Tüm ekzom dizi analizi normal olarak sonuçlanan hastaların verilerinin güncel literatür ve veri tabanları eşliğinde yeniden analizi
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 884249
- Danışmanlar: PROF. DR. CAVİDAN NUR SEMERCİ GÜNDÜZ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Moleküler genetik, Molecular genetic
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Bilkent Şehir Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmada varyant analizinde kullanılan kriterlerin güncel literatür eşliğinde araştırılması ve tüm ekzom dizi analizi normal olarak raporlanmış hastaların verilerinin yeniden analiz edilmesiyle tanısal fayda sağlanması amaçlanmıştır. Tanısal gücün arttırılmasında fenotipten sorumlu olabilecek yeni tanımlanmış genlerin bulunması, varyant kalite filtrelemesinde kapsam dışı kalan varyantların da değerlendirmeye alınması ve klinik önemi bilinmeyen varyantların detaylı incelenmesi amaçlandı. Gereç ve yöntem: Bu araştırmaya 2020-2021 yılları arasında Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Tıbbi Genetik Polikliniğine hastalık etyolojisi araştırılması nedeniyle başvurmuş olan ve tüm ekzom dizileme çalışması yapılarak normal sonuçlanmış 10 hastanın verileri dahil edildi. Python yazılım dilinde Pandas kütüphanesi kullanılarak Visual Studio Code metin editöründe filrelemeler yapılıp; Matplotlib ve Seaborn kütüphaneleri kullanılarak, filtreleme basamakları görselleştirildi. Bulgular: Yeniden analiz sonrasında, bir hastada kliniği tam olarak açıklayan compound heterozigot muhtemel patojenik iki varyant gösterildi. Bir hastada hem kliniğe katkı sağlayabilecek muhtemel patojenik varyant hem de de novo olması halinde kliniği açıklayabilecek klinik önemi belirsiz varyant tespit edildi. Ek olarak dört hastada de novo olması halinde kliniği açıklayacağını düşündüğümüz, iki hastada ise trans olması halinde kliniği açıklayabilecek klinik önemi belirsiz varyantlar gösterildi. İki hastada ise yeniden analiz moleküler tanıya ek katkı sağlamamıştır. Hastaların yeniden analiz zamanı 23 ay-38 ay aralığındadır (ortalama: 32.5 ay). Sonuç: Tüm ekzom dizi analizi sonucunda ortaya çıkan büyük veri birçok filtreden geçirilerek analiz edilmektedir. Filtreleme basamakları algoritması kurulmuş ve klinik fenotipe neden olabilecek genler seçilerek yeniden analiz yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
Aim: The aim of this study was to investigate the criteria used in variant analysis in accordance with the current literature, and to achieve diagnostic benefits by reanalyzing the data of patients whose whole exome sequencing analysis had been reported as normal. The objectives included identifying newly defined genes that may be responsible for the phenotype to enhance diagnostic power, considering variants that were excluded from variant quality filtering, and conducting a detailed examination of variants with unknown clinical significance. Materials and Methods: This research included the data of 10 patients who had applied to the Medical Genetics Clinic at Ankara Bilkent City Hospital between 2020 and 2021 for the investigation of disease etiology and had undergone whole exome sequencing analysis, which yielded normal results. Filtering steps were performed using the Pandas library in the Python programming language, and the Visual Studio Code text editor was utilized. The filtering steps were visualized using the Matplotlib and Seaborn libraries. Results: After reanalysis, a patient was found to carry two potentially pathogenic compound heterozygous variants that fully explain the clinical presentation. In another patient, both a potentially pathogenic variant with potential contribution to the clinical phenotype and a variant of uncertain clinical significance, which could explain the phenotype if it is a de novo variant, were identified. Additionally, four patients were found to have de novo variants that are believed to explain the clinical presentation, and in two patients, variants of uncertain clinical significance, which could explain the phenotype if they are in a trans configuration, were identified. In two patients, the reanalysis did not provide any additional contribution to the molecular diagnosis. The time for reanalysis of patients ranges from 23 months to 38 months (mean: 32.5 months). Conclusion: The large dataset obtained from the whole exome sequencing analysis undergoes analysis by passing through multiple filters. A filtering algorithm has been established, and the filtering steps involve selecting genes that could potentially contribute to the clinical phenotype for reanalysis.
Benzer Tezler
- Kuyruk modelleri ve analizi üzerine bir uygulama
Başlık çevirisi yok
DİDEM ÖZPULAT
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
İstatistikEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİKRET İKİZ
- Adolesan intihar girişimlerinin psiko-sosyal nedenleriyle ilgili araştırma
Başlık çevirisi yok
NAZMİYE YÜKSEL
- Türkiye'de serebral hareket bozukluklarının etiyolojisi epidemiyolojisi ve bazı klinik özellikleri
Başlık çevirisi yok
AŞER BENSUSAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1986
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Çocuklarda akut stres hiperglisemisinde hormonal değişikliklerin ve kısa süreli prognozun incelenmesi
Başlık çevirisi yok
AYGÜN DİNDAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Hemşireliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜLYA GÜNÖZ
- Pulmoner hipertansiyon etyopatogenezinde prostasiklin ve lökotrien C4'ün rolü
Possible role of leukotrien C4 and prostacyclin in the development of pulmonary hypertension
ÜLKÜ AYBERK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı