Geri Dön

Pulsed-field jel elektoforez yöntemi ile domates ve biberde yaprak lekesi etmeni (xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria)'nın genom büyüklüğünün saptanması ve fiziksel haritasının oluşturulması

Genome size and physical map of a causal agent of tomato and pepper leaf spot disease (xanthomonas axonopodis pv., vesicatoria) by pulsed-field electrophoresis

  1. Tez No: 88141
  2. Yazar: ESİN BASIM
  3. Danışmanlar: PROF. DR. OKTAY YEĞEN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 1998
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 103

Özet

öz PULSED-FIELD JEL ELEKTROFOREZ YÖNTEMİ İLE DOMATES VE BİBERDE YAPRAK LEKESİ ETMENİ (Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria) ' NIN GENOM BÜYÜKLÜĞÜNÜN SAPTANMASI VE FİZİKSEL HARİTASININ OLUŞTURULMASI Esin BASIM Doktora Tezi, Bitki Koruma Anabilim Dalı 1. Danışman: Prof. Dr. Oktay YEĞEN 2. Danışman: Prof. Dr. Jeffrey B. JONES Ağustos 1998, 83 Sayfa Bu çalışmada, Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria' nın genom büyüklüğü ve bir başlangıç fiziksel haritası pulsed -field jel elektroforez (PFGE) ve az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleriyle tanımlanmıştır. 32 az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleri farklı kesim koşulları altında X. a. vesicatoria' nın kromozomundan büyük DNA fragmentleri oluşturmak amacıyla test edilmiştir ve PFGE ile bu fragmentlerin ayrılması amacıyla farklı yürütme programları kullanılmıştır. Spe I (5' -ACTAGT- 3'), Pac I (5' -TTAATTAA- 3'), Swa I (5' - ATTTAAAT- 3') ve Ase I (5' -ATTAAT- 3') enzimleri 6 ile 30 adet DNA fragmentleri oluşturmuşlar ve optimum koşullar altında ayrılmışlardır. Her bir ırkın genomik büyüklüğü PFGE ile ayrılan DNA fragmentlerinin büyüklükleri toplanarak tespit edilmiştir ve ırka bağlı olarak büyüklükler 4000 kb' den 5000 kb' ye kadar değişmiştir. Spe I, Pac I ve Swa I enzimlerinin oluşturduğu fragmentler X. a. vesicatoria XvP26' in fiziksel haritasının oluşturulması için kullanılmıştır. XvP26 ırkının genom büyüklüğü Spe I, Pac I ve Swa I enzimleri kullanılarak 5055 kb olarak tespit edilmiştir, hrp, avrBs2, pig ve avrRxv gen lokusları Spe I, Pac I ve Swa I ile kesilen ve PFGE ile ayrılan DNA fragmentleri üzerine Southern hibridizasyon tekniği ile bu genlerin yerleri belirlenmiştir.ANAHTAR KELİMELER: Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria, Pulsed-Field Jel Elektroforez (PFGE), Fiziksel haritalarına, Az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleri, Genom analizi, CHEF-DR II sistemi, domates ve biber bakteriyel leke hastalığı, Genetik haritalama JÜRİ: Prof. Dr. Oktay YEĞEN (Akdeniz Üniversitesi, Antalya) Prof. Dr. Jeffrey B. JONES (Florida Üniversitesi, USA) Doç. Dr. Sara DOLAR (Ankara Üniversitesi, Ankara)

Özet (Çeviri)

ABSTRACT GENOME SIZE AND PHYSICAL MAP OF A CAUSAL AGENT OF TOMATO AND PEPPER LEAF SPOT DISEASE (Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria) BY PULSED-FIELD GEL ELECTROPHORESIS Esin BASIM Ph. D. Dissertation in Department of Plant Protection Advisor : Prof. Dr. Oktay YEDEN Co-Advisor : Prof. Dr. Jeffrey B. JONES August 1998, 83 Pages The genome size and a preliminary physical map of Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria were determined by Pulsed-Field Gel Electrophore sis (PFGE) and a rare-cutting restriction enzymes in this research. Thirty -two rare-cutting restriction enzymes were tested for their ability to generate macrorestriction DNA fragments from the chromosome of X. a. vesicatoria under different digestion conditions and different running programs and were used for separation of the fragments by PFGE. The enzymes Spe I (5' - ACTAGT -3'), Pac I (5' -TTAATTAA- 3'), Swa I (5' -ATTTAAAT- 3') and Ase I (5' -ATTAAT- 3') yielded 6-30 DNA fragments and were separated under opti mum conditions. The genomic size of each strain was determined by adding the sizes of DNA fragments separated by PFGE, and the size varied from 4000 to 5000 kb depending upon the strain. Fragments generated by Spe I, Pac I and Swa I were used for construction of a physical map of the X. a. vesicatoria XvP26. Genome size of the strain XvP26 was determined as 5055 kb with Spe I, Pac I and Swa I enzymes. The hrp, avrBs2, pig and avrRxv loci were located by Southern hybridization on DNA fragments digested with Spe I, Pac I and Swa I and separated by PFGE.KEY WORDS : Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria, Pulsed- Field Gel Electrophoresis (PFGE), Physical map Rare - cutting enzymes, Genome analysis, CHEF - DR II system, Bacterial spot disease in pepper and tomato, Genetic map COMMITTEE : Prof. Dr. Oktay YE?EN (Akdeniz University, Antalya) Prof. Dr. Jeffrey B. JONES (University of Florida, USA) Assoc. Prof. Dr. Sara DOLAR (Ankara University, Ankara) IV

Benzer Tezler

  1. Tez No

    371724

    Salmonella surveillance on fresh produce and inactivation by high hydrostatic pressure

    Taze sebzelerde Salmonella incelenmesi ve yüksek hidrostatik basınç ile inaktivasyon

    ELİF GÜNEL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER

    PROF. DR. HAMİ ALPAS

  2. Tez No

    315871

    Çeşitli escherichia coli suşlarının pulsed field jel elektroforez yöntemi ile tiplendirilmesi, plazmit profilleri ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması

    Typing of various escherichia coli strains by pulsed field gel electrophoresis method, investigation of their plazmid profiles and antibiotic susceptibilities

    AHMET UYSAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. UĞUR ARSLAN

    PROF. DR. YUSUF DURAK

  3. Tez No

    494679

    İzmir, Manisa ve Uşak illerindeki kanatlılardan elde edilen salmonella izolatlarında virülans faktörlerinin, antimikrobiyal ve dezenfektan duyarlılıklarının ve klonal yakınlığın araştırılması

    Investigation of antimicrobial and disinfectant susceptibility, virulence factors and clonal relatedness of winged animals' salmonella isolates from İzmir, Manisa and Uşak

    ERCÜMENT ERTUNÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiEge Üniversitesi

    Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞAFAK ERMERTCAN

  4. Tez No

    447290

    Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında direnç genleerinin belirlenmesi ve direnç plazmitlerinin polimeraz zincir reaksiyonu temelli replikon tiplendirmesi

    Characterization of resistance genes and polymerase chain reaction based replicon typing in carbapenem resistant klebsiella pneumoniae, department of clinical microbiology

    FATMA ERDEM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ

  5. Tez No

    542217

    Yaygın-dirençli acinetobacter baumannii izolatlarının pulsed field jel elektroforezi yöntemi ile genotiplendirilmesi

    Genotyping of extrem-resistant acinetobacter baumannii strains by pulsed field gel electrophoresis

    BÜŞRA PEKİNCE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UĞUR ARSLAN

Geri Dön