Geri Dön

Yüzey zenginleştirilmiş raman spekroskopisi (SERS) yaklaşımı ile alt suş bakteri tanısı

Sub-strain bacteria detection through surface-enhanced raman spectroscopy (SERS) approach

PDF İndir

  1. Tez No: 892837
  2. Yazar: FEYZANUR CAN GÜLMÜŞ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ASLI YILMAZ, DOÇ. DR. MEHMET YILMAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Atatürk Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 87

Özet

Amaç: Bu tez çalışmasında SERS platformu olarak GNA (gold nanorod array) üretilmesi ve farklı üç bakteri türünün (S. aureus, P.auroginosa, E.coli ) 9 alt suşun tanısında veriminin belirlenmesi amaçlanmıştır. Alt şuş ayrımı gerçekleştikten sonra yapılan analizler ile toplanan sinyallere karşılık gelen bantların bakteri suşlarının tanısına olan etkisi arasında bağlantı kurulması hedeflenmiştir. Yöntem: SERS platformu olarak kullanılan GNA PVD tekniği kullanılarak üretilmiştir. Toplam 9 bakteri alt suşu uygun besiyeri ortamında kültürlenerek çoğaltılmıştır. Çoğaltılıp saf koloni elde edilen bakteri suşlarından alınan SERS sinyalleri ilk olarak ön işleme aşamalarından geçirilmiştir. Ön işlemden geçen geçen bakteri suşlarına ait sinyaller gözetimsiz (PCA, HCA) ve gözetimli (LDA, SVM ve SIMCA) analizlere tabi tutulmuştur. Bu analizlerin amacı tanıda hassasiyet ve doğruluk açısından yüksek verimlilik elde etmektir. Bütün bu analizlere ek olarak bakteri suşlarının ayrımıyla ilişkili olan biyomolekülleri tespit edip, daha anlamlı bir boyut kazandırmak için one-way ANOVA analizi yapılmıştır. Bulgular: GNA SERS substratı başarıyla sentezlenmiştir. Sentezlenen substrat ile bakteriler bir araya getirilmiştir. Bakterilerden alınan sinyaller sonucunda çalışılan S. aureus, P. auroginosa başarılı bir şekilde ayrılırken E. coli için aynı durumdan söz edilmemektedir. Bu bakteri diğer iki bakteri kadar yüksek doğrulukla ayrılmadığı sonucuna varılmıştır ve böylece, bu bakterilere ait bantlar yorumlanarak elde edilen biyomoleküller içerik bakteri ayrımıyla ilişkilendirilmiştir. Sonuçlar: Bakterilerin ayrımlarına ilişkin beş farklı analiz yapılmıştır. Bant değerleri yorumlanmıştır ve bu bantların biyomolekül karşılığı bakteri suşlarının ayrımıyla ilişkilendirilmiştir.

Özet (Çeviri)

Method: In this thesis, GNA (gold nanorod array) SERS platform was produced and it was aimed to combine a total of 9 bacterial strains with three different sub-strains of bacteria (S.aureus, P.auroginosa, E.coli) with the SERS platform. With the SERS signals obtained from the combined bacterial strains, it was aimed to separate the three types of bacteria and their strains. After the separation was realized, it was aimed to establish a connection between the analysis performed and the effect of the bands corresponding to the collected signals on the separation of bacterial strains. Findings: GNA SERS substrate was produced using PVD technique. A total of 9 bacterial strains, including three bacterial sub-strains, were cultured in appropriate medium. The SERS signals from the bacterial strains obtained from pure colonies were first preprocessed. Bacterial strains that passed this stage were subjected to unsupervised (PCA, HCA) and supervised (LDA, SVM, SIMCA) analyses. The aim of these analyses is to achieve precision, accuracy and high efficiency. In addition to all these analyses, one-way ANOVA analysis was performed to identify biomolecules associated with the discrimination of bacterial strains and to add a more meaningful dimension. Conclusions: GNA SERS substrate was successfully synthesized. Bacteria were brought together on the synthesized substrate. As a result of the signals obtained from the combined bacteria, S. aureus and P. auroginosa were successfully separated, while the same was not true for E. coli. It was concluded that this bacterium was not separated with as high accuracy as the other two bacteria and thus, the bands of these bacteria were interpreted and the biomolecules obtained were correlated with the separation of the bacteria.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    677934

    Yüzey zenginleştirilmiş raman spektroskopisi (SERS) yaklaşımı ile farklı hücre tiplerinin tanımlanması

    Detection of different cell types through surface enhanced raman spectroscopy (SERS) approach

    SEDA TARHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Kimya MühendisliğiAtatürk Üniversitesi

    Proses ve Reaktör Tasarımı Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET YILMAZ

  2. Tez No

    778800

    Farklı pasaj numaralarındaki hücre hatlarında farklılaşmanın yüzey zenginleştirilmiş Raman spektroskopisi(SERS) yaklaşımı ile araştırılması

    The investigation of differentiation in cell lines of different passage numbers with surface enhanced Raman spectroscopy (SERS) approach

    NAZLI ÖNCER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiAtatürk Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASLI YILMAZ

    DOÇ. DR. MEHMET YILMAZ

  3. Tez No

    913164

    Saf Karakovan balı ve katkılandırılmış balların yüzey zenginleştirilmiş Raman spektroskopisi (SERS) ve kemometrikanalizler ile incelenmesi

    Examination of pure Karakovan honey and additive honey by surface-enhanced Raman spectroscopy (SERS) and chemometric analyses

    YUNUS EMRE GEYLANİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiAtatürk Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASLI YILMAZ

    DOÇ. DR. MEHMET YILMAZ

  4. Tez No

    843202

    Yüzey zenginleştirilmiş raman spektroskopisi (SERS) ve haritalama tekniği kullanılarak farklı tipte hücrelerde apoptoz ile nekroz düzeylerinin belirlenmesi

    Determination of apoptosis and necrosis level in various cell types via surface-enhanced raman spectroscopy (SERS) approach and mapping technique

    OĞUZHAN ÜSTÜN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiAtatürk Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET YILMAZ

  5. Tez No

    372844

    Yüzey zenginleştırilmiş raman spektroskopisi (SERS) için nano-yaklaşım temelli platformların geliştırilmesi ve tanı amaçlı uygulanması

    Development of nano-approach based platforms for surface enhanced raman spectroscopy (SERS) and their use for detection

    MEHMET YILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyomühendislikHacettepe Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERHAN BİŞKİN

Geri Dön