Transcriptome analysis of ovine mammary epithelial cells: Investigating immunomodulatory target genes for ovine mastitis in vitro
Koyunlarda meme epitel hücrelerinin transkriptom analizi: Koyun mastitisi için immunomodülatör genlerin in vitro araştırılması
- Tez No: 895934
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ULAŞ ÇINAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yüksek verimli transkriptomik analiz, patojenlere karşı konak savunma tepkileriyle ilişkili gen ekspresyonu modellerinin belirlenmesinde önemli bir rol oynar. Konak savunma mekanizmaları, koyun meme bezindeki epitel hücrelerinin proaktif tepkisine dayanır. Bu savunma mekanizmasının hayvan sağlığı ve refahı için önemine rağmen, emziren koyunlarda mastitise neden olan patojenlere karşı meme epitel hücrelerinin direnci ve patogenezi hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır. Bu nedenle, mevcut çalışma, in vitro olarak Staphylococcus aureus (S. aureus) ile uyarılan koyun meme epitel hücrelerinin gen ekspresyonu profillerini, yüksek verimli RNA-Seq teknolojisini kullanarak araştırmayı amaçlamıştır. Biyoenformatik analiz, uyarılan grupta, uyarılmayan kontrol grubuna kıyasla, 172 yukarı düzenlenmiş ve 3 aşağı düzenlenmiş gen dahil olmak üzere toplam 175 farklı şekilde ifade edilen gen (DEG) ortaya koymuştur. Gen ontolojisi açıklaması ve işlevsel yol analizi, bu DEG'lerin öncelikle protein sentezi için gerekli olan ve patojenlerin ilk hedefi olan ribozomal işlevlerde ve ayrıca bağışıklık tepkisi düzensizliğinde, enfeksiyonda, fagositozda ve epitel hücrelerinin bakteriyel istilasında yer aldığını göstermiştir. RNA-Seq sonuçlarının doğruluğunu analiz etmek için qRT-PCR kullanılmıştır. Bu bulgular, koyun meme epitel hücrelerinin S. aureus uyarımına nasıl yanıt verdiğini anlamaya önemli katkılarda bulunarak, özellikle koyun meme epitel hücrelerindeki bağışıklık savunma mekanizmalarıyla ilgili daha fazla araştırma için bir temel sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
High-throughput transcriptomic analysis plays a crucial role in identifying gene expression patterns associated with host defense responses against pathogens. Host defense mechanisms hinge on the proactive response of mammary epithelial cells in the ovine mammary gland. Despite the importance of this defense mechanism for animal health and welfare, there is limited knowledge regarding the resistance and pathogenesis of mammary epithelial cells against pathogens causing mastitis in lactating sheep. Therefore, the current study aimed to investigate the gene expression profiles of ovine mammary epithelial cells stimulated with Staphylococcus aureus (S. aureus) in vitro, utilizing high-throughput RNA-Seq technology. Bioinformatic analysis revealed a total of 175 differentially expressed genes (DEGs), including 172 up-regulated and 3 down-regulated genes in the stimulated group compared to the non-stimulated control group. Gene ontology annotation and functional pathway analysis indicated that these DEGs are primarily involved in ribosomal functions, essential for protein synthesis and the first target of pathogens, as well as in immune response dysregulation, infection, phagocytosis, and bacterial invasion of epithelial cells. qRT-PCR was used to analyze the quality of the RNA-Seq results. These findings significantly contribute to the understanding of how ovine mammary epithelial cells respond to S. aureus stimulation, providing a foundation for further research, particularly regarding the immune defense mechanisms in ovine mammary epithelial cells.
Benzer Tezler
- Kronik miyolositer lösemide (KML) BCR-ABL ve ABL-BCR hibrit genlerinin RT-PCR ve southern blot yöntemi ile gösterilmesi
Başlık çevirisi yok
YUSUF ÖZKUL
- Sanicula europaea L. bitkisinden antiviral bir maddenin saflaştırılması ve kimyasal karakterizasyonu
Purification and chemical characterization of an antiviral substance from the plant Sanicula europaea L.
NAZLI ARDA
- Reserve transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) yöntemi kullanılarak hemodiyaliz hastalarında hepatit G virüs (HGV) RNA sıklığının araştırılması
Başlık çevirisi yok
UFUK UYANIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1997
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiGataEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Amplification and isolation of a fragment of lactate dehydrogenase gene from rhizopus orgzae using RT_PCR
RT-PCR metodu kullanılarak rhizopus orgzae'dan lactat dehidrogenaz geninin bir parçasının amplifikasyonu ve izolasyonu
ERDOĞAN EŞREF HAKKI
Yüksek Lisans
İngilizce
1997
Bilim ve TeknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MAHİNUR S. AKKAYA