Geri Dön

İnsan papilloma virüsünün saptanmasındalaboratuvar yapımı LAMP yönteminin etkinliğinindeğerlendirilmesi

O, evaluation of the efficacy of laboratory made lamp method indetection of human papilloma virus

PDF İndir

  1. Tez No: 893837
  2. Yazar: ONUR TAŞÇI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ALPASLAN ALP
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 86

Özet

İnsan Papilloma Virüsleri (Human papilloma virüs: HPV) insanlarda cilt ve mukoza enfeksiyonlarına sebep olan DNA virüsleridir. HPV enfeksiyonu, en sık görülen cinsel yolla bulaşan enfeksiyonlar arasında birinci sıradadır. Günümüzde 200'den fazla HPV tipi tanımlanmıştır ve yüksek riskli (high risk: HR) tipler olarak bilinen onkojenik HPV tiplerinin neden olduğu kalıcı enfeksiyon, kanser öncülü lezyonlara ve kansere neden olabilmektedir. Bunlar arasında da HPV 16 ve HPV 18 tipleri en yüksek karsinojenik potansiyele sahip olanlardır. HR HPV tiplerinin neden olduğu kanserler arasında serviks kanseri ilk sırada gelmektedir ve serviks kanseri olgularının çoğunluğu HPV 16 ve HPV 18 enfeksiyonlarından kaynaklanmaktadır. Uygun aşılama ve tarama programları sayesinde serviks kanseri gelişmesine engel olunabilmektedir. Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında servikal sürüntülerden HPV DNA varlığının araştırılması ve HPV genotiplemesi amacıyla PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) temelli testler kullanılmaktadır. PZR için termal döngü cihazı gibi özel bir ekipman, önemli miktarda zaman ve eğitimli personel gerekmektedir. Bu gerekliliklerinden ötürü, PZR testlerine ulaşabilen birey sayısı sınırlıdır. PZR'nin bilinen zorluklarına çözüm olması amacıyla Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification: LAMP) olarak bilinen yöntem geliştirilmiştir. LAMP yöntemi ile kompleks laboratuvar cihazlarına ihtiyaç duyulmadan, 60-65°C sabit sıcaklıkta ve kısa bir sürede DNA amplifikasyonu gerçekleştirilebilmektedir. Bu çalışmada, serviks kanseri olgularının büyük çoğunluğundan sorumlu olan HPV 16 ve HPV 18 genotiplerinin klinik örneklerden saptanmasında LAMP yönteminin etkinliğini değerlendirmek amaçlanmıştır. Bir yıl boyunca moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında PZR testi sonuçlandırılan örnekler içerisinde HPV 16 ve HPV 18 pozitif olanlar ileriye dönük olarak toplanmıştır. Toplamda 288 adet servikal sürüntü örneğinden 259 adet HPV 16 ve 29 adet HPV 18 elde edilmiştir. LAMP için primer tasarlanması ve LAMP optimizasyonu yapıldıktan sonra tüm izolatlar LAMP deneylerine dahil edilmiştir. LAMP yönteminin HPV 16 5 ve HPV 18 saptamadaki performansını değerlendirmek için PZR sonuçları referans alınmıştır. Elde edilen sonuçlara göre LAMP yönteminin HPV 16 için duyarlılığı %97 ve özgüllüğü %100 olarak saptanırken, HPV 18 için ise duyarlılık %86 ve özgüllük %91 olarak saptanmıştır. LAMP yönteminin tespit edebileceği minimum virüs miktarının HPV 16 ve HPV 18 genotiplerinin her ikisi için de 10 IU/mL olduğu tespit edilmiştir. Çalışmada, LAMP yöntemi ile servikal sürüntülerden DNA izolasyonu yapılmadan da HPV 16 ve HPV 18 saptamanın mümkün olduğu görülmüştür. Bunun yanı sıra LAMP reaksiyon ürünlerinin tespitinde Sybr Green boyası veya yanal akış şeridi kullanarak görsel sonuç almanın mümkün olduğu görülmüştür. Sonuç olarak; LAMP yönteminin HPV 16 ve HPV 18 saptanması için laboratuvarda veya hasta başı test uygulamasında faydalı bir yöntem olabileceği düşünülmüştür. Örnek sayısı ve çeşitliliği arttırılarak, yöntemin performansını geliştirici çalışmalara ihtiyaç olduğu kanısına varılmıştır.

Özet (Çeviri)

Human Papillomaviruses (HPV) are DNA viruses that cause skin and mucous membrane infections in humans. HPV infection ranks first among the most common sexually transmitted infections. Today, more than 200 HPV types have been identified and persistent infection caused by oncogenic HPV types known as high risk (HR) types can cause precancerous lesions and cancer. Among these, HPV 16 and HPV 18 types have the highest carcinogenic potential. Cervical cancer ranks first among cancers caused by HR HPV types and the majority of cervical cancer cases are caused by HPV 16 and HPV 18 infections. Appropriate vaccination and screening programmes can prevent the development of cervical cancer. In clinical microbiology laboratories, PCR (Polymerase Chain Reaction) based tests are used to investigate the presence of HPV DNA in cervical swabs and for HPV genotyping. PCR requires specialised equipment such as a thermal cycler, a significant amount of time and trained personnel. Due to these requirements, the number of individuals who can access PCR tests is limited. As a solution to the known difficulties of PCR, a method known as Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) has been developed. With the LAMP method, DNA amplification can be performed at a constant temperature of 60-65°C and in a short time without the need for complex laboratory equipment. In this study, we aimed to evaluate the efficiency of the LAMP method in the detection of HPV 16 and HPV 18 genotypes, which are responsible for the majority of cervical cancer cases, in clinical samples. Among the samples whose PCR tests were completed in the molecular microbiology laboratory for a year, HPV 16 and HPV 18 positive samples were collected prospectively In total, 259 HPV 16 and 29 HPV 18 were obtained from 288 cervical swab samples. After primer design for LAMP and LAMP optimisation, all isolates were included in LAMP experiments. PCR results were taken as reference to evaluate the performance of LAMP method in HPV 16 and HPV 18 detection. According to the results obtained, the sensitivity and specificity of the LAMP 7 method for HPV 16 were 97% and 100%, respectively, while the sensitivity and specificity for HPV 18 were 86% and 91%, respectively. The minimum amount of virus detected by the LAMP method was found to be 10 IU/mL for both HPV 16 and HPV 18 genotypes. The study showed that it was possible to detect HPV 16 and HPV 18 by LAMP method without DNA isolation from cervical swabs. It was observed that it was possible to obtain visual results by using Sybr Green stain or lateral flow strip in the detection of LAMP reaction products. As a result, it was concluded that the LAMP method can be a useful method for the detection of HPV 16 and HPV 18 in the laboratory or in bedside testing. It was concluded that studies are needed to improve the performance of the method by increasing the number and variety of samples.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    242036

    İnsan papilloma virüsünün (HPV) servikal kanser gelişimi üzerinde oluşturduğu genetik değişikliklerin floresan ın situ hibridizasyon (FISH) yöntemiyle incelenmesi

    Detecting genetic alterations of human papilloma virus (HPV) by flourescance in situ hybridization (FISH) tecnique in cervical cancer

    AYŞE GİZEM GIRAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    GenetikEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BEYHAN DURAK ARAS

  2. Tez No

    91057

    Servikal neoplazilerde insan papilloma virüsünün (HPV) in situ hibridizasyon yöntemi ile araştırılması

    Başlık çevirisi yok

    ALİ AHMED MUHAMAD

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    OnkolojiMarmara Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

  3. Tez No

    814967

    Kadınlarda meme ve rahim ağzı kanseri ile ilişkili insan papilloma virüsünün 18, 16, 31 ve 35 genotiplerinin epidemiyolojik ve moleküler çalışması

    Epidemiological and molecular study of genotypes 18, 16, 31 and 35 of the human papilloma virus associated with breast and cervical cancer in women

    QASIM MOHAMMED OTHMAN ALBAKKA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN

    PROF. DR. BASİM ABDULHUSSEİN CERULLAH

  4. Tez No

    818685

    Sağlık çalışanlarında İnsan Papilloma Virüsü farkındalık düzeyi

    Awareness level Of Human Papilloma Virus in healthcare workers

    BERK DINLAMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıTekirdağ Namık Kemal Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞİN NALBANTOĞLU

  5. Tez No

    839795

    Determining viral detection efficiency of CRİSPR-Cas12a enzymes

    CRISPR-Cas12a enzimlerinin kullanılarak viral tespit veriminin belirlenmesi

    TUĞBA KIRKIK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyoteknolojiİstanbul Medipol Üniversitesi

    Moleküler Tıp ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜLEYMAN ÜÇÜNCÜOĞLU

Geri Dön