Detection of peach fruit mycobiome by using high-throughput sequencing
Şeftali meyve mikobiyomunun yüksek çıktılı dizileme kullanılarak belirlenmesi
- Tez No: 883742
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HİLAL ÖZKILINÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 53
Özet
Mikobiyom, bir konukçu üzerinde bulunan tüm fungal türlerin oluşturduğu yapı olarak tanımlanmaktadır. Mikobiyom içerisinde farklı mutualist veya patojen gibi farklı yaşam döngülerine sahip fungal türler bulunmaktadır. Konukçu geliştikçe fungal türler arasındaki dengenin korunması, yalnızca konukçu sağlığı için değil, bu fungal türlerin ekosistemdeki rolleri için de elzemdir. Aynı ortamda bulunan fungal türler, besin elde etme ve kendilerini diğer türlere karşı savunma gibi moleküler yolaklar ile sürekli olarak birbirleri ile etkileşim halindedirler. Mikobiyom yapısı, fungal türler arasındaki bu etkileşimler ile birlikte, konukçunun fungal türlere karşı tepkisi ve iklimsel veya insan kaynaklı stres faktörlerinin de etkisi altındadır. Bu tezde, şeftali meyve mikobiyomunun kompozisyonu, konukçunun farklı gelişim dönemlerinde ticari üretim gerçekleştirilen bir bahçeden örneklemeler gerçekleştirilerek ve yüksek çıktılı dizileme teknolojileri ile meta-barkodlama yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Biyoinformatik yöntemler ile taksonomik anotasyonları gerçekleştirilen fungal türlerin farklı dönemlerdeki bulunma yüzdelikleri belirlenmiş, biyoçeşitlilik analizleri ile meyve gelişim dönemleri boyunca mikobiyomdaki biyoçeşitliliği ortaya çıkarılmıştır. Sonuçlar konukçu olan şeftali meyvesi geliştikçe mikobiyom çeşitliliğinin önemli ölçüde azaldığını göstermiştir. Bununla birlikte, özellikle patojen fungal türlerin mikobiyomda baskınlık kurduğu, ancak bulunma oranlarının yüksek olmasına rağmen hastalık belirtisinin belirli bir orana kadar görülmediği belirlenmiştir. Çalışmada aynı zamanda Monilinia polystroma patojen türü Türkiye'de ilk kez tespit edilmiştir. Bu çalışmada, konukçu yüzeyinde yer alan fungal türlerin dinamiği ortaya çıkarılmış ve fungal türler arasındaki karmaşık etkileşimlerin anlaşılmasına katkı sunmuştur. Meyve v yüzey mikobiyom çalışmaları için de izlenen metod ve biyoionformatik analizlerle başarılı bir optimizasyon sağlanmıştır. Bu veriler aynı zamanda patojenler ile mücadele stratejilerinin geliştirilmesine katkı potansiyeli de sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Mycobiome is defined as the structure formed by fungal species found on host. Fungal species with different lifecycles such as mutualists and pathogens form the mycobiome. Maintaining balance between fungal species as host body grows is important for host health, and role of these fungal species in the ecosystem. Fungal species in the same environment constantly interact with each other through molecular pathways for means such as nutrient intake and defense. Mycobiome structure is influenced by these interactions, along with host response and climatic or human-induced stress factors. In this thesis, peach fruit mycobiome composition was determined by obtaining samples from a commercial orchard at different host development stages and by using high-throughput sequencing technologies with metabarcoding. Occurrence percentages of fungal species, taxonomically annotated through bioinformatics, in different periods were determined, and through biodiversity analysis, effects of fruit development stages and abiotic factors on mycobiome diversity were shown. Results showed that mycobiome diversity decreased significantly as host peach fruit developed. However, it was shown that especially the pathogenic fungal species were dominant, although their occurrence percentages are high, disease symptoms were not observed up to a certain level. Additionally, pathogenic fungal species Monilinia polystroma was detected for the first time in Turkey. This study has revealed fungal species dynamics on host surfaces and contributed to understanding complex interactions between fungal species. Methods and bioinformatic analyses followed for fruit surface mycobiome studies were successfully optimized. The vii obtained data also offer the potential to contribute to management strategy development against fungal pathogens.
Benzer Tezler
- Sert çekirdekli meyve ağaçlarında görülen Peach latent mosaic viroid (PLMVd) ve hop stunt viroid (HSVd)'lerinin RT-PCR yöntemi ile tanılanmasına yönelik çalışmalar
Studies on the detection of peach latent mosaic viroid (PLMVd) and hop stunt viroid (HSVd) on stone fruits by using reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR)
KAMİL DUMAN
- Olgunlaşmamış şeftali meyvesini doğal bahçe koşullarında alınmış görüntülerde görüntü işleme teknikleri ve yapay sınıflandırıcılarla saptayarak sayan algoritmaların geliştirilmesi
Developping algorithms to detect and count immature peach in colour images acquired in natural orchard conditions using image processing and artificial classifiers
FERHAT KURTULMUŞ
Doktora
Türkçe
2012
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolUludağ ÜniversitesiTarım Makineleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ VARDAR
- Ankara' da tüketime sunulan meyve sularında furfural bileşiklerinin miktarlarının araştırılması
Investigation of furfural compounds amounts in fruit juices consumed in Ankara
CEREN SÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Besin Hijyeni ve TeknolojisiGazi ÜniversitesiBesin Analizleri ve Beslenme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLDEREN YENTÜR
- Farklı türden meyve sularının doğal sorbitol içeriği
Natural sorbitol content of fruit juices from different species
SERCAN KARAV
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AZİZ EKŞİ
- Isparta kiraz üretim alanlarında görülen önemli virüslerin serolojik ve moleküler yöntemlerle teşhisi ve kılıf protein gen dizilimlerinin belirlenmesi
Detection of important viruses on cherry production region of Isparta by serological, moloculer methods and determination of coat protein gene sequences
YUSUF ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAYRAM ÇEVİK