DNA verilerinin sayısallaştırma tekniklerinin incelenmesi ve genomik çalışma alanlarına uygulanması
Examination of DNA data digitization techniques and application to genomic study areas
- Tez No: 884792
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BİHTER DAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Fırat Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Yazılım Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Yazılım Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Genomik sinyal işleme uygulamaları için analog DNA dizilerinin sayısallaştırılması gerekmektedir. Bu sayısal haritalama teknikleri, genomik çalışmalarda amaçlanan hedefe ulaşmada sistemin performansını büyük ölçüde etkilemektedir. Tezin iki temel amacı bulunmaktadır. Bunlardan ilki, biyoenformatik alanında DNA dizilerinin sayısallaştırılmasında kullanılan ve son yıllarda popülerlik kazanan sayısal haritalama tekniklerinin detaylı incelenmesinin sağlanması, bu sayısal haritalama tekniklerinin protein kodlayan bölgeler ile ilgili uygulamalarda performansı nasıl etkilediğinin analiz edilmesidir. Bu amaçla son 10 yılda yapılan çalışmalarda literatürde sunulan 50 tane sayısal kodlama tekniği incelenmiş, bu tekniklerin sayısal temsilleri örnek bir DNA dizisinde verilmiş ve her bir kodlama tekniğinin avantaj ve dezavantajları çıkarılmıştır. Tezin ilk amacına yönelik gerçekleştirilen çalışma, gelecekteki genomik sinyal işleme uygulamaları için DNA sayısallaştırma tekniğinin seçiminde araştırmacılara rehberlik etmektedir. İkinci amaç ise baz sayısı az olan kısa ekzon bölgelerinin tespitinde ihtiyaç duyulan iyileştirmelerin gerçekleştirilmesi amacıyla yeni bir protein kodlayan bölgesi tespiti uygulaması geliştirmektir. Geliştirilen hibrit modelin, diğer kodlama teknikleriyle düşük başarılar elde edilen kısa ekzon bölgelerinin tespitinde, şimdiye kadar ulaşılan en yüksek başarıyı önemli ölçüde geride bıraktığı sonucu elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Analogous DNA sequences need to be digitized for genomic signal processing applications. These digital mapping techniques greatly affect the system's performance in achieving the intended goal in genomic studies. The thesis has two main aims. The first of these is to provide a detailed examination of the digital mapping techniques used in the digitization of DNA sequences in bioinformatics, which have gained popularity in recent years, and to analyze how these digital mapping techniques affect the performance in applications related to protein-coding regions. For this purpose, in the studies carried out in the last 10 years, 50 digital coding techniques presented in the literature were examined, the numerical representations of these techniques were given in a sample DNA sequence, and the advantages and disadvantages of each coding technique were determined. The study carried out toward the first aim of the thesis guides researchers in selecting DNA digitization techniques for future genomic signal processing applications. The second aim is to develop a new protein-coding region detection application to realize the improvements needed in the detection of short ekzon regions with low base numbers. It has been concluded that the developed hybrid model significantly surpasses the highest success achieved so far in detecting short ekzon regions where low success was achieved with other coding techniques.
Benzer Tezler
- Türkiye'deki alabalıkların (Salmo trutta L.) moleküler filogenisi
Molecular phylogeny of brown trouts (Salmo trutta L.) in Turkey
NAZAN ÖZEN
- Genetik verilerin korunması
Protection of genetic data
GÖZDE HARE HAYIRLIOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
HukukBahçeşehir ÜniversitesiKamu Hukuku Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF KÜZECİ
- Çok amaçlı genetik algoritma kullanarak DNA mikrodizi verilerinin kümelenmesi
Clustering DNA microarray data via multi-objective genetic algorithm
MUSTAFA KAHRAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolFırat ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET KAYA
- Quality assessment of high-throughput DNA sequencing data via range analysis
Aralık analizi ile yüksek hacimli DNA sekans verilerinin kalite değerlendirilmesi
ALI FOTOUHI
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Assoc. Prof. Dr. MUHAMMED OĞUZHAN KÜLEKCİ
- Olası bir RNA bağlayıcı protein olan coiled-coil domain containing protein 124 (CCDC 124)'ün etkileştiği RNA hedeflerinin belirlenmesi ve insan kanser doku örneklerinde ifade seviyelerinin incelenmesi
Identifying the RNA targets of coiled-coil domain contaning protein 124 (CCDC 124) and it's expression level in human cancer tissues
ÖZGE ARSLAN
Doktora
Türkçe
2021
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY