeni nesil dizileme verileri kullanarak elde edilir ve yüksek maliyet gerektirmektedir. InDel markörler ise, ekleme-silme dizisi bölgesinin her iki tarafından tasarlanan spesifik primerlere dayanan polimorfizm oranı yüksek, agaroz jelde ayrıştırılabilen markörlerdir. InDel markör geliştirilerek birçok bitki türünde çeşitli çalışmalar yapılmıştır. Ancak Patlıcanda (Solanum melongena L) InDel markör geliştirmek için yapılan çalışmalar sınırlıdır ve agaroz jelde ayrışabilen ürünler veren patlıcan InDel markörlerine literatürde rastlanmamıştır. Bu çalışma ile farklı patlıcan genotiplerinin, yeni nesil dizileme verileri kullanarak InDel markörleri geliştirilmesi hedeflenmiştir. InDel bölgelerinin bulunması için Dindel yazılım programı kullanılarak InDel bölgeleri belirlenmiş ve belirlenen InDel bölgeleri ile ilişkili primerler Primer3 programı kullanılarak dizayn edilmiştir. Yeni dizayn edilen InDel markörleri patlıcan genetik kaynaklarının tanımlanması, polimorfizm durumlarının belirlenerek ileride yapılacak genetik haritalama ve ıslah çalışmalarına katkı sağlaması hedeflenmektedir.
Özet (Çeviri)
Genetic diversity is very important for the sustainability of breeding programs and the transfer of new traits to cultivars. Due to the inadequacy of morphological markers in determining genetic diversity, molecular markers are preferred. Among molecular marker systems, markers such as SSR (Simple Sequence Repeat), AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) and SNP (Single Nucleotide Polymorphism) are used to determine genetic diversity, to create genetic linkage maps and to examine genome structure in many plant species. SSR and AFLP can be separated by Polyacrylamide Gel Electrophoresis. However, SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers are obtained using next generation sequencing data and require high cost. The products of InDel primers designed from both sides of the insertion-deletion sequence region are suitable to separate in agarose gel with high polymorphism rate. Various studies have been carried out in many plant species by developing InDel markers. However, studies to develop InDel markers in eggplant (Solanum melongena L) are limited and no eggplant InDel markers suitable to agarose gel electrophoresis have been found in the literature. The aim of this study was to develop InDel markers for different eggplant genotypes using next generation sequencing data. InDel regions were identified using Dindel software program and primers associated with the identified InDel regions were designed using Primer3 program. The newly designed InDel markers are aimed to contribute to future genetic mapping and breeding studies by identifying eggplant genetic resources and determining their polymorphism level.
Benzer Tezler
- Patlıcanda (solanum melongena L.) vertıcıllıum solgunluğuna dayanıklılığın kalıtımı üzerine araştırmalar
Studies on the inheritance of resistance to verticillium wilt in eggplant (solanum melongena L.)
GÖRKEM SÜLÜ
Doktora
Türkçe
2025
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET NACİ ONUS
- Patlıcanda anaç ve hat ıslahı için solanum melongena ile akraba türleri arasında melezleme olanaklarının belirlenmesi
Determination of hybridation possibilities between solanum melongena and wild relatives for rootstock and li̇ne breeding
SEVTAP DOKSÖZ BONCUKÇU
Doktora
Türkçe
2023
ZiraatTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAİF GEBOLOĞLU
- Investigation of the production of traditional dried eggplant and development of a new method for drying
Geleneksel kurutulmuş patlıcan üretiminin incelenmesi ve kurutma için yeni bir yöntem geliştirilmesi
GHAITH ODAY YAQOOB AL-QUDSI
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyokimyaGaziantep ÜniversitesiBiyokimya Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH BALCI
PROF. DR. MUSTAFA BAYRAM
- Patlıcan genotiplerinin Meloidogyne incognita'nın avirülent ve Mi-1 virülent popülasyonlarına karşı tepkilerinin incelenmesi
Investigation of reactions of eggplants genotipes against avirulent and virulent populations of Meloidogyne incognita
SERAP ÖÇAL
- Tokat koşullarında tonifruit hormonunun bazı önemli patlıcan (Solanum melongena L.) çeşitlerinin verim ve erkenciliği üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
MEHMET AKER
Yüksek Lisans
Türkçe
1990
ZiraatCumhuriyet ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDURRAHMAN YAZGAN