Laboratuvar yapımı bir PCR yöntemi ile Mycobacterium tuberculosis Kompleks'inin saptanması
Detection of Mycobacterium tuberculosis Complex by a laboratory making PCR Method
- Tez No: 880558
- Danışmanlar: PROF. DR. ALPASLAN ALP
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Tato, V. Laboratuvar Yapımı Bir Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) Yöntemi İle Mycobacterıum tuberculosıs Kompleksinin Saptanması. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji Programı, Doktora Tezi, Ankara, 2024. Bu çalışmanın amacı, senX3-regX3 gen sistemi hedef alınarak ve özgün primerler kullanılarak geliştirilen gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (real-time PCR) testinin, MTBK'nin saptanmasındaki etkinliğini ortaya koymaktır. Bu amaçla, MTBK için özgül ve iyi korunmuş bir bölge olan senX3-regX3 gen bölgesini hedef alan iki farklı primer-prob seti tasarlanmıştır. Bu çalışmada Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri Merkez Laboratuvarında TB tanısı konmuş hastaların balgam örneklerinden izole edilen 20 MTBK izolatının saf kültürlerine sekizer adet seri dilüsyon yapılarak elde edilen 160 örnek kullanılmıştır. Yirmi adet negatif kontrol grubu izolatının eklenmesiyle toplam örnek sayısı 180 olmuştur. MTBK senX3 ve regX3 hedef gen bölgeleri için tasarlanmış primer ve prob setleri ile geliştirilmiş olan iki farklı laboratuvar yapımı ('in-house') gerçek zamanlı PCR testi örneklere uygulanmıştır. Örnekler eş zamanlı olarak altın standart kültür yöntemi olarak Löwenstein-Jensen (LJ) besiyerine de ekilmiş ve elde edilen sonuçlar karşılaştırılmıştır. Çalışma sonucunda senX3 gen bölgesinin hedef alındığı laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR testinin duyarlılığı %95,8; özgüllüğü ise %95 olarak saptanmıştır. regX3 gen bölgesinin hedef olarak alındığı laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR testinde ise duyarlılık ve özgüllük sırasıyla %97,5 ve %90 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak bu çalışmada MTBK saptanması amacıyla geliştirilen laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR tanı testi için hedef olarak seçilen senX3-regX3 gen bölgesi ile ümit verici sonuçlar alınmıştır. Bu bölgenin farklı moleküler tanı yöntemlerinin geliştirilmesinde iyi bir hedef bölge olabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Tato, V. Detection of Mycobacterıum tuberculosis Complex by A Laboratory-Made Polymerase Chain Reaction (PCR) Method. Hacettepe University Graduate School of Health Sciences, PhD Thesis in Microbiology, Ankara, 2024. The aim of this study is to demonstrate the effectiveness of the real-time PCR method, developed by targeting the senX3-regX3 gene system and using specific primers, in detecting MTBC pathogen. For this purpose, two different primer-probe sets were designed targeting the senX3-regX3 gene region, which is a specific and well-conserved region for MTBC. In this study, 160 samples obtained by preparing eight serial dilutions of pure cultures of 20 MTBC isolates isolated from sputum samples of patients diagnosed as tuberculosis at Hacettepe University Hospitals Central Laboratory were used. With the addition of twenty negative control group isolates, the total number of samples became 180. Two different laboratory-made real-time PCR tests developed with primer and probe sets designed for MTBC senX3 and regX3 target gene regions were applied to the samples. The samples were simultaneously inoculated on Löwenstein-Jensen (LJ) medium as the gold standard culture method and the results were compared. As a result of the study, the sensitivity of the laboratory-made ('in-house') real-time PCR test targeting the senX3 region was found to be 95.8% and the specificity was found to be 95%. The sensitivity and specificity for the laboratory-made real-time PCR test targeting the regX3 gene region, were found to be 97.5% and 90%, respectively. As a result of this study, promising results were obtained with the senX3-regX3 gene region selected as the target for the laboratory-made real-time PCR diagnostic test developed for the detection of MTBK. It is thought that this region may be a good target region for the development of different molecular diagnostic methods.
Benzer Tezler
- İnsan papilloma virüsünün saptanmasındalaboratuvar yapımı LAMP yönteminin etkinliğinindeğerlendirilmesi
O, evaluation of the efficacy of laboratory made lamp method indetection of human papilloma virus
ONUR TAŞÇI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPASLAN ALP
- Akut alt solunum yolu enfeksiyonu tanısı ile hastane yatışı yapılan çocuklarda solunum panelinde saptanan viral etkenlerin klinik ve laboratuvar yansımalarının değerlendirilmesi
Evaluation of the clinical and laboratory reflections of viral pathogens detected in the respiratory panel of children hospitalized with a diagnosis of acute lower respiratory tract infection
FATİH AHMET EROL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM ETEM PİŞKİN
- Increasing the substrate specificity of geobacillus stearothermophilus LDH by using iterative saturation mutagenesis
Tekrarlamalı doygunluk mutagenez yöntemi ile geobacıllus stearothermophılus LDH'ın substrat özgüllüğünün artırılması
AŞKIN SEVİNÇ ASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
YRD. DOÇ. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
- Кымыздан бөлүнүп алынган сүт кычкыл бактерияларынын мпчр методу менен идентификациялоо
Kımızdan izole edilen laktik asit bakterilerin mpcr metodu ile identifikasyonu
RUSLAN ADİL AKAİ TEGİN
Doktora
Kırgızca
2017
Gıda MühendisliğiKırgızistan-Türkiye Manas ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ANARSEİT DEYDİYEV
- Dışkıda giardia intestinalis tanısında üç yöntemin (mikroskobik inceleme, direkt floresan antikor testi, immunokromatografik yöntem) karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
Comparison evaluation of three methods (microscopic examination, direct fluorescent antibody assay, immunochromatographic method) in diagnosis of giardia intestinalis in stool specimens
SENEM YAMAN KARADAM
Doktora
Türkçe
2014
ParazitolojiAdnan Menderes ÜniversitesiTıbbi Parazitoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMA ERTUĞ