DNA verilerinin sayısallaştırma tekniklerinin incelenmesi ve genomik çalışma alanlarına uygulanması
Examination of DNA data digitization techniques and application to genomic study areas
- Tez No: 884792
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BİHTER DAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Fırat Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Yazılım Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Yazılım Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Genomik sinyal işleme uygulamaları için analog DNA dizilerinin sayısallaştırılması gerekmektedir. Bu sayısal haritalama teknikleri, genomik çalışmalarda amaçlanan hedefe ulaşmada sistemin performansını büyük ölçüde etkilemektedir. Tezin iki temel amacı bulunmaktadır. Bunlardan ilki, biyoenformatik alanında DNA dizilerinin sayısallaştırılmasında kullanılan ve son yıllarda popülerlik kazanan sayısal haritalama tekniklerinin detaylı incelenmesinin sağlanması, bu sayısal haritalama tekniklerinin protein kodlayan bölgeler ile ilgili uygulamalarda performansı nasıl etkilediğinin analiz edilmesidir. Bu amaçla son 10 yılda yapılan çalışmalarda literatürde sunulan 50 tane sayısal kodlama tekniği incelenmiş, bu tekniklerin sayısal temsilleri örnek bir DNA dizisinde verilmiş ve her bir kodlama tekniğinin avantaj ve dezavantajları çıkarılmıştır. Tezin ilk amacına yönelik gerçekleştirilen çalışma, gelecekteki genomik sinyal işleme uygulamaları için DNA sayısallaştırma tekniğinin seçiminde araştırmacılara rehberlik etmektedir. İkinci amaç ise baz sayısı az olan kısa ekzon bölgelerinin tespitinde ihtiyaç duyulan iyileştirmelerin gerçekleştirilmesi amacıyla yeni bir protein kodlayan bölgesi tespiti uygulaması geliştirmektir. Geliştirilen hibrit modelin, diğer kodlama teknikleriyle düşük başarılar elde edilen kısa ekzon bölgelerinin tespitinde, şimdiye kadar ulaşılan en yüksek başarıyı önemli ölçüde geride bıraktığı sonucu elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Analogous DNA sequences need to be digitized for genomic signal processing applications. These digital mapping techniques greatly affect the system's performance in achieving the intended goal in genomic studies. The thesis has two main aims. The first of these is to provide a detailed examination of the digital mapping techniques used in the digitization of DNA sequences in bioinformatics, which have gained popularity in recent years, and to analyze how these digital mapping techniques affect the performance in applications related to protein-coding regions. For this purpose, in the studies carried out in the last 10 years, 50 digital coding techniques presented in the literature were examined, the numerical representations of these techniques were given in a sample DNA sequence, and the advantages and disadvantages of each coding technique were determined. The study carried out toward the first aim of the thesis guides researchers in selecting DNA digitization techniques for future genomic signal processing applications. The second aim is to develop a new protein-coding region detection application to realize the improvements needed in the detection of short ekzon regions with low base numbers. It has been concluded that the developed hybrid model significantly surpasses the highest success achieved so far in detecting short ekzon regions where low success was achieved with other coding techniques.
Benzer Tezler
- Pik demiri ve karbon çeliğinin sulu çözeltiler içindeki korozyon hızının tayini
Determination of the rate of corrosion of the cast iran and carbon steel in the aqueous solutions
EMİNE NAZAN ÜNAL
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Kimya MühendisliğiGazi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAYRİ YALÇIN
- Yerli yapım çekiçli yem değirmenleri üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
HASAN YUMAK
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
ZiraatEge ÜniversitesiTarımsal Mekanizasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NUMAN SUNGUR
- Çekirdeksiz kuru üzümde uygulanan politikanın Ege Bölgesinde üretim ve üretici açısından sonuçlarının değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
GÜVEN ÖZERİN
- Fransız tarağında tiftik çalışması ve kempi azaltma olanaklarının araştırılması
Başlık çevirisi yok
ABDÜLKADİR BİLİŞİK
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HİLMİ ADNAN GÜRCAN
- Rana ridibunda (anura-ranidae) kompleksi üzerinde morfolojik, serolojik ve ekolojik araştırmalar
Başlık çevirisi yok
HÜSEYİN ARIKAN