Geri Dön

Pulsed-field jel elektoforez yöntemi ile domates ve biberde yaprak lekesi etmeni (xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria)'nın genom büyüklüğünün saptanması ve fiziksel haritasının oluşturulması

Genome size and physical map of a causal agent of tomato and pepper leaf spot disease (xanthomonas axonopodis pv., vesicatoria) by pulsed-field electrophoresis

  1. Tez No: 88141
  2. Yazar: ESİN BASIM
  3. Danışmanlar: PROF. DR. OKTAY YEĞEN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria, Pulsed-Field Jel Elektroforez (PFGE), Fiziksel haritalarına, Az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleri, Genom analizi, CHEF-DR II sistemi, domates ve biber bakteriyel leke hastalığı, Genetik haritalama, Biber, Bitki koruma, Domates, Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria, Pulsed- Field Gel Electrophoresis (PFGE), Physical map Rare - cutting enzymes, Genome analysis, CHEF - DR II system, Bacterial spot disease in pepper and tomato, Genetic map COMMITTEE : Prof. Dr. Oktay YE?EN (Akdeniz University, Antalya) Prof. Dr. Jeffrey B. JONES (University of Florida, USA) Assoc. Prof. Dr. Sara DOLAR (Ankara University, Ankara) IV, Pepper, Plant protection, Tomato, Genetic mapping
  7. Yıl: 1998
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

öz PULSED-FIELD JEL ELEKTROFOREZ YÖNTEMİ İLE DOMATES VE BİBERDE YAPRAK LEKESİ ETMENİ (Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria) ' NIN GENOM BÜYÜKLÜĞÜNÜN SAPTANMASI VE FİZİKSEL HARİTASININ OLUŞTURULMASI Esin BASIM Doktora Tezi, Bitki Koruma Anabilim Dalı 1. Danışman: Prof. Dr. Oktay YEĞEN 2. Danışman: Prof. Dr. Jeffrey B. JONES Ağustos 1998, 83 Sayfa Bu çalışmada, Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria' nın genom büyüklüğü ve bir başlangıç fiziksel haritası pulsed -field jel elektroforez (PFGE) ve az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleriyle tanımlanmıştır. 32 az sıklıkla kesen restriksiyon enzimleri farklı kesim koşulları altında X. a. vesicatoria' nın kromozomundan büyük DNA fragmentleri oluşturmak amacıyla test edilmiştir ve PFGE ile bu fragmentlerin ayrılması amacıyla farklı yürütme programları kullanılmıştır. Spe I (5' -ACTAGT- 3'), Pac I (5' -TTAATTAA- 3'), Swa I (5' - ATTTAAAT- 3') ve Ase I (5' -ATTAAT- 3') enzimleri 6 ile 30 adet DNA fragmentleri oluşturmuşlar ve optimum koşullar altında ayrılmışlardır. Her bir ırkın genomik büyüklüğü PFGE ile ayrılan DNA fragmentlerinin büyüklükleri toplanarak tespit edilmiştir ve ırka bağlı olarak büyüklükler 4000 kb' den 5000 kb' ye kadar değişmiştir. Spe I, Pac I ve Swa I enzimlerinin oluşturduğu fragmentler X. a. vesicatoria XvP26' in fiziksel haritasının oluşturulması için kullanılmıştır. XvP26 ırkının genom büyüklüğü Spe I, Pac I ve Swa I enzimleri kullanılarak 5055 kb olarak tespit edilmiştir, hrp, avrBs2, pig ve avrRxv gen lokusları Spe I, Pac I ve Swa I ile kesilen ve PFGE ile ayrılan DNA fragmentleri üzerine Southern hibridizasyon tekniği ile bu genlerin yerleri belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT GENOME SIZE AND PHYSICAL MAP OF A CAUSAL AGENT OF TOMATO AND PEPPER LEAF SPOT DISEASE (Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria) BY PULSED-FIELD GEL ELECTROPHORESIS Esin BASIM Ph. D. Dissertation in Department of Plant Protection Advisor : Prof. Dr. Oktay YEDEN Co-Advisor : Prof. Dr. Jeffrey B. JONES August 1998, 83 Pages The genome size and a preliminary physical map of Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria were determined by Pulsed-Field Gel Electrophore sis (PFGE) and a rare-cutting restriction enzymes in this research. Thirty -two rare-cutting restriction enzymes were tested for their ability to generate macrorestriction DNA fragments from the chromosome of X. a. vesicatoria under different digestion conditions and different running programs and were used for separation of the fragments by PFGE. The enzymes Spe I (5' - ACTAGT -3'), Pac I (5' -TTAATTAA- 3'), Swa I (5' -ATTTAAAT- 3') and Ase I (5' -ATTAAT- 3') yielded 6-30 DNA fragments and were separated under opti mum conditions. The genomic size of each strain was determined by adding the sizes of DNA fragments separated by PFGE, and the size varied from 4000 to 5000 kb depending upon the strain. Fragments generated by Spe I, Pac I and Swa I were used for construction of a physical map of the X. a. vesicatoria XvP26. Genome size of the strain XvP26 was determined as 5055 kb with Spe I, Pac I and Swa I enzymes. The hrp, avrBs2, pig and avrRxv loci were located by Southern hybridization on DNA fragments digested with Spe I, Pac I and Swa I and separated by PFGE.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    371724

    Salmonella surveillance on fresh produce and inactivation by high hydrostatic pressure

    Taze sebzelerde Salmonella incelenmesi ve yüksek hidrostatik basınç ile inaktivasyon

    ELİF GÜNEL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER

    PROF. DR. HAMİ ALPAS

  2. Tez No

    315871

    Çeşitli escherichia coli suşlarının pulsed field jel elektroforez yöntemi ile tiplendirilmesi, plazmit profilleri ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması

    Typing of various escherichia coli strains by pulsed field gel electrophoresis method, investigation of their plazmid profiles and antibiotic susceptibilities

    AHMET UYSAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. UĞUR ARSLAN

    PROF. DR. YUSUF DURAK

  3. Tez No

    359402

    Çoğul ilaç dirençli Acinetobacter baumanii izolatlarının pulsed-fıeld gel electrophoresıs ile klonal ilişkisinin araştırılması

    The investi̇gati̇on of clonal relati̇onshi̇p among multi̇ple drug resi̇stant aci̇netobacter baumani̇i̇ isolates wi̇th pulsed-fi̇eld gel electrophoresi̇s

    MEHMET REŞAT CEYLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA KASIM KARAHOCAGİL

  4. Tez No

    267462

    Hastane infeksiyonlarından izole edilen vankomisin dirençli enterokokların pulsed field jel elektroforez yöntemiyle genotip tayini

    The genotyping of vancomycine resistant enterococci isolated nosocomial infections with pulsed field gel electrophoresis

    BERİL AKÇİMEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    MikrobiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH KÖKSAL

  5. Tez No

    574348

    Kromozomal DNA ayrımında kullanılan düşük maliyetli atımlı alan elektroforez cihazının tasarımı ve optimizasyonu

    Design and optimization of low cost pulse field electrophoresis device used in chromosomal DNA separation

    BURAK KOZAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyoteknolojiMersin Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ İBRAHİM KÜÇÜKKARA

Geri Dön